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- PDB-6n2w: The structure of Stable-5-Lipoxygenase bound to NDGA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2w
タイトルThe structure of Stable-5-Lipoxygenase bound to NDGA
要素Arachidonate 5-lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Lipoxygenase / inhibitor / allostery / complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 5-lipoxygenase / arachidonate 5-lipoxygenase activity / regulation of inflammatory response to wounding / leukotriene A4 biosynthetic process / lipoxin biosynthetic process / Biosynthesis of DPAn-3-derived protectins and resolvins / Biosynthesis of DPAn-3-derived 13-series resolvins / arachidonate 8(S)-lipoxygenase activity / leukotriene production involved in inflammatory response / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives ...arachidonate 5-lipoxygenase / arachidonate 5-lipoxygenase activity / regulation of inflammatory response to wounding / leukotriene A4 biosynthetic process / lipoxin biosynthetic process / Biosynthesis of DPAn-3-derived protectins and resolvins / Biosynthesis of DPAn-3-derived 13-series resolvins / arachidonate 8(S)-lipoxygenase activity / leukotriene production involved in inflammatory response / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Biosynthesis of DPAn-3-derived maresins / arachidonate 12(S)-lipoxygenase activity / negative regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / lipoxygenase pathway / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / dendritic cell migration / Interleukin-18 signaling / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / arachidonate metabolic process / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / negative regulation of vascular wound healing / lipid oxidation / Biosynthesis of maresins / negative regulation of wound healing / leukotriene metabolic process / regulation of cellular response to oxidative stress / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukotriene biosynthetic process / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / regulation of fat cell differentiation / long-chain fatty acid biosynthetic process / nuclear envelope lumen / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of endothelial cell proliferation / humoral immune response / positive regulation of bone mineralization / regulation of insulin secretion / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of inflammatory response / nuclear matrix / nuclear envelope / glucose homeostasis / regulation of inflammatory response / secretory granule lumen / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / oxidoreductase activity / hydrolase activity / iron ion binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase ...Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30Z / : / Polyunsaturated fatty acid 5-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Newcomer, M.E. / Gilbert, N.C. / Neau, D.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL107887 米国
American Heart Association16GRNT31000010 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic insights into 5-lipoxygenase inhibition by natural products.
著者: Gilbert, N.C. / Gerstmeier, J. / Schexnaydre, E.E. / Borner, F. / Garscha, U. / Neau, D.B. / Werz, O. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 5-lipoxygenase
B: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,2875
ポリマ－158,8722
非ポリマー4143
水3,081171
1
A: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4922
ポリマ－79,4361
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7943
ポリマ－79,4361
非ポリマー3582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.152, 204.358, 76.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.906, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Arachidonate 5-lipoxygenase / 5-lipoxygenase


分子量: 79436.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALOX5, LOG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09917, arachidonate 5-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-30Z / 4-[(2R,3S)-3-[(3,4-DIHYDROXYPHENYL)METHYL]-2-METHYLBUTYL]BENZENE-1,2-DIOL / 4,4′-[(2S,3S)-2,3-ジメチル-1,4-ブタンジイル]ビスカテコ-ル


分子量: 302.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細RESIDUES 41-45 WERE DELETED AND REPLACED WITH GS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 8-10% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.709→102.18 Å / Num. obs: 148992 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.61 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.2695 / Rpim(I) all: 0.1597 / Net I/σ(I): 6.78
反射 シェル解像度: 2.713→2.809 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.454 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 12579 / CC1/2: 0.325 / Rpim(I) all: 0.877 / % possible all: 89.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o8y monomer

3o8y


解像度: 2.71→75.57 Å / SU ML: 0.5073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 3853 5.12 %
Rwork0.2129 71400 -
obs0.2155 75253 95.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→75.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9844 0 24 171 10039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006710121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.824713743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14441493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.51073741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.740.3229650.28741314X-RAY DIFFRACTION49.04
2.74-2.780.35041370.32132584X-RAY DIFFRACTION96.8
2.78-2.810.33491400.33762599X-RAY DIFFRACTION97.68
2.81-2.850.35781360.34742612X-RAY DIFFRACTION97.17
2.85-2.890.38271340.34822534X-RAY DIFFRACTION97.87
2.89-2.940.41411420.34172608X-RAY DIFFRACTION97.73
2.94-2.980.38511440.34022622X-RAY DIFFRACTION97.5
2.98-3.030.36321400.34472620X-RAY DIFFRACTION97.98
3.03-3.080.3561400.31562563X-RAY DIFFRACTION97.76
3.08-3.140.39651420.30162592X-RAY DIFFRACTION97.71
3.14-3.20.33391390.27542684X-RAY DIFFRACTION98.16
3.2-3.260.31350.26082525X-RAY DIFFRACTION98.48
3.26-3.330.28751460.25652673X-RAY DIFFRACTION98.57
3.34-3.410.30131410.2312593X-RAY DIFFRACTION98.7
3.41-3.50.2731420.22472627X-RAY DIFFRACTION98.72
3.5-3.590.28621390.21312608X-RAY DIFFRACTION98.96
3.59-3.70.28941400.2012659X-RAY DIFFRACTION98.59
3.7-3.820.26951400.19072570X-RAY DIFFRACTION98.62
3.82-3.950.24621450.18842625X-RAY DIFFRACTION98.4
3.95-4.110.20731370.16842602X-RAY DIFFRACTION98.42
4.11-4.30.25211450.17192611X-RAY DIFFRACTION98.43
4.3-4.530.23321380.16092582X-RAY DIFFRACTION97
4.53-4.810.2111450.15462612X-RAY DIFFRACTION96.84
4.81-5.180.17431380.15752543X-RAY DIFFRACTION96.86
5.18-5.70.2831400.17622562X-RAY DIFFRACTION97.4
5.7-6.530.19731410.17742622X-RAY DIFFRACTION98.08
6.53-8.220.20171420.18042586X-RAY DIFFRACTION97.22
8.22-75.570.19771400.16932468X-RAY DIFFRACTION93.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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