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- PDB-6n4f: The crystal structure of hemagglutinin from A/canine/IL/11613/201... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n4f
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from A/canine/IL/11613/2015 (H3N2) influenza virus.
要素
  • Hemagglutinin HA1
  • Hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / canine influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Yang, H. / Stevesn, J.
引用ジャーナル: J. Infect. Dis. / 年: 2017
タイトル: Assessment of Molecular, Antigenic, and Pathological Features of Canine Influenza A(H3N2) Viruses That Emerged in the United States.
著者: Pulit-Penaloza, J.A. / Simpson, N. / Yang, H. / Creager, H.M. / Jones, J. / Carney, P. / Belser, J.A. / Yang, G. / Chang, J. / Zeng, H. / Thor, S. / Jang, Y. / Killian, M.L. / Jenkins-Moore, ...著者: Pulit-Penaloza, J.A. / Simpson, N. / Yang, H. / Creager, H.M. / Jones, J. / Carney, P. / Belser, J.A. / Yang, G. / Chang, J. / Zeng, H. / Thor, S. / Jang, Y. / Killian, M.L. / Jenkins-Moore, M. / Janas-Martindale, A. / Dubovi, E. / Wentworth, D.E. / Stevens, J. / Tumpey, T.M. / Davis, C.T. / Maines, T.R.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
G: Hemagglutinin HA1
H: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,5458
ポリマ－230,5458
非ポリマー00
水00
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
G: Hemagglutinin HA1
H: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,9096
ポリマ－172,9096
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30940 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area56080 Å2
手法PISA
2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2

E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2

E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,9096
ポリマ－172,9096
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area30930 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area56080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)241.148, 241.148, 147.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA8 - 32413 - 329
21ASNASNPROPROCC8 - 32413 - 329
12ASNASNPROPROAA8 - 32413 - 329
22ASNASNPROPROEE8 - 32413 - 329
13ASNASNPROPROAA8 - 32413 - 329
23ASNASNPROPROGG8 - 32413 - 329
14GLYGLYGLNGLNBB1 - 1721 - 172
24GLYGLYGLNGLNDD1 - 1721 - 172
15GLYGLYGLNGLNBB1 - 1721 - 172
25GLYGLYGLNGLNFF1 - 1721 - 172
16GLYGLYGLNGLNBB1 - 1721 - 172
26GLYGLYGLNGLNHH1 - 1721 - 172
17ASNASNPROPROCC8 - 32413 - 329
27ASNASNPROPROEE8 - 32413 - 329
18ASNASNPROPROCC8 - 32413 - 329
28ASNASNPROPROGG8 - 32413 - 329
19GLYGLYGLNGLNDD1 - 1721 - 172
29GLYGLYGLNGLNFF1 - 1721 - 172
110GLYGLYGLNGLNDD1 - 1721 - 172
210GLYGLYGLNGLNHH1 - 1721 - 172
111ASNASNPROPROEE8 - 32413 - 329
211ASNASNPROPROGG8 - 32413 - 329
112GLYGLYGLNGLNFF1 - 1721 - 172
212GLYGLYGLNGLNHH1 - 1721 - 172

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1


分子量: 36695.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A218KIQ1
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2


分子量: 20941.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2U5FPI7
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Tris pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 62940 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 18.857 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.376 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24153 3188 5.1 %RANDOM
Rwork0.21328 ---
obs0.21474 59748 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 103.378 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å2-0.49 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---3.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15352 0 0 0 15352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01915688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.93221288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.848333388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9351948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55124.899792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.318152624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3421596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.06310.337816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.05910.3297815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.20715.479756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.20715.4729757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.39710.5097872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.39710.517873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.2315.61411533
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.55381.03417541
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.55281.0417542
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A18871
12C18871
21A18878
22E18878
31A18878
32G18878
41B9326
42D9326
51B9326
52F9326
61B9328
62H9328
71C18871
72E18871
81C18879
82G18879
91D9326
92F9326
101D9327
102H9327
111E18885
112G18885
121F9325
122H9325
LS精密化 シェル解像度: 3.009→3.087 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 206 -
Rwork0.316 4350 -
obs--98.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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