PDB-6n2e: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC1-3 G16D N369D Q370...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n2e

タイトル

Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC1-3 G16D N369D Q370N and Mouse Cadherin-23 EC1-2 T15E

要素

Cadherin-23
Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION / Mechanotransduction / Calcium-binding protein / stereocilia / hair cell / tip link

機能・相同性

機能・相同性情報

kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Choudhary, D. / De-la-Torre, P. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of protocadherin-15 mechanics and function in hearing and balance perception.
著者: Choudhary, D. / Narui, Y. / Neel, B.L. / Wimalasena, L.N. / Klanseck, C.F. / De-la-Torre, P. / Chen, C. / Araya-Secchi, R. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2018年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n2e.cif.gz	452.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n2e.ent.gz	372.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/6n2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/6n2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tpkC 5ulyC 5w1dC 6bwnC 6bxuC 6e8fC 6eb5C 6eetC 6mfoSC 6n22C 4aq8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ug7-d 5nlt-d 1oxt-d 3etb-d 1oxv-d 7k80-d 1oxu-d 2nz1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

B: Protocadherin-15

C: Cadherin-23

D: Cadherin-23

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.792, 65.397, 190.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 43069.160 Da / 分子数: 2 / 変異: G16D, N369D, Q370N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: A0A087X1T6, UniProt: Q96QU1*PLUS
#2: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 23884.445 Da / 分子数: 2 / 変異: T15E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99PF4
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Imidazole pH 6.8, 46% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 41847 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 12.33
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.4 % / Num. unique obs: 1806 / R_pim(I) all: 0.236 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MFO, 4AQ8

6mfo

4aq8

解像度: 2.9→49.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 22.739 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25332	1909	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22464	-	-	-
obs	0.22605	37058	92.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.42 Å²	-0 Å²	-49.81 Å²
2-	-	63.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-55.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8699	0	18	62	8779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	8902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.655	12172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.28	1.572	18738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.358	5	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.553	23.084	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.887	15	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.897	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	10005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.235	0.459	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.235	0.459	4387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.433	0.687	5471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.433	0.687	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.246	0.468	4514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.246	0.468	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.417	0.697	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.783	8.818	34156
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.742	8.767	34128
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.891→2.966 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	125	-
R_work	0.299	2375	-
obs	-	-	79.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9039	0.2552	2.6068	0.6287	-0.393	3.9007	-0.0909	1.1178	-0.1009	-0.3544	0.1007	-0.0186	-0.0287	0.2664	-0.0098	1.1359	-0.0638	-0.0327	1.9153	0.0521	0.8618	-0.9547	12.1949	9.7283
2	1.2083	0.066	0.2175	0.7141	-0.1969	7.2301	-0.0111	0.6761	0.0387	-0.2727	-0.028	-0.12	0.0238	0.0977	0.0391	0.7029	-0.0081	0.0308	0.4673	0.0294	0.7076	12.5231	12.7067	55.5623
3	1.5693	-0.1264	0.2279	0.9237	0.0432	4.3956	-0.1748	-0.34	0.0337	0.1762	-0.052	0.0365	0.0157	-0.2433	0.2268	0.6998	-0.0163	0.0579	0.0927	0.0106	0.683	13.4614	17.8278	104.8923
4	2.9505	-0.4641	2.1534	1.2221	-0.323	3.9577	0.1863	0.8556	-0.2918	-0.2126	-0.0232	0.1171	0.0753	0.0798	-0.1631	0.732	-0.015	0.0476	0.8268	-0.1523	0.7633	-45.5745	-9.6667	37.5133
5	5.9894	1.8031	2.3213	0.7604	0.8815	1.2319	0.0955	0.0602	0.0353	0.0371	-0.0552	0.1356	0.0826	-0.2119	-0.0404	0.7542	-0.1317	0.0424	0.2302	-0.0072	0.7078	-9.6248	-2.6812	70.8682
6	2.3617	-0.0237	0.3454	2.8967	0.6514	2.7514	0.0862	-0.0136	0.0043	0.525	0.0753	-0.5022	0.4635	0.2865	-0.1615	0.7863	0.0412	-0.021	0.0323	0.0102	0.7504	32.1977	3.8645	96.8403
7	3.283	0.3395	2.8803	1.2343	1.041	4.7822	0.0305	0.9044	0.2656	-0.1975	0.0251	-0.2229	-0.3853	0.2882	-0.0556	0.9232	-0.0254	0.0905	1.4059	0.1519	0.9772	-36.243	2.7089	26.8178
8	5.2302	-1.6461	4.0456	0.8583	-1.3196	3.2544	0.0551	0.1727	-0.7448	-0.0744	0.4472	0.3143	-0.0579	-0.2621	-0.5024	0.9412	-0.0835	-0.0188	1.7668	-0.0132	1.0856	-14.3315	-0.4398	13.3216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	403 - 404
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	239 - 368
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	405
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	5 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	401 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	120 - 238
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	403
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	405
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	239 - 369
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	404
14	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 198
15	X-RAY DIFFRACTION	7	C	301 - 303
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	2 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	8	D	301 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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