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- PDB-6mye: Crystal structure of human Scribble PDZ1 domain in complex with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mye
タイトルCrystal structure of human Scribble PDZ1 domain in complex with internal PDZ binding motif of Src homology 3 domain-containing guanine nucleotide exchange factor (SGEF)
要素
  • Protein scribble homolog
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 26, peptide
キーワードCELL ADHESION / Guanyl nucleotide exchange factor / SGEF/Scribble/Dlg1 compelx / tight junction
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation ...establishment of T cell polarity / extrinsic component of postsynaptic density membrane / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / synaptic vesicle targeting / polarized epithelial cell differentiation / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / ruffle assembly / endothelial cell morphogenesis / mammary gland duct morphogenesis / cell-cell contact zone / protein localization to adherens junction / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of mitotic cell cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / positive chemotaxis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / receptor clustering / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of receptor recycling / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / RHOG GTPase cycle / synaptic vesicle endocytosis / ruffle / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / neural tube closure / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell junction / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / presynapse / lamellipodium / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARHGEF16/ARHGEF26, SH3 domain / : / : / : / SOS1/NGEF-like PH domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain ...ARHGEF16/ARHGEF26, SH3 domain / : / : / : / SOS1/NGEF-like PH domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Protein scribble homolog / Rho guanine nucleotide exchange factor 26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sun, Y.J. / Hou, T. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association15GRNT25740021 米国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2019
タイトル: SGEF forms a complex with Scribble and Dlg1 and regulates epithelial junctions and contractility.
著者: Awadia, S. / Huq, F. / Arnold, T.R. / Goicoechea, S.M. / Sun, Y.J. / Hou, T. / Kreider-Letterman, G. / Massimi, P. / Banks, L. / Fuentes, E.J. / Miller, A.L. / Garcia-Mata, R.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 26, peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1833
ポリマ－11,1372
非ポリマー461
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, 1 to 1 stoichiometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.890, 67.890, 44.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1070-

HOH

21A-1073-

HOH

31B-702-

HOH

41B-717-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / hScrib / Protein LAP4


分子量: 9897.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Rho guanine nucleotide exchange factor 26, peptide / SH3 domain-containing guanine exchange factor


分子量: 1239.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DR7
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 60% (v/v) Tacsimate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年8月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→48.01 Å / Num. obs: 42446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured obs: 77902 / Num. unique all: 6102 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.409 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W4F

2w4f


解像度: 1.1→48.005 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2045 2108 4.97 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.1983 42382 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→48.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数774 0 3 127 904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9011419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.532648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.12560.33991340.28872656X-RAY DIFFRACTION100
1.1256-1.15370.30951410.27742624X-RAY DIFFRACTION100
1.1537-1.18490.24741370.25562644X-RAY DIFFRACTION100
1.1849-1.21980.24141540.25432617X-RAY DIFFRACTION100
1.2198-1.25920.24691390.24782658X-RAY DIFFRACTION100
1.2592-1.30420.23491500.232656X-RAY DIFFRACTION100
1.3042-1.35640.27321260.21442651X-RAY DIFFRACTION100
1.3564-1.41820.21961370.21832678X-RAY DIFFRACTION100
1.4182-1.49290.20081250.20662668X-RAY DIFFRACTION100
1.4929-1.58650.2191340.19932696X-RAY DIFFRACTION100
1.5865-1.7090.20141200.19772697X-RAY DIFFRACTION100
1.709-1.8810.20491460.19522706X-RAY DIFFRACTION100
1.881-2.15310.17851560.18192690X-RAY DIFFRACTION100
2.1531-2.71270.20281460.19112758X-RAY DIFFRACTION100
2.7127-48.05120.18141630.17542875X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.0421 Å / Origin y: 17.8856 Å / Origin z: -12.3071 Å
111213212223313233
T0.0603 Å2-0.007 Å20.0075 Å2-0.0577 Å20.0064 Å2--0.1571 Å2
L2.6973 °2-0.7841 °2-0.829 °2-1.4623 °20.3491 °2--1.1737 °2
S-0.0094 Å °-0.128 Å °-0.0036 Å °0.0608 Å °0.0079 Å °0.0701 Å °0.0113 Å °0.0114 Å °-0.0125 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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