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- PDB-6n76: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 E287R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n76
タイトルCrystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 E287R
要素ATP synthase SpaL/MxiB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain ...ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.892 Å
データ登録者Morales, Y. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15AI124108-01A1 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase SpaL/MxiB
B: ATP synthase SpaL/MxiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3052
ポリマ－78,3052
非ポリマー00
水00
1
A: ATP synthase SpaL/MxiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1531
ポリマ－39,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP synthase SpaL/MxiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1531
ポリマ－39,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.513, 154.748, 54.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP synthase SpaL/MxiB


分子量: 39152.539 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, E287R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 % / Mosaicity: 1.349 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
詳細: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 14991 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 52.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.239 / Χ2: 0.785 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 69099
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-34.81.30814570.5170.6581.470.51399.7
3-3.124.70.84815150.6990.4270.9530.53599.3
3.12-3.274.70.64515140.8020.3260.7250.56199
3.27-3.444.60.43815050.8820.2230.4930.59198.7
3.44-3.654.70.33114980.9360.1680.3720.69797.8
3.65-3.944.20.23614680.9440.1270.270.88496.6
3.94-4.334.50.17514830.9720.0910.1980.88898.2
4.33-4.964.80.12515100.9840.0620.140.95699.5
4.96-6.244.70.13715290.9840.0690.1540.83699.4
6.24-504.50.08115120.9950.040.091.44297.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj


解像度: 2.892→34.895 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 741 4.95 %
Rwork0.1879 14225 -
obs0.1908 14966 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.82 Å2 / Biso mean: 61.057 Å2 / Biso min: 20.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.892→34.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5176 0 0 0 5176
残基数----661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8918-3.11490.31011470.24842762290996
3.1149-3.42810.28231450.22052876302199
3.4281-3.92360.26861460.19392818296497
3.9236-4.94110.20591520.15932869302199
4.9411-34.89760.22621510.17522900305199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4893-0.68370.95882.7322-1.33872.9580.015-0.3401-0.15950.57730.0004-0.0885-0.3560.1077-0.01480.4137-0.03560.01480.29920.05810.252219.539318.0932-13.7436
22.1925-0.3953-0.66982.18690.49242.2186-0.4107-0.01340.07160.46860.0727-0.4252-0.66610.93520.1160.518-0.1761-0.20910.42080.11610.416828.558823.0695-13.8393
34.0894-2.29360.78244.7546-0.66151.3913-0.10150.01160.53960.3679-0.1724-0.168-0.0555-0.14130.26910.33790.00960.03030.34150.06320.42848.789438.7315-29.8198
45.2408-0.7108-0.31286.9963-0.65724.74110.06540.064-0.51170.1347-0.03381.0214-0.1097-0.7123-0.24690.17330.00710.06330.35050.03590.65612.129124.146-31.0876
51.32180.263-0.48371.5311-0.44012.63370.07960.12250.2178-0.2650.0564-0.1831-0.11010.247-0.10670.4090.070.0290.40340.02740.25521.96981.5611-43.9594
62.30730.1712-0.69532.5696-0.96822.9299-0.03030.4425-0.1222-0.925-0.0617-0.00880.40990.03960.0390.49890.07230.00140.35310.02080.217615.521-8.401-43.7386
72.93560.6444-1.57760.94510.26173.1384-0.3948-0.2805-0.55240.27270.0939-0.17610.68380.50310.23960.35480.13230.02980.38290.11990.437622.9363-14.1127-35.5085
81.83511.3162-1.00173.7016-1.39081.27660.1117-0.0226-0.21980.0089-0.14530.5120.0094-0.08310.02810.2154-0.0210.0110.38770.00970.48910.2357-17.9003-22.0539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 83 through 219 )A83 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 220 through 305 )A220 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 306 through 408 )A306 - 408
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 409 through 430 )A409 - 430
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 83 through 140 )B83 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 141 through 263 )B141 - 263
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 264 through 330 )B264 - 330
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 331 through 430 )B331 - 430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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