PDB-6n71: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R191E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n71

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R191E

要素

Probable ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

TRANSLOCASE / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Morales, Y. / Olsen, K.J. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n71.cif.gz	273.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n71.ent.gz	221.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n6lC 6n6mC 6n6zC 6n70C 6n72C 6n73C 6n74C 6n75C 6n76C 5swjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5swl-1 6n73-1 5syp-2 6n73-2 6n6z-1 6n72-2 5swj-2 6n72-1 6n74-1 5swj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

78 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.020, 152.743, 54.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable ATP synthase SpaL/MxiB 分子量: 38982.277 Da / 分子数: 2 / 変異: R191E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Probable ATP synthase SpaL/MxiB

分子量: 38982.277 Da / 分子数: 2 / 変異: R191E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 % / Mosaicity: 0.954 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.072 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
詳細: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.072 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 23626 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 3.384 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 86688

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.54	3.2	0.535	2292	0.724	0.334	0.635	1.426	92.2
2.54-2.64	3.5	0.486	2357	0.756	0.286	0.568	1.554	94.1
2.64-2.76	3.5	0.416	2339	0.84	0.245	0.486	2.021	92.6
2.76-2.9	4	0.346	2413	0.873	0.194	0.398	2.372	97
2.9-3.09	4	0.25	2396	0.932	0.141	0.289	2.837	96.5
3.09-3.32	3.9	0.192	2387	0.959	0.111	0.223	3.625	94.9
3.32-3.66	3.5	0.142	2330	0.977	0.086	0.167	4.434	92.3
3.66-4.19	3.7	0.106	2365	0.982	0.064	0.125	4.826	94.6
4.19-5.28	3.5	0.085	2307	0.987	0.053	0.101	5.254	91.7
5.28-50	3.8	0.075	2440	0.993	0.045	0.088	5.139	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 2.45→48.554 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2467	1168	4.95 %
R_work	0.2054	22414	-
obs	0.2075	23582	93.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.54 Å² / B_iso mean: 59.5313 Å² / B_iso min: 21.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→48.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5190	0	0	53	5243
B_iso mean	-	-	-	48.9	-
残基数	-	-	-	-	664

