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- PDB-6n02: CO-bound Sperm Whale Myoglobin, room temperature structure, first... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n02
タイトルCO-bound Sperm Whale Myoglobin, room temperature structure, first 2 degrees of 5 degree total oscillation
要素Myoglobin, CO-bound
キーワードOXYGEN TRANSPORT / oxygen transporter / myoglobin / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Finke, A.D. / Wierman, J.L. / Pare-Labrosse, O. / Sarrachini, A. / Besaw, J. / Mehrabi, P. / Gruner, S.M. / Miller, R.J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-103485 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Fixed-target serial oscillation crystallography at room temperature.
著者: Wierman, J.L. / Pare-Labrosse, O. / Sarracini, A. / Besaw, J.E. / Cook, M.J. / Oghbaey, S. / Daoud, H. / Mehrabi, P. / Kriksunov, I. / Kuo, A. / Schuller, D.J. / Smith, S. / Ernst, O.P. / ...著者: Wierman, J.L. / Pare-Labrosse, O. / Sarracini, A. / Besaw, J.E. / Cook, M.J. / Oghbaey, S. / Daoud, H. / Mehrabi, P. / Kriksunov, I. / Kuo, A. / Schuller, D.J. / Smith, S. / Ernst, O.P. / Szebenyi, D.M.E. / Gruner, S.M. / Miller, R.J.D. / Finke, A.D.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin, CO-bound
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1074
ポリマ－17,3661
非ポリマー7413
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.030, 45.900, 82.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin, CO-bound


分子量: 17366.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / 詳細: 10 mM Tris HCl pH 9.0 and 3.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.216 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日
放射モノクロメーター: W/B4C multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.216 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.455 Å / Num. obs: 10029 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 17.2 % / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.08235 / Rrim(I) all: 0.3473 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 16.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 989 / CC1/2: 0.153 / Rpim(I) all: 2.195 / Rrim(I) all: 9.03 / % possible all: 99.7
Serial crystallography sample delivery解説: Si microchips / 手法: fixed target
Serial crystallography data reductionFrame hits: 8340 / Frames indexed: 3940 / Frames total: 64000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VXA

1vxa


解像度: 2→41.455 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 30.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2825 905 4.95 %random
Rwork0.1979 ---
obs0.2019 18280 99.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 7 29 1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9691788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.221070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.12530.37721520.3732872X-RAY DIFFRACTION98
2.1253-2.28940.33711540.32182871X-RAY DIFFRACTION98
2.2894-2.51980.34111510.25322872X-RAY DIFFRACTION99
2.5198-2.88430.27731470.21712941X-RAY DIFFRACTION99
2.8843-3.63360.33211510.18172906X-RAY DIFFRACTION100
3.6336-41.46390.22691500.15242913X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.43682.34551.02268.1230.16033.2302-0.00280.1399-0.0285-0.32610.12260.3224-0.11610.1453-0.10610.31350.0458-0.00120.3438-0.01560.2646-8.3727-0.98277.0815
25.58761.52140.19639.08272.0133.4447-0.1162-0.0819-0.65320.0316-0.01090.73810.5676-0.37490.11580.3528-0.02290.00120.39870.06010.455-16.6382-8.296510.75
32.7724-1.2672-1.01084.5768-1.45286.9372-0.029-0.02430.14990.0485-0.02870.0754-0.09360.13670.04410.22920.0042-0.03330.2799-0.01630.3221-6.8595-0.855813.4852
43.84671.3056-2.73465.5447-3.46013.2233-0.4275-0.1231-0.05710.295-0.1035-0.35190.16080.42120.52750.32170.0184-0.0570.264-0.00670.3473-1.08442.520717.6075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 125 through 153 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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