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- PDB-6n0b: Structure of GTPase Domain of Human Septin 7 at High Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n0b
タイトルStructure of GTPase Domain of Human Septin 7 at High Resolution
要素Septin-7
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton component septin GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / axoneme / cleavage furrow ...regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / axoneme / cleavage furrow / cilium assembly / stress fiber / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / protein localization / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Septin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.739 Å
データ登録者Brognara, G. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / : 2019
タイトル: Revisiting SEPT7 and the slippage of beta-strands in the septin family.
著者: Brognara, G. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Septin-7
A: Septin-7
B: Septin-7
D: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8028
ポリマ-131,0294
非ポリマー1,7734
15,979887
1
C: Septin-7
ヘテロ分子

D: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4014
ポリマ-65,5152
非ポリマー8862
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
2
A: Septin-7
B: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4014
ポリマ-65,5152
非ポリマー8862
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.513, 68.866, 150.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Septin-7 / CDC10 protein homolog


分子量: 32757.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT7, CDC10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16181
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, and 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium l-tartrate, sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.739→69.85 Å / Num. obs: 146736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 28.89 Å2 / CC1/2: 0.0998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.739→1.79 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.063 / Num. unique obs: 10760 / CC1/2: 0.825 / Rpim(I) all: 0.447 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QNR
解像度: 1.739→62.877 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.86
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 7282 4.97 %Randon selection
Rwork0.174 ---
obs0.1754 146423 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.57 Å2 / Biso mean: 41.9481 Å2 / Biso min: 20.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.739→62.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8005 0 112 887 9004
Biso mean--28.92 47.6 -
残基数----1016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96111330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5315060
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7391-1.75890.37232430.32034498474197
1.7589-1.77960.31282350.286746474882100
1.7796-1.80130.2982280.265645724800100
1.8013-1.82410.28812350.255346254860100
1.8241-1.84810.28582380.231446574895100
1.8481-1.87340.24162460.219545294775100
1.8734-1.90020.24282140.226546804894100
1.9002-1.92860.28872500.27284593484399
1.9286-1.95870.23932450.208845674812100
1.9587-1.99080.21392460.194446214867100
1.9908-2.02510.23692920.18946044896100
2.0251-2.0620.22532530.197545874840100
2.062-2.10160.24672230.197346184841100
2.1016-2.14450.22162540.183946414895100
2.1445-2.19120.21372570.178945934850100
2.1912-2.24210.20172370.180346544891100
2.2421-2.29820.21142310.177646514882100
2.2982-2.36030.22012160.1746344850100
2.3603-2.42980.22382200.177846664886100
2.4298-2.50820.19942420.177946704912100
2.5082-2.59790.20412310.174546324863100
2.5979-2.70190.19922410.178446574898100
2.7019-2.82490.21522550.173746374892100
2.8249-2.97380.18682370.176446924929100
2.9738-3.16010.21052560.173946524908100
3.1601-3.40410.19322440.169446564900100
3.4041-3.74660.19122570.156446764933100
3.7466-4.28860.17772640.147546974961100
4.2886-5.40280.16632570.138147124969100
5.4028-62.9180.18942350.17784823505899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5308-0.01422.94662.71743.44426.0472-0.02830.34070.0863-0.43670.11720.111-0.08060.1601-0.10890.3332-0.0474-0.01870.28870.03870.2283-9.3994-38.257542.6768
21.76680.13610.50380.92990.02810.9588-0.0066-0.09190.09690.00240.0540.13730.1315-0.0864-0.06090.233-0.04160.00860.2498-0.00370.1977-11.2327-36.196956.4834
36.8032-1.7234-0.8861.78830.75961.43390.02530.1317-0.33750.00680.02760.09360.293-0.07920.00150.3261-0.0461-0.020.2194-0.01020.1997-7.8366-46.152451.8641
43.23131.26310.90352.8952-1.31724.00010.0557-0.0657-0.21010.0775-0.0363-0.29950.34380.0906-0.03560.31030.0448-0.02810.2459-0.03590.2125-21.7047-41.111324.0682
53.40240.06310.64328.7666-4.99185.2184-0.1396-0.27240.2568-0.10090.67960.8284-0.1762-0.7142-0.39260.46010.0367-0.09090.4011-0.00290.3596-20.0425-38.974831.1812
64.6989-1.47311.01981.6458-1.06061.7213-0.0786-0.10710.42430.03890.0799-0.20510.11970.0752-0.00260.30430.0668-0.02780.3002-0.07910.2653-13.8388-31.323823.0648