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.5462	0.318	129	0.2703	2613	2742	87
2.5462-2.6805	0.3371	147	0.2779	2798	2945	94
2.6805-2.8484	0.3265	147	0.2702	2866	3013	95
2.8484-3.0683	0.2919	154	0.2627	2848	3002	96
3.0683-3.377	0.3054	153	0.2318	2858	3011	94
3.377-3.8655	0.2429	147	0.2043	2782	2929	93
3.8655-4.8693	0.1911	139	0.1646	2808	2947	93
4.8693-48.5633	0.2106	152	0.173	2841	2993	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9942	-0.5374	-0.1607	2.4952	0.1043	2.3708	-0.1488	-0.518	0.0103	0.4153	0.0067	-0.2192	0.1296	0.1499	0.1067	0.4047	-0.0259	-0.0394	0.5402	0.0994	0.3928	25.0011	8.435	-6.2303
2	2.146	-0.2138	1.1871	2.3481	-0.7092	1.0541	-0.1166	-0.058	-0.0174	0.2372	-0.0932	-0.2402	-0.1941	0.2422	0.0825	0.4294	-0.0577	-0.015	0.3655	0.0307	0.3247	19.7512	23.3288	-23.1871
3	3.2097	-0.1723	0.0828	1.7031	-1.2589	1.7777	-0.1837	-0.2288	0.4398	0.2918	-0.0289	0.3158	-0.6205	-0.2909	0.1529	0.4308	0.0029	-0.0077	0.4192	0.0421	0.4159	15.8819	18.4083	-7.409
4	1.331	-0.4	-0.0092	1.7061	-0.2897	1.1413	-0.1523	-0.1477	0.3075	0.4853	-0.0354	-0.37	-0.3813	0.3343	0.1354	0.4394	-0.096	-0.1373	0.3839	0.0388	0.4418	27.6154	25.9939	-14.8856
5	3.5207	0.1668	-0.841	3.8962	-0.2813	3.2172	-0.393	-0.3536	0.744	0.4419	0.3976	-0.0952	-0.4319	0.3009	-0.0012	0.4587	0.0378	-0.068	0.3246	0.0604	0.4284	12.0764	33.2354	-26.47
6	3.4621	-2.4346	-1.1277	6.9211	1.7584	2.3476	0.0995	0.1753	0.6521	0.2265	-0.2413	-0.3875	0.0842	0.0285	-0.049	0.324	-0.0038	-0.0578	0.3725	0.0652	0.4044	6.7702	38.4423	-35.8224
7	1.7638	-0.906	0.4358	2.2519	-0.5207	1.3256	0.1517	0.2204	0.2392	-0.1723	-0.2751	0.2777	-0.1193	-0.2398	-0.0484	0.2983	0.0345	-0.0123	0.4191	-0.0197	0.5867	-3.5481	43.9507	-34.783
8	2.2309	0.0534	-0.0044	4.0625	-1.0677	2.9773	0.122	0.267	0.0606	-0.0543	0.2038	0.6179	-0.1314	-0.7455	-0.0445	0.2829	0.0256	0.0321	0.4616	0.024	0.5363	2.3979	23.7682	-30.9239
9	4.5777	-0.1311	0.058	2.0796	-0.1176	2.2595	0.09	0.2765	0.4066	-0.3867	0.045	-0.0415	-0.1154	0.1822	0.082	0.4326	0.005	0.0603	0.4388	0.088	0.4012	21.3543	3.9727	-51.612
10	0.9949	0.5392	1.1071	2.1917	-0.1344	1.5131	0.0872	-0.0158	-0.2628	-0.0491	-0.0519	-0.2285	0.0965	0.412	0.0732	0.2754	0.0259	0.0232	0.4944	-0.0015	0.3567	24.6671	-2.5029	-30.2161
11	1.8312	0.0803	-1.2229	1.9489	-1.1056	2.5314	-0.0811	0.2556	-0.2298	-0.5674	-0.0723	0.0104	0.4548	-0.0548	0.0359	0.3519	0.019	0.0153	0.3103	-0.019	0.2754	15.9748	-8.3813	-43.2398
12	2.2065	-0.4564	-0.4807	2.6328	0.2855	2.45	-0.1151	-0.1438	-0.6397	-0.3556	-0.0437	0.0179	0.6017	0.4168	0.0211	0.3988	0.1089	0.0681	0.385	0.0709	0.4675	22.9405	-15.285	-35.9174
13	1.9811	0.8146	-0.8231	1.9734	-0.798	1.0852	0.0228	-0.003	-0.2891	0.0362	-0.0416	0.1381	0.1884	-0.0932	-0.0539	0.2599	0.0051	0.0033	0.36	0.0492	0.3647	2.1699	-20.6155	-21.5963
14	2.2265	-0.0104	0.3726	3.0969	-0.1988	3.6839	-0.0485	-0.1541	0.0023	0.0085	0.0341	0.4466	-0.0786	-0.7619	-0.0804	0.2931	0.013	-0.02	0.3956	0.0382	0.5188	-1.6796	-6.6396	-24.9047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 118 )	A	83 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 175 )	A	119 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 219 )	A	176 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 220 through 330 )	A	220 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 331 through 357 )	A	331 - 357
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 358 through 382 )	A	358 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 383 through 408 )	A	383 - 408
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 409 through 430 )	A	409 - 430
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 83 through 118 )	B	83 - 118
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 119 through 140 )	B	119 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 141 through 263 )	B	141 - 263
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 264 through 322 )	B	264 - 322
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 323 through 408 )	B	323 - 408
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 409 through 430 )	B	409 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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