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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n3i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a double Trp XylE mutants (G58W/L315W) | ||||||
![]() | D-xylose transporter | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / sugar transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-xylose:proton symporter activity / D-xylose transmembrane transport / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] activity / glucose transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, X. / Wu, J.P. / Yan, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineered XylE as a tool for mechanistic investigation and ligand discovery of the glucose transporters GLUTs. 著者: Jiang, X. / Wu, J. / Ke, M. / Zhang, S. / Yuan, Y. / Lin, J.Y. / Yan, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 197.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4gbzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56770.914 Da / 分子数: 1 / 変異: G58W, L315W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: xylE, A6581_03910, A8C65_05810, A8G17_02365, A9R57_24335, ACU57_23655, AM266_00125, APT13_02355, ARC77_17295, AU473_00570, AUQ13_09605, AXA56_02835, BET08_27805, BHS87_22560, BIZ41_02050, ...遺伝子: xylE, A6581_03910, A8C65_05810, A8G17_02365, A9R57_24335, ACU57_23655, AM266_00125, APT13_02355, ARC77_17295, AU473_00570, AUQ13_09605, AXA56_02835, BET08_27805, BHS87_22560, BIZ41_02050, BJJ90_24840, BTQ04_08325, BUE81_27360, BW690_24570, BWP17_09190, BZL31_21205, C4J69_17240, C5N07_20120, C9E25_05830, CR539_01970, CVH05_05200, DNQ41_01650, EC3234A_77c00210, ECs5014, EL75_4158, ERS085365_03771, ERS085383_01436, ERS085404_01231, ERS085416_00617, ERS139211_03640, ERS150873_01173, NCTC11022_04351, NCTC13127_06094, NCTC8500_05257, NCTC9010_04850, NCTC9037_04731, NCTC9045_05486, NCTC9058_02196, NCTC9060_03761, NCTC9062_03497, NCTC9110_04439, NCTC9701_04938, NCTC9969_04869, PGD_03203, RK56_017160, SAMEA3472067_03745, SAMEA3472080_00244, SAMEA3484427_03815, SAMEA3484429_02460, SAMEA3752557_02204, SAMEA3752559_00300, SAMEA3753093_02732, SAMEA3753106_03785, SAMEA3753300_00801, SAMEA3753391_00781, SAMEA3753397_01641 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C3SHS4, UniProt: P0AGF4*PLUS, 2-alkenal reductase [NAD(P)+] |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.26 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH6.5, 30% PEG400 (v/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.69→40 Å / Num. obs: 10052 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4GBZ 解像度: 3.69→35.597 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.69→35.597 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.394 Å / Origin y: -15.4176 Å / Origin z: -2.9314 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |