[日本語] English
万見
- PDB-6n4v: CryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n4v
タイトルCryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid (PP7PP7-WT)
要素Coat protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / T4 / icosahedral / PP7 / biotechnology / vaccine / drug delivery
機能・相同性Bacteriophage PP7, coat / Phage PP7 coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / RNA binding / identical protein binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liangjun, Z. / Kopylov, M. / Potter, C.S. / Carragher, B. / Finn, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM103310 米国
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2019
タイトル: Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform.
著者: Liangjun Zhao / Mykhailo Kopylov / Clinton S Potter / Bridget Carragher / M G Finn /
要旨: As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the ...As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the genetic modification and structural characterization of the Leviviridae PP7 capsid protein as a platform for the presentation of functional polypeptides. This particle was shown to tolerate the display of sequences from 1 kDa (a cell penetrating peptide) to 14 kDa (the Fc-binding double Z-domain) on its exterior surface as C-terminal genetic fusions to the coat protein. In addition, a dimeric construct allowed the presentation of exogenous loops between capsid monomers and the simultaneous presentation of two different peptides at different positions on the icosahedral structure. The PP7 particle is thereby significantly more tolerant of these types of polypeptide additions than Qβ and MS2, the other Leviviridae-derived VLPs in common use.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0344
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0344
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Af: Coat protein
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: Coat protein
Q: Coat protein
R: Coat protein
S: Coat protein
T: Coat protein
V: Coat protein
W: Coat protein
X: Coat protein
Y: Coat protein
Z: Coat protein
AA: Coat protein
BA: Coat protein
CA: Coat protein
DA: Coat protein
EA: Coat protein
FA: Coat protein
GA: Coat protein
HA: Coat protein
IA: Coat protein
JA: Coat protein
KA: Coat protein
LA: Coat protein
MA: Coat protein
NA: Coat protein
OA: Coat protein
PA: Coat protein
QA: Coat protein
RA: Coat protein
SA: Coat protein
TA: Coat protein
UA: Coat protein
VA: Coat protein
WA: Coat protein
XA: Coat protein
YA: Coat protein
ZA: Coat protein
AB: Coat protein
BB: Coat protein
CB: Coat protein
DB: Coat protein
EB: Coat protein
FB: Coat protein
GB: Coat protein
HB: Coat protein
IB: Coat protein
JB: Coat protein
KB: Coat protein
LB: Coat protein
MB: Coat protein
NB: Coat protein
OB: Coat protein
PB: Coat protein
QB: Coat protein
RB: Coat protein
SB: Coat protein
TB: Coat protein
UB: Coat protein
VB: Coat protein
WB: Coat protein
XB: Coat protein
YB: Coat protein
ZB: Coat protein
AC: Coat protein
BC: Coat protein
CC: Coat protein
DC: Coat protein
EC: Coat protein
FC: Coat protein
GC: Coat protein
HC: Coat protein
IC: Coat protein
JC: Coat protein
KC: Coat protein
LC: Coat protein
MC: Coat protein
NC: Coat protein
OC: Coat protein
PC: Coat protein
QC: Coat protein
RC: Coat protein
SC: Coat protein
TC: Coat protein
UC: Coat protein
VC: Coat protein
WC: Coat protein
XC: Coat protein
YC: Coat protein
ZC: Coat protein
AD: Coat protein
BD: Coat protein
CD: Coat protein
DD: Coat protein
ED: Coat protein
FD: Coat protein
GD: Coat protein
HD: Coat protein
ID: Coat protein
JD: Coat protein
KD: Coat protein
LD: Coat protein
MD: Coat protein
ND: Coat protein
OD: Coat protein
PD: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,377,281120
ポリマ－3,377,281120
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 28144.008 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage PP7 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38062

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage PP7 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 2 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10cryoSPARC0.6.5初期オイラー角割当
11cryoSPARC0.6.5最終オイラー角割当
12RELION3分類
13cryoSPARC0.6.5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33224 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る