PDB-6n73: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R271A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n73

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R271A

要素

ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.398 Å

データ登録者

Morales, Y. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n73.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n73.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n73_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n73_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	6n73_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	6n73_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n6lC 6n6mC 6n6zC 6n70C 6n71C 6n72C 6n74C 6n75C 6n76C 5swjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n72-1 6n71-1 5swl-1 5swj-2 6n74-1 6n6m-2 6n6z-1 5syp-2 6n6z-2 6n76-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ATP synthase SpaL/MxiB

B: ATP synthase SpaL/MxiB

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP synthase SpaL/MxiB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP synthase SpaL/MxiB

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.199, 154.117, 54.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP synthase SpaL/MxiB 分子量: 39038.344 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, R271A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ATP synthase SpaL/MxiB

分子量: 39038.344 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, R271A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 % / Mosaicity: 0.762 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.55 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
詳細: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.55 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25991 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 58.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 2.541 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 150622

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.49	4.5	0.652	2430	0.741	0.326	0.732	0.824	90.6
2.49-2.59	5.7	0.573	2526	0.834	0.254	0.628	0.906	94.5
2.59-2.7	6.3	0.442	2614	0.888	0.189	0.482	1.151	97.7
2.7-2.85	6.2	0.344	2586	0.921	0.149	0.376	1.49	96.7
2.85-3.02	5.9	0.262	2592	0.954	0.116	0.288	2.085	95.4
3.02-3.26	6.2	0.193	2629	0.974	0.084	0.211	2.607	97.9
3.26-3.58	6	0.145	2638	0.983	0.065	0.16	3.298	98.1
3.58-4.1	5.6	0.107	2633	0.99	0.049	0.118	4.037	96.9
4.1-5.17	5.8	0.087	2664	0.993	0.039	0.095	4.17	98.8
5.17-50	5.9	0.079	2679	0.995	0.036	0.087	4.307	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 2.398→32.295 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	1300	5.01 %
R_work	0.1849	24657	-
obs	0.1874	25957	96.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.52 Å² / B_iso mean: 68.2817 Å² / B_iso min: 34.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.398→32.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5200	0	0	58	5258
B_iso mean	-	-	-	57.79	-
残基数	-	-	-	-	666

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.398-2.494	0.3478	131	0.2671	2537	2668	90
2.494-2.6074	0.3209	146	0.2514	2688	2834	94
2.6074-2.7448	0.3288	144	0.2382	2754	2898	97
2.7448-2.9167	0.2851	144	0.2354	2748	2892	97
2.9167-3.1417	0.2816	150	0.2281	2727	2877	96
3.1417-3.4576	0.2468	143	0.1997	2785	2928	98
3.4576-3.9571	0.2103	142	0.1753	2779	2921	97
3.9571-4.9826	0.1688	154	0.1527	2822	2976	99
4.9826-32.2977	0.2498	146	0.1659	2817	2963	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3073	-0.5458	0.5302	1.314	-0.285	1.01	-0.0268	-0.0855	-0.0238	0.2153	-0.0107	0.0028	-0.1126	-0.0315	0.0001	0.4952	-0.0328	-0.0109	0.4539	0.0345	0.4176	19.8113	17.9589	-13.5387
2	0.3272	0.0015	-0.0494	0.6188	-0.203	0.7285	-0.1579	0.0309	-0.0281	0.2649	-0.0566	-0.2044	-0.1516	0.429	0.0003	0.4963	-0.0732	-0.1006	0.4598	0.0699	0.4557	29.2249	23.3716	-13.3877
3	1.4461	-1.4746	0.8717	2.626	-0.9265	0.7879	-0.0266	0.1404	0.1234	0.2054	-0.0484	0.1604	-0.1368	-0.1329	0.0005	0.4624	0.0073	0.0187	0.4566	0.0059	0.5179	7.8141	35.7589	-29.7255
4	0.3142	0.0419	-0.3331	0.0226	-0.1573	0.5817	0.1028	0.5161	0.2662	-0.5927	0.0076	-0.0881	0.0664	0.1035	0	0.6673	0.0215	0.0168	0.5775	0.0882	0.5248	21.4275	3.9813	-51.8154
5	0.9655	-0.3823	-0.531	0.8138	-0.4278	0.7152	0.0634	-0.1113	-0.033	0.0726	-0.0753	0.0817	0.1503	-0.0285	-0.0003	0.4408	0.0039	-0.0257	0.4448	0.0368	0.4051	15.6717	-7.7262	-32.6424
6	0.0732	0.1568	-0.0459	0.4104	-0.1341	0.0801	-0.3769	-0.3235	0.0174	0.0013	-0.218	0.8481	0.3306	-0.0408	-0.0308	0.5155	0.0163	-0.0353	0.4014	0.0291	0.4356	10.683	-6.744	-48.6468
7	0.646	0.343	0.048	0.8926	-0.4069	1.4923	-0.0659	-0.0708	0.0769	-0.661	-0.0825	0.0389	0.1682	0.1081	-0.0582	0.5637	0.0499	0.0902	0.4242	0.0468	0.3355	21.727	-7.8717	-46.5554
8	0.1182	0.0258	-0.0193	0.0741	0.0689	0.0294	0.1133	-0.1575	0.0399	-0.4053	-0.0558	-0.4813	-0.3082	0.6693	0.0134	0.4149	0.1118	0.0322	0.5568	0.088	0.4869	29.5536	-7.7569	-36.1765
9	1.025	-0.0859	-0.7253	1.0055	-0.9715	1.5445	0.0352	-0.3691	-0.4059	-0.38	-0.1815	-0.0296	0.4638	0.064	-0.0001	0.4995	0.0098	0.013	0.4023	0.0539	0.5131	13.7052	-17.7275	-31.445
10	1.0183	0.0124	-0.2641	0.469	0.0932	0.8561	0.0364	-0.0115	-0.3403	0.1194	-0.0101	0.04	0.0757	-0.0857	0.0002	0.3792	-0.0349	0.014	0.5583	0.0698	0.6128	-2.4939	-23.2209	-17.4698
11	0.2794	-0.2519	-0.1178	0.5731	-0.1834	0.2659	0.0606	0.0778	0.34	-0.0995	-0.0678	0.7216	0.1377	0.0579	0	0.5074	-0.005	0.0031	0.5232	0.0775	0.7275	-1.8196	-6.7145	-25.2236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 219 )	A	83 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 220 through 305 )	A	220 - 305
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 306 through 430 )	A	306 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 83 through 118 )	B	83 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 119 through 175 )	B	119 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 176 through 202 )	B	176 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 203 through 264 )	B	203 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 265 through 296 )	B	265 - 296
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 297 through 357 )	B	297 - 357
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 358 through 408 )	B	358 - 408
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 409 through 430 )	B	409 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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