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- PDB-6n3n: Identification of novel, potent and selective GCN2 inhibitors as ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n3n
タイトルIdentification of novel, potent and selective GCN2 inhibitors as first-in-class anti-tumor agents
要素eIF-2-alpha kinase GCN2,eIF-2-alpha kinase GCN2
キーワードtransferase/transferase inhibitor / GCN2 / Kinase / Inhibitor / Anti-tumor / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior ...positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior / T cell activation involved in immune response / positive regulation of adaptive immune response / regulation of translational initiation / cellular response to cold / neuron projection extension / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / negative regulation of neuron differentiation / long-term memory / cytosolic ribosome / negative regulation of translational initiation / positive regulation of defense response to virus by host / cellular response to amino acid starvation / learning / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cellular response to UV / defense response to virus / adaptive immune response / viral translation / protein autophosphorylation / tRNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain superfamily ...eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KA4 / eIF-2-alpha kinase GCN2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Hoffman, I.D. / Fujimoto, J. / Kurasawa, O. / Takagi, T. / Klein, M.G. / Kefala, G. / Ding, S.C. / Cary, D.R. / Mizojiri, R.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Identification of Novel, Potent, and Orally Available GCN2 Inhibitors with Type I Half Binding Mode.
著者: Fujimoto, J. / Kurasawa, O. / Takagi, T. / Liu, X. / Banno, H. / Kojima, T. / Asano, Y. / Nakamura, A. / Nambu, T. / Hata, A. / Ishii, T. / Sameshima, T. / Debori, Y. / Miyamoto, M. / Klein, ...著者: Fujimoto, J. / Kurasawa, O. / Takagi, T. / Liu, X. / Banno, H. / Kojima, T. / Asano, Y. / Nakamura, A. / Nambu, T. / Hata, A. / Ishii, T. / Sameshima, T. / Debori, Y. / Miyamoto, M. / Klein, M.G. / Tjhen, R. / Sang, B.C. / Levin, I. / Lane, S.W. / Snell, G.P. / Li, K. / Kefala, G. / Hoffman, I.D. / Ding, S.C. / Cary, D.R. / Mizojiri, R.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eIF-2-alpha kinase GCN2,eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6972
ポリマ－36,2121
非ポリマー4851
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.117, 82.117, 192.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 eIF-2-alpha kinase GCN2,eIF-2-alpha kinase GCN2 / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 4 / GCN2-like protein


分子量: 36211.773 Da / 分子数: 1 / 変異: D848N, T899A, T904A, K807A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK4, GCN2, KIAA1338 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9P2K8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-KA4 / N-{3-[(2-aminopyrimidin-5-yl)ethynyl]-2,4-difluorophenyl}-2,5-dichloro-3-(hydroxymethyl)benzene-1-sulfonamide


分子量: 485.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12Cl2F2N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Na Citrate pH 5.6, 10% PEG 5K MME, 0.7 M LiCl, 3% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 8173 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.058.21.2983990.5040.4761.3850.96799.8
3.05-3.118.21.0383850.680.3831.1090.97799.7
3.11-3.178.20.9014010.8380.330.9621.00599.8
3.17-3.238.10.7323940.8520.270.7821.015100
3.23-3.380.5373950.890.1990.5741.031100
3.3-3.387.90.4194030.9540.1570.4481.00799.5
3.38-3.467.40.3383920.9470.1310.3641.04699.5
3.46-3.567.80.2594120.9760.0980.278199.5
3.56-3.667.60.2153900.9760.0820.231.08299.7
3.66-3.788.10.1633940.9890.060.1740.99299.5
3.78-3.918.20.1554090.9920.0570.1661.04499.5
3.91-4.078.10.1184030.9920.0430.1251.00499.8
4.07-4.267.80.0994140.9940.0370.1060.99499.5
4.26-4.487.30.0853970.9950.0340.0910.99799.2
4.48-4.767.30.0794190.9950.0310.085199.1
4.76-5.137.50.084120.9940.0310.0861.00398.8
5.13-5.647.70.0724080.9950.0270.0770.99598.8
5.64-6.467.30.0694290.9970.0270.0741.01199.1
6.46-8.136.80.0584390.9970.0230.0620.99398.4
8.13-506.30.0444780.9980.0190.0480.98894.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 51.374 / SU ML: 0.398 / SU R Cruickshank DPI: 0.3917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.434
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 408 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2189 7751 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 238.29 Å2 / Biso mean: 128.887 Å2 / Biso min: 83.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.34 Å20 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3----2.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 31 0 2015
Biso mean--103.02 --
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.6642790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0971.5764420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1675236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02821.565115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.58915355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5291515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02446
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.087 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 34 -
Rwork0.311 542 -
all-576 -
obs--98.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.4652 Å / Origin y: -23.9887 Å / Origin z: 12.6473 Å
111213212223313233
T0.1527 Å20.1281 Å2-0.0379 Å2-0.1888 Å20.0785 Å2--0.4587 Å2
L2.4492 °21.3216 °20.0997 °2-8.5667 °21.3345 °2--3.6861 °2
S-0.0651 Å °-0.1254 Å °-0.8934 Å °-0.5111 Å °0.179 Å °0.4248 Å °0.0645 Å °0.2482 Å °-0.1139 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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