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万見
- PDB-4gbz: The structure of the MFS (major facilitator superfamily) proton:x... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gbz
タイトルThe structure of the MFS (major facilitator superfamily) proton:xylose symporter XylE bound to D-glucose
要素D-xylose-proton symporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS / D-xylose:proton symporter
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose:proton symporter activity / D-xylose transmembrane transport / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; ...: / : / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / D-xylose-proton symporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å
データ登録者Sun, L.F. / Zeng, X. / Yan, C.Y. / Yan, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporters GLUT1-4.
著者: Sun, L. / Zeng, X. / Yan, C. / Sun, X. / Gong, X. / Rao, Y. / Yan, N.
履歴
登録2012年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-xylose-proton symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0486
ポリマ－53,6431
非ポリマー1,4065
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.036, 95.036, 168.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 D-xylose-proton symporter / D-xylose transporter


分子量: 53642.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xylE, b4031, JW3991 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGF4
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.6
詳細: 40 % (w/v) PEG400, 0.05 M Glycine pH 9.6 and 0.1 M LiCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→40 Å / Num. all: 17911 / Num. obs: 17572 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.894→38.524 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 898 5.12 %
Rwork0.2468 --
obs0.2489 17545 98.06 %
all-17891 -
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.668 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.8319 Å2-0 Å20 Å2
2---14.8319 Å2-0 Å2
3---43.5163 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.894→38.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 96 2 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2075129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4721304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8944-3.07570.43261780.3862661X-RAY DIFFRACTION97
3.0757-3.3130.35511440.30242740X-RAY DIFFRACTION99
3.313-3.64620.28271540.23212759X-RAY DIFFRACTION99
3.6462-4.17330.28941460.20672774X-RAY DIFFRACTION99
4.1733-5.25580.26081320.21322811X-RAY DIFFRACTION98
5.2558-38.52730.27151440.26332902X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.195 Å / Origin y: 25.5829 Å / Origin z: -3.6462 Å
111213212223313233
T0.6674 Å20.096 Å2-0.0039 Å2-0.4939 Å2-0.0076 Å2--0.5408 Å2
L3.6199 °2-0.6536 °20.791 °2-1.8823 °2-0.4805 °2--1.7496 °2
S-0.2288 Å °-0.3092 Å °0.1106 Å °0.3043 Å °0.2955 Å °0.394 Å °-0.1369 Å °-0.111 Å °-0.1001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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