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- PDB-6mya: Crystal structure of InvbP.18715.a.KN11: Influenza hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mya
タイトルCrystal structure of InvbP.18715.a.KN11: Influenza hemagglutinin from strain A/Almaty/32/1998
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / Inflenza hemagglutinin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / apical plasma membrane / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年5月24日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,72048
ポリマ－336,4356
非ポリマー6,28442
水31,6521757
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,82027
ポリマ－168,2183
非ポリマー3,60324
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15750 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area58930 Å2
手法PISA
2
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,89921
ポリマ－168,2183
非ポリマー2,68218
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15050 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area58970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.650, 244.370, 115.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 through 5 and (name N...
21(chain B and ((resid 3 through 5 and (name N...
31(chain C and ((resid 3 through 5 and (name N...
41(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...
51(chain E and ((resid 3 through 5 and (name N...
61(chain F and ((resid 3 through 5 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPILEILE(chain A and ((resid 3 through 5 and (name N...AA3 - 53 - 5
12SERSEREDOEDO(chain A and ((resid 3 through 5 and (name N...AA - O2 - 5062
13SERSEREDOEDO(chain A and ((resid 3 through 5 and (name N...AA - O2 - 5062
14SERSEREDOEDO(chain A and ((resid 3 through 5 and (name N...AA - O2 - 5062
15SERSEREDOEDO(chain A and ((resid 3 through 5 and (name N...AA - O2 - 5062
21ASPASPILEILE(chain B and ((resid 3 through 5 and (name N...BB3 - 53 - 5
22ASPASPTYRTYR(chain B and ((resid 3 through 5 and (name N...BB3 - 4913 - 491
23ASPASPTYRTYR(chain B and ((resid 3 through 5 and (name N...BB3 - 4913 - 491
24ASPASPTYRTYR(chain B and ((resid 3 through 5 and (name N...BB3 - 4913 - 491
25ASPASPTYRTYR(chain B and ((resid 3 through 5 and (name N...BB3 - 4913 - 491
31ASPASPILEILE(chain C and ((resid 3 through 5 and (name N...CC3 - 53 - 5
32SERSERTYRTYR(chain C and ((resid 3 through 5 and (name N...CC2 - 4912 - 491
33SERSERTYRTYR(chain C and ((resid 3 through 5 and (name N...CC2 - 4912 - 491
34SERSERTYRTYR(chain C and ((resid 3 through 5 and (name N...CC2 - 4912 - 491
35SERSERTYRTYR(chain C and ((resid 3 through 5 and (name N...CC2 - 4912 - 491
41ASPASPSERSER(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD3 - 143 - 14
42ASPASPSERSER(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD16 - 3116 - 31
43ASNASNASPASP(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD33 - 3733 - 37
44ASPASPTYRTYR(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD3 - 4913 - 491
45ASPASPTYRTYR(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD3 - 4913 - 491
46ASPASPTYRTYR(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD3 - 4913 - 491
47ASPASPTYRTYR(chain D and (resid 3 through 14 or resid 16...DD3 - 4913 - 491
51ASPASPILEILE(chain E and ((resid 3 through 5 and (name N...EE3 - 53 - 5
52SERSEREDOEDO(chain E and ((resid 3 through 5 and (name N...EE - NA2 - 5052
53SERSEREDOEDO(chain E and ((resid 3 through 5 and (name N...EE - NA2 - 5052
54SERSEREDOEDO(chain E and ((resid 3 through 5 and (name N...EE - NA2 - 5052
55SERSEREDOEDO(chain E and ((resid 3 through 5 and (name N...EE - NA2 - 5052
61ASPASPILEILE(chain F and ((resid 3 through 5 and (name N...FF3 - 53 - 5
62ASPASPTYRTYR(chain F and ((resid 3 through 5 and (name N...FF3 - 4913 - 491
63ASPASPTYRTYR(chain F and ((resid 3 through 5 and (name N...FF3 - 4913 - 491
64ASPASPTYRTYR(chain F and ((resid 3 through 5 and (name N...FF3 - 4913 - 491
65ASPASPTYRTYR(chain F and ((resid 3 through 5 and (name N...FF3 - 4913 - 491

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 56072.566 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Almaty/32/1998 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q20MH9*PLUS

