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- PDB-2nt0: Acid-beta-glucosidase low pH, glycerol bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nt0
タイトルAcid-beta-glucosidase low pH, glycerol bound
要素Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE / cerezyme / glucocerebrosidase / glucosylceramide / hydrolysis / gaucher disease
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation ...steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation / lymphocyte migration / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / response to thyroid hormone / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / lipid storage / lipid glycosylation / brain morphogenesis / positive regulation of protein-containing complex disassembly / response to pH / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / motor behavior / lysosome organization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / neuromuscular process / hematopoietic stem cell proliferation / antigen processing and presentation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / response to testosterone / response to dexamethasone / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of protein-containing complex assembly / cell maturation / mitophagy / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Lieberman, R.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of acid beta-glucosidase with pharmacological chaperone provides insight into Gaucher disease.
著者: Lieberman, R.L. / Wustman, B.A. / Huertas, P. / Powe, A.C. / Pine, C.W. / Khanna, R. / Schlossmacher, M.G. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#1: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of acid-beta-glucosidase with pharmacological chaperone provides insight into Gaucher disease
履歴
登録2006年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification ..._pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
C: Glucosylceramidase
D: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,78542
ポリマ－222,5614
非ポリマー4,22538
水30,8061710
1
A: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4308
ポリマ－55,6401
非ポリマー7907
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,93512
ポリマ－55,6401
非ポリマー1,29511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,61010
ポリマ－55,6401
非ポリマー9709
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,81012
ポリマ－55,6401
非ポリマー1,17011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.941, 91.759, 152.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glucosylceramidase / Beta-glucocerebrosidase / Acid beta-glucosidase / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / ...Beta-glucocerebrosidase / Acid beta-glucosidase / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Alglucerase / Imiglucerase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA / 器官 (発現宿主): Ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1 M Ammonium Sulfate 0.17 M Guanidinium HCl 0.02 M KCl 0.1 M Acetate buffer pH 4.5 Cryoprotectant includes 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 220956 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 24.35 Å2 / Rsym value: 0.062 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 18569 / Rsym value: 0.417 / Χ2: 0.622 / % possible all: 71.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OGS monomer

1ogs


解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.437 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 11117 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 220955 84.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.15 Å20 Å2-0.33 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15720 0 248 1710 17678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02216525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.95822584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.83351984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93123.444720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.367152516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4131584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.22416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.28643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.211086
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.21673
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0111.510191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53216072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48537184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6224.56328
LS精密化 シェル解像度: 1.788→1.835 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 588 -
Rwork0.269 11696 -
obs-12284 63.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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