PDB-6n7o: Crystal structure of GIL01 gp7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n7o

タイトル

Crystal structure of GIL01 gp7

要素

GIL01 gp7

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)

機能・相同性

IODIDE ION /

Transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage pGIL01 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into Bacteriophage GIL01 gp7 Inhibition of Host LexA Repressor.
著者: Caveney, N.A. / Pavlin, A. / Caballero, G. / Bahun, M. / Hodnik, V. / de Castro, L. / Fornelos, N. / Butala, M. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n7o.cif.gz	31 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n7o.ent.gz	19.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1yjv-d 1of9-d 6gf1-3 4qqg-7 1ily-d 2m0x-d 5w0h-d 3g27-d 6l1c-d 3sd4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: GIL01 gp7

A: GIL01 gp7

ヘテロ分子

12.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.690, 44.700, 46.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GIL01 gp7 分子量: 6074.929 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage pGIL01 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WSG2
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.2 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis Tris propane, pH 8.5, 20% (w/v) PEG 3.35k

-
データ収集

回折

平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→32.158 Å / Num. obs: 9511 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.497 % / B_iso Wilson estimate: 21.25 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.221 / R_rim(I) all: 0.237 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 7.24 / Num. measured all: 108259

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.47-1.51	5.613	4.145	0.44	956	0.154	4.58	91.4
1.51-1.55	6.757	3.107	0.68	1003		3.371	96.5
1.55-1.59	8.005	2.935	0.81	998	0.22	3.137	100
1.59-1.64	8.121	2.313	1.13	987	0.291	2.47	100
1.64-1.7	8.063	1.914	1.41	941	0.515	2.045	100
1.7-1.76	8.04	1.739	1.74	909	0.539	1.859	100
1.76-1.82	7.944	1.337	2.48	877	0.763	1.43	100
1.82-1.9	7.901	1.033	3.72	872	0.878	1.105	100
1.9-1.98	7.906	0.792	5.2	808	0.905	0.847	100
1.98-2.08	7.857	0.634	7.14	795	0.926	0.679	100
2.08-2.19	7.766	0.443	9.48	745	0.949	0.475	100
2.19-2.32	7.548	0.328	11.76	725	0.973	0.352	100
2.32-2.48	7.551	0.279	12.89	672	0.982	0.3	100
2.48-2.68	7.492	0.21	15.01	622	0.981	0.226	99.8
2.68-2.94	7.358	0.162	16.24	583	0.989	0.174	100
2.94-3.29	7.243	0.123	18.16	539	0.991	0.133	100
3.29-3.8	6.882	0.084	21.07	476	0.995	0.091	99.8
3.8-4.65	6.818	0.08	22.47	407	0.993	0.086	99.8
4.65-6.57	6.935	0.079	21.39	325	0.992	0.085	99.4
6.57-32.158	6.175	0.067	21.64	200	0.997	0.073	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→32.158 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	476	5.01 %
R_work	0.1933	-	-
obs	0.1951	9508	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.41 Å² / B_iso mean: 27.3025 Å² / B_iso min: 13.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→32.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	605	0	3	71	679
B_iso mean	-	-	31.5	36.83	-
残基数	-	-	-	-	75

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.678	901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	106
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.177	277

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7-1.946	0.3082	155	0.2691	2949	3104
1.946-2.4516	0.23	157	0.2046	2981	3138
2.4516-32.1642	0.2105	164	0.1727	3102	3266

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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