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Yorodumi- PDB-7k80: KIR3DL1*001 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW p... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7k80 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | KIR3DL1*001 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW peptide | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / KIR receptor / HLA / peptide presentation | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationNef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / immune response-regulating signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / immune response-regulating signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / natural killer cell mediated cytotoxicity / Uncoating of the HIV Virion / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Binding and entry of HIV virion / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / Assembly Of The HIV Virion / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / Budding and maturation of HIV virion / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / virion component / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / SH3 domain binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | MacLachlan, B.J. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. | ||||||
Citation | Journal: J Immunol. / Year: 2021Title: The Role of the HLA Class I alpha 2 Helix in Determining Ligand Hierarchy for the Killer Cell Ig-like Receptor 3DL1. Authors: Saunders, P.M. / MacLachlan, B.J. / Widjaja, J. / Wong, S.C. / Oates, C.V.L. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. / Brooks, A.G. | ||||||
| History |
|
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 7k80.cif.gz | 563.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7k80.ent.gz | 466.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7k80.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7k80_validation.pdf.gz | 522.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7k80_full_validation.pdf.gz | 542.2 KB | Display | |
| Data in XML | 7k80_validation.xml.gz | 50.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 7k80_validation.cif.gz | 68.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k80 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7k81C ![]() 3vh8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 6 molecules ADBEGH
| #1: Protein | Mass: 31778.117 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-A / Plasmid: pET-30 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: pET-30 / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 33076.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KIR3DL1, CD158E, NKAT3, NKB1 / Cell line (production host): HEK293S / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P43629 |
|---|
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 7 molecules CF

| #3: Protein/peptide | Mass: 1040.195 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) / References: UniProt: P04601*PLUS #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 201 molecules 




| #5: Chemical | ChemComp-FMT / | ||
|---|---|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-ACT / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.18 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 14% PEG 3350, 2% tacsimate, pH 5.0, and 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.954 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 5, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.4→43.09 Å / Num. obs: 58740 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 3718 / % possible all: 91 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3VH8 Resolution: 2.4→40 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.84 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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PDBj
