74.71170.62980.29021.04580.25010.58020.0073-0.0345-0.0402-0.00790.0393-0.18580.07450.0672-0.04750.29240.0708-0.00520.3009-0.01760.2341-17.4824-35.037915.9997
87.20974.0402-1.36124.985-0.2522.79360.04070.8220.0547-0.38530.04760.01610.0556-0.0235-0.04870.35830.0604-0.0370.38240.0040.1974-30.2613-38.5723.0867
91.36842.00350.47558.77224.05432.1849-0.00950.1849-0.19770.35250.3296-0.45660.35520.0769-0.32420.33130.0536-0.0220.4334-0.02970.2333-18.9637-46.82714.238
105.06410.3301-0.76512.56270.26332.39850.2451-0.6433-1.12160.4206-0.24620.22760.36060.04750.04890.4589-0.0443-0.08540.32730.11130.4715-34.9391-52.383222.3289
119.14072.3332-0.33352.2215-0.44930.63780.06580.4348-0.498-0.04810.0307-0.26720.20670.1261-0.08320.34760.096-0.02050.3106-0.04080.1729-16.118-43.794615.2702
125.3299-0.6689-0.68544.71140.70054.24510.0740.3597-0.0409-0.3659-0.09870.35970.1137-0.42670.01730.2303-0.0028-0.03170.30540.05230.2325-52.0261-28.36277.0538
135.3382-0.45672.22553.1840.85753.75320.07710.09670.1423-0.2376-0.06340.18560.1229-0.2949-0.00210.25590.0175-0.00710.32130.09010.2356-47.9464-21.5217.3183
142.4922-2.50240.31734.3324-0.82750.32630.0520.02730.2453-0.0603-0.00140.0733-0.0073-0.1697-0.05360.25620.05390.02590.38350.04970.272-51.5091-17.08917.2844
153.361-1.3788-0.58538.16834.524.5857-0.1771-0.6328-0.15290.55830.08850.03770.0339-0.31380.10520.39110.05980.01660.52160.09120.2368-45.068-32.50631.1591
163.8205-0.8851-1.69794.92931.57983.2699-0.0414-0.3612-0.37280.7332-0.02940.56450.2393-0.61670.01950.37790.06830.01320.58880.09230.3414-54.4362-27.587227.9582
176.03153.42872.59276.9712.76249.1164-0.08220.6259-0.9488-0.5526-0.13921.46910.7273-1.10920.16140.482-0.0993-0.11510.5058-0.08320.6929-52.387-47.3279.4927
186.2496-5.80440.00415.46850.01542.0325-0.0742-0.2428-0.6416-0.0750.28531.00220.1137-0.4953-0.29560.3108-0.09230.00730.47570.07070.5158-56.2701-39.69217.4207
191.1956-1.7393-0.65828.84520.60832.2233-0.2647-0.19930.14930.51230.22910.2288-0.1009-0.20270.02420.29540.12150.0230.48840.02990.4421-60.6728-9.67620.7542
206.14410.55990.73844.172-0.20033.0826-0.0203-0.1313-0.14610.25620.0777-0.31680.17060.3396-0.05110.23470.0174-0.00610.3568-0.08350.2111-55.471-62.070763.7889
217.5619-2.0048-0.37324.35610.08663.8262-0.1429-0.3068-0.49030.34340.2613-0.79470.39810.7084-0.09610.32260.0608-0.05250.5766-0.1320.5228-44.3046-60.051665.7235
221.36071.99250.37513.67950.18520.3465-0.03020.10940.0845-0.05650.0761-0.2153-0.00910.1816-0.0590.228-0.03030.03450.3864-0.05940.2903-56.1916-51.607254.7831
232.32361.2233-1.01433.1059-3.37353.7197-0.08570.5274-0.0796-0.99990.0480.01460.0840.21780.05510.3932-0.06430.05640.5328-0.11150.2759-61.3691-65.105238.4132
241.95791.0101-0.31166.4015-1.87162.4990.00580.1632-0.3881-0.48460.0146-0.6820.35770.61710.1070.27710.05810.03760.4972-0.14480.3117-52.7945-71.683850.8809
251.53091.5920.48125.48160.53110.2574-0.10590.2163-0.221-0.36490.2087-0.96080.00310.3507-0.09290.3093-0.03130.0860.5656-0.120.3849-47.1986-59.00150.8624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 48 through 102 )C48 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 103 through 243 )C103 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 244 through 316 )C244 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 71 )A48 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 100 )A72 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 101 through 145 )A101 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 146 through 200 )A146 - 200
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 201 through 217 )A201 - 217
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 218 through 243 )A218 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 244 through 267 )A244 - 267
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 268 through 316 )A268 - 316
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 49 through 82 )B49 - 82
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 83 through 127 )B83 - 127
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 128 through 200 )B128 - 200
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 201 through 217 )B201 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 218 through 248 )B218 - 248
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 249 through 267 )B249 - 267
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 268 through 293 )B268 - 293
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 294 through 316 )B294 - 316
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 49 through 93 )D49 - 93
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 94 through 113 )D94 - 113
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 114 through 200 )D114 - 200
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 201 through 217 )D201 - 217
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 218 through 267 )D218 - 267
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 268 through 316 )D268 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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