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- PDB-6q1p: Glucocerebrosidase in complex with pharmacological chaperone norIMX8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1p
タイトルGlucocerebrosidase in complex with pharmacological chaperone norIMX8
要素Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / pharmacological chaperone / Gaucher disease / glycosidase / inhibitor / pKa / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of macromolecule metabolic process / steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / lymphocyte migration ...negative regulation of macromolecule metabolic process / steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / lymphocyte migration / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / sphingosine biosynthetic process / response to thyroid hormone / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / lysosomal protein catabolic process / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / lipid storage / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / : / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / lysosome organization / neuromuscular process / response to dexamethasone / antigen processing and presentation / response to testosterone / hematopoietic stem cell proliferation / regulation of protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / motor behavior / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / cholesterol metabolic process / mitophagy / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / lysosomal lumen / cellular response to starvation / determination of adult lifespan / regulation of membrane potential / respiratory electron transport chain / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P8Y / Glucosylceramidase / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.796 Å
データ登録者Vickers, C. / Withers, S.G. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pharmacological chaperones for GCase that switch conformation with pH enhance enzyme levels in Gaucher animal models.
著者: Santana, A.G. / Robinson, K. / Vickers, C. / Chen, H. / Zhou, S. / Boraston, A.B. / Clarke, L.A. / Withers, S.G.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,06041
ポリマ－111,2802
非ポリマー4,77939
水2,612145
1
A: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,86219
ポリマ－55,6401
非ポリマー2,22218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,19722
ポリマ－55,6401
非ポリマー2,55721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子

A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,12082
ポリマ－222,5614
非ポリマー9,55978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area18760 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area72080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.709, 284.709, 91.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucosylceramidase / Glucocerebrosidase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: B2R6A7, UniProt: P04062*PLUS, glucosylceramidase

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糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 179分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-P8Y / (2S,3S,4S,5R)-2-{[(4-methylpentyl)sulfonyl]methyl}piperidine-3,4,5-triol


分子量: 295.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H25NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis Tris (pH 4.9) containing 0.1 M CsCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.796→50 Å / Num. obs: 36172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 48.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.8540.55217720.8250.3150.6380.62100
2.85-2.94.20.50517580.8650.2820.580.617100
2.9-2.964.40.45818120.8720.2480.5230.624100
2.96-3.024.50.3917770.9090.2060.4430.606100
3.02-3.084.70.33618050.9180.1730.3790.641100
3.08-3.1550.2917770.9390.1440.3240.621100
3.15-3.235.20.24317770.9550.1170.270.66100
3.23-3.325.60.2118130.9650.0970.2310.66100
3.32-3.426.10.19518030.9790.0850.2130.738100
3.42-3.536.70.18917800.9840.0790.2050.798100
3.53-3.656.80.16518010.9820.0680.1791.165100
3.65-3.86.70.17818010.9750.0740.1921.646100
3.8-3.976.60.15318030.9890.0640.1660.928100
3.97-4.186.60.15717990.9890.0660.1711.026100
4.18-4.446.40.12918080.9830.0550.1411.639100
4.44-4.796.50.11818340.9940.050.1281.136100
4.79-5.276.60.09218210.9940.0390.10.701100
5.27-6.036.40.11118300.990.0470.120.725100
6.03-7.596.20.11718660.9870.0510.1280.792100
7.59-505.50.06219350.9950.0290.0690.8798.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.796→33.993 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 1833 5.16 %
Rwork0.1988 --
obs0.201 35557 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.66 Å2 / Biso mean: 43.8092 Å2 / Biso min: 17.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.796→33.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7739 0 290 145 8174
Biso mean--65.11 39.93 -
残基数----986
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7963-2.87190.33831330.2717220584
2.8719-2.95640.35131410.2714251897
2.9564-3.05170.29311350.2543259699
3.0517-3.16070.2841330.24382624100
3.1607-3.28720.28851380.2142629100
3.2872-3.43660.25991410.20512611100
3.4366-3.61760.23071430.19472615100
3.6176-3.8440.22811540.18612627100
3.844-4.14030.24561640.1868253396
4.1403-4.55610.20971350.1714262299
4.5561-5.21340.17911250.1649263198
5.2134-6.56050.22171460.19992702100
6.5605-33.9930.22391450.1952811100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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