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万見
- PDB-3ril: The acid beta-glucosidase active site exhibits plasticity in bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ril
タイトルThe acid beta-glucosidase active site exhibits plasticity in binding 3,4,5,6-tetrahydroxyazepane-based inhibitors: implications for pharmacological chaperone design for gaucher disease
要素Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TIM-Barrel / Lysosomal Hydrolase / Hydrolase / Glycosylation / Lysosome / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation ...steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation / lymphocyte migration / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / response to thyroid hormone / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / lipid storage / lipid glycosylation / brain morphogenesis / positive regulation of protein-containing complex disassembly / response to pH / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / motor behavior / lysosome organization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / neuromuscular process / hematopoietic stem cell proliferation / antigen processing and presentation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / response to testosterone / response to dexamethasone / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of protein-containing complex assembly / cell maturation / mitophagy / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S,4R,5R,6S)-azepane-3,4,5,6-tetrol / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid Body Refinement / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Orwig, S.D. / Lieberman, R.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Binding of 3,4,5,6-tetrahydroxyazepanes to the acid-beta-glucosidase active site: implications for pharmacological chaperone design for Gaucher disease
著者: Orwig, S.D. / Tan, Y.L. / Grimster, N.P. / Yu, Z. / Powers, E.T. / Kelly, J.W. / Lieberman, R.L.
履歴
登録2011年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Derived calculations
改定 1.22018年8月15日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
C: Glucosylceramidase
D: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,55648
ポリマ－222,5614
非ポリマー4,99644
水21,3301184
1
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,77824
ポリマ－111,2802
非ポリマー2,49822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area36470 Å2
手法PISA
2
C: Glucosylceramidase
D: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,77824
ポリマ－111,2802
非ポリマー2,49822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area36330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.217, 91.425, 152.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glucosylceramidase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / D-glucosyl-N-acylsphingosine ...Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Imiglucerase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-3RK / (3S,4R,5R,6S)-azepane-3,4,5,6-tetrol / ヘキサヒドロ-1H-アゼピン-3α,4β,5α,6β-テトラオ-ル


分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 11-12% PEG 3350, 0.18-0.205 M ammonium sulfate, and 0.1 M acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.54 Å / Num. obs: 100648 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.105

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5位相決定
精密化構造決定の手法: Rigid Body Refinement / 解像度: 2.4→44.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.95 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23233 5292 5 %RANDOM
Rwork0.17072 ---
obs0.17383 100647 96.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15700 0 280 1184 17164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216434
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.9622432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.14151980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12523.444720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.378152512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4281584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.22460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2151.59920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.398216038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.37536514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6654.56398
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 290 -
Rwork0.235 5695 -
obs--75.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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