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万見
- PDB-6q6n: Crystal structure of recombinant human beta-glucocerebrosidase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6n
タイトルCrystal structure of recombinant human beta-glucocerebrosidase in complex with biphenyl-cyclophellitol inhibitor (ME655)
要素Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE / RETAINING BETA-GLUCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / lymphocyte migration / regulation of lysosomal protein catabolic process ...steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / lymphocyte migration / regulation of lysosomal protein catabolic process / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / glycolipid biosynthetic process / sphingosine biosynthetic process / response to thyroid hormone / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / lysosomal protein catabolic process / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / Glycosphingolipid catabolism / lipid storage / regulation of TOR signaling / microglia differentiation / positive regulation of type 2 mitophagy / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / pyramidal neuron differentiation / ceramide biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / antigen processing and presentation / response to dexamethasone / beta-glucosidase activity / lysosome organization / neuromuscular process / response to testosterone / hematopoietic stem cell proliferation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / motor behavior / negative regulation of interleukin-6 production / establishment of skin barrier / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / cholesterol metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / negative regulation of MAPK cascade / cell maturation / lysosomal lumen / thymus development / cellular response to starvation / determination of adult lifespan / respiratory electron transport chain / trans-Golgi network / response to estrogen / negative regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / autophagy / T cell differentiation in thymus / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / immune response / signaling receptor binding / lysosomal membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-HK2 / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Rowland, R.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011151/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Functionalized Cyclophellitols Are Selective Glucocerebrosidase Inhibitors and Induce a Bona Fide Neuropathic Gaucher Model in Zebrafish.
著者: Artola, M. / Kuo, C.L. / Lelieveld, L.T. / Rowland, R.J. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Boot, R.G. / Davies, G.J. / Aerts, J.M.F.G. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,11746
ポリマ－111,2802
非ポリマー4,83744
水17,439968
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, single peak in gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area37090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.383, 285.152, 91.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-749-

HOH

21B-1029-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucosylceramidase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N- ...Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Imiglucerase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 1009分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-HK2 / (1~{S},3~{S},4~{R},6~{R})-2,3,4,6-tetrakis(oxidanyl)-5-[[4-[3-(4-phenylphenoxy)propyl]-1,2,3-triazol-1-yl]methyl]cyclohexan-1-olate


分子量: 454.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N3O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Ammonium sulfate, Gaunidine Hydrochloride, Potassium chloride, Sodium acetate (pH 4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→72.13 Å / Num. obs: 179767 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.49 % / Net I/σ(I): 8.83
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Rpim(I) all: 1.135 / % possible all: 98.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NT0

2nt0


解像度: 1.63→72.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.886 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21207 8920 5 %RANDOM
Rwork0.18174 ---
obs0.18323 170813 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.49 Å20 Å2-0 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→72.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7739 0 277 968 8984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0138384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.6611462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4181.58417316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.49351041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99521.935398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84915.061260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0011543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021791
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3112.4534052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2632.4384035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1453.6355056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1483.6365057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3682.8834332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3682.8844333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0384.2056407
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.73930.5639554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.73830.5699555
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 613 -
Rwork0.381 12529 -
obs--99.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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