PDB-4ccz: Crystal structure of human 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ccz

タイトル

Crystal structure of human 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, the homocysteine and folate binding domains

要素

METHIONINE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective MTRR causes HMAE / Defective MTR causes HMAG / sulfur amino acid metabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Cobalamin (Cbl) metabolism / cobalamin metabolic process / methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / Methylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Vollmar, M. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Goubin, S. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Yue, W.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human 5-Methyltetrahydrofolate-Homocysteine Methyltransferase, the Homocysteine and Folate Binding Domains
著者: Vollmar, M. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Goubin, S. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Yue, W.W.

履歴

登録	2013年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ccz.cif.gz	231.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ccz.ent.gz	183.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ccz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4ccz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4ccz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q7qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k0s-3 4zt5-2 6n2w-1 5nfh-2 6n2w-2 3fg1-2 3qrh-1 3mbf-1 4mwb-2 3ftq-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: METHIONINE SYNTHASE

ヘテロ分子

71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.803, 166.803, 166.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	METHIONINE SYNTHASE / 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE--HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE / VITAMIN-B12 DEPENDENT METHIONINE SYNTHASE / MS 分子量: 70523.828 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMOCYSTEINE AND FOLATE BINDING DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q99707, methionine synthase
#2: 化合物	ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸分子量: 445.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₇O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.42 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 2.4M SODIUM MALONATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39.32 Å / Num. obs: 21347 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q7Q

1q7q

解像度: 2.7→39.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 32.779 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.687 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27408	1095	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21705	-	-	-
obs	0.22004	20213	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4218	0	32	2	4252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.91	1.968	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.707	3	8668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.391	5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.109	24.408	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.697	15	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.291	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.73	14.517	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.732	14.503	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.914	22.87	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.378	15.541	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	71	-
R_work	0.279	1500	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.585	-12.8708	1.7291	13.071	1.699	13.4983	-0.1014	-0.1108	0.7896	0.3159	-0.2666	-0.7069	-0.0057	-1.7263	0.3681	0.7925	-0.1511	0.1844	1.0226	0.1614	0.8629	-71.4038	20.1199	-4.7353
2	4.2733	-0.1012	-1.2895	0.1991	0.6935	6.2503	-0.022	0.2013	-0.8274	-0.1714	-0.1709	0.1718	0.5526	-0.9379	0.1929	0.6809	-0.0946	-0.0705	0.8554	-0.0504	0.763	-65.4353	16.3311	-33.9154
3	2.0766	-0.6122	-1.4083	1.1241	-0.5521	6.4053	0.0197	-0.0914	-0.3815	-0.2886	0.2154	0.2797	0.4608	-0.9506	-0.2352	0.1348	-0.0135	-0.0174	0.6336	0.07	0.32	-63.7827	23.8949	-27.5317
4	1.6922	0.3223	1.2377	1.5267	0.5466	2.6196	0.0896	0.1314	-0.5361	0.1696	0.176	-0.0178	0.3391	-0.0657	-0.2656	0.2255	0.0502	0.0099	0.3129	0.0433	0.2243	-48.8914	26.5851	-9.8098
5	1.7384	-0.2631	-0.2095	1.9553	1.7826	6.3039	-0.2826	0.1476	-0.0068	0.1293	0.0919	0.5373	-0.4815	-0.0194	0.1907	0.2891	0.0631	-0.0114	0.2205	0.0514	0.2147	-47.2303	44.8793	-5.9175
6	2.852	-2.4036	-1.26	2.9427	0.1333	2.3578	-0.3392	-0.1393	0.2248	0.4659	0.6817	-0.0067	-0.0756	0.0054	-0.3425	0.338	0.0788	-0.0333	0.5787	0.0374	0.0719	-42.4221	50.4169	1.6515
7	11.1775	3.0131	-5.3539	36.6783	5.7316	25.7994	-0.0667	0.0472	0.7905	-0.2497	0.6031	-0.4982	-0.7311	0.8427	-0.5364	0.3373	-0.0234	-0.0363	0.2815	0.0248	0.0965	-39.4042	55.8973	13.7201
8	1.387	-0.2431	-0.2519	3.049	1.2415	1.3688	-0.0645	-0.0312	-0.0025	0.8551	0.1931	-0.3875	0.0964	0.2032	-0.1287	0.5603	0.0492	-0.1746	0.2407	0.0376	0.0855	-33.4874	45.2773	12.1124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	85 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	124 - 457
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	458 - 490
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	491 - 507
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	508 - 512
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	513 - 639

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)