-
糖 , 2種, 19分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1780分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SEC purified InvbP.18715.a.KN11.PD38330 at 10mg/ml (in 25mM TRIS pH 8, 150mM NaCl) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume (0.1:0.1uL) of protein:mother ...詳細: SEC purified InvbP.18715.a.KN11.PD38330 at 10mg/ml (in 25mM TRIS pH 8, 150mM NaCl) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume (0.1:0.1uL) of protein:mother liquor (0.1M MES pH6.5, 15% PEG6000, 5% MPD), then cyoprotected in mother liquor+20% ethylene glycol, before being flash-frozen for data collection. Crystal ID 304576d9 data set jbg0-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45.928 Å / Num. obs: 231107 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.284 % / Biso Wilson estimate: 37.812 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 12.59 / Num. measured all: 759013 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.13.2770.5452.36171590.7350.6597.2
2.1-2.163.2870.4462.89168010.8110.53297.4
2.16-2.223.2820.3463.68162570.880.41397.3
2.22-2.293.2760.34.2158400.9020.35997.1
2.29-2.373.2920.2634.72153470.9220.31397.2
2.37-2.453.2850.2135.7148460.9440.25497.1
2.45-2.543.2880.1786.74142860.9610.21297
2.54-2.653.2890.1468.07137300.9730.17396.8
2.65-2.763.2930.1189.9131240.9810.1496.4
2.76-2.93.2940.09112.44125090.9880.10896
2.9-3.063.30.07315.32118080.9920.08795.5
3.06-3.243.2930.05918.32111600.9950.06995.7
3.24-3.473.2740.04722105190.9960.05695.3
3.47-3.743.2870.0425.597430.9970.04795.2
3.74-4.13.2630.03528.4890580.9970.04295.6
4.1-4.583.2750.03230.9781510.9980.03896.1
4.58-5.293.2740.0331.973040.9980.03696.8
5.29-6.483.2860.03230.6161810.9980.03796.9
6.48-9.173.290.0332.5247400.9980.03596.4
9.17-45.9283.2320.02736.4625440.9980.03292.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_3283精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D8W

6d8w


解像度: 2.05→45.928 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 2002 0.87 %
Rwork0.1881 --
obs0.1884 231055 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.47 Å2 / Biso mean: 48.8211 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→45.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22205 0 403 1773 24381
Biso mean--88.44 42.53 -
残基数----2907
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11664X-RAY DIFFRACTION10.134TORSIONAL
12B11664X-RAY DIFFRACTION10.134TORSIONAL
13C11664X-RAY DIFFRACTION10.134TORSIONAL
14D11664X-RAY DIFFRACTION10.134TORSIONAL
15E11664X-RAY DIFFRACTION10.134TORSIONAL
16F11664X-RAY DIFFRACTION10.134TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0499-2.10120.30451290.247164381656797
2.1012-2.1580.29511280.2367164271655598
2.158-2.22150.25011340.2259164621659697
2.2215-2.29320.26341500.2202164501660097
2.2932-2.37520.3031590.2201164541661397
2.3752-2.47030.26131600.2138164431660397
2.4703-2.58270.28861150.2118164601657597
2.5827-2.71880.26121530.2104162781643197
2.7188-2.88910.24221420.2078163281647096
2.8891-3.11220.27021320.2043162261635896
3.1122-3.42530.24761340.1932161801631495
3.4253-3.92070.20951440.1745161771632195
3.9207-4.93870.16121620.1431162991646196
4.9387-45.93960.17091600.1654164311659196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50690.0796-0.09884.8618-0.48320.4399-0.0702-0.0917-0.30090.4679-0.0086-0.80670.11740.19460.05140.31140.0948-0.00410.38030.06170.458954.9024-50.808422.0707
21.6133-0.33570.04162.9851-0.3921.3817-0.0168-0.07820.06960.1806-0.0778-0.5059-0.27210.17340.08740.2092-0.0295-0.01620.29190.01790.225750.1352-19.773916.8162
30.7839-0.2909-0.42982.5302-0.2350.4345-0.1933-0.0525-0.4843-0.1632-0.1141-0.69190.4410.1170.1170.64830.13180.14640.26870.08150.75849.5068-83.496319.8255
40.2871-0.4722-0.34212.5345-0.56450.63830.00170.1958-0.1927-0.3815-0.07870.02160.4189-0.14880.04190.47820.0154-0.03020.2678-0.09030.271525.3611-52.6254-2.2867
51.2210.25910.44971.58630.18561.2233-0.01440.04250.1166-0.3188-0.06430.1596-0.0607-0.05290.08010.25440.0382-0.01870.2334-0.01990.124219.3474-22.77771.8961
60.90870.3841-0.64861.16430.17030.8777-0.3690.165-0.524-0.5849-0.0119-0.0480.6258-0.20160.13920.8645-0.06090.1680.2296-0.08710.552130.8042-83.97796.3885
70.411-0.43250.00863.69370.69140.3345-0.0456-0.112-0.19160.409-0.10880.34110.2939-0.09010.1520.3845-0.04370.10270.29110.01670.293917.8453-57.92135.1038
80.412-0.2187-0.27011.94460.0941.45780.0428-0.07120.01820.1751-0.06580.128-0.13830.09910.02410.2036-0.02290.0330.2828-0.02390.150422.1981-23.794836.6221
90.25950.1919-0.08253.4688-0.84650.5321-0.0721-0.0621-0.29780.0177-0.0884-0.14230.3657-0.02510.10310.56510.01140.1240.26570.04420.463828.3865-85.01829.2086
100.73210.10690.2951.6643-0.28940.6810.12880.3079-0.6554-0.41850.0283-0.64560.49020.36810.09130.41980.1947-0.09560.2675-0.15870.744324.4697-53.842-41.862
111.19230.3041-0.14422.49450.33731.882-0.01220.03540.07960.06850.0388-0.2132-0.2620.1171-0.02920.1827-0.0028-0.0060.209-0.00470.153716.9668-13.9-46.998
120.98780.20030.47671.3415-0.5120.88620.16970.1509-0.4985-0.2314-0.0173-0.27090.36490.1142-0.05040.29510.071-0.02990.2209-0.09260.405417.5228-47.1735-43.5691
131.0468-0.52420.40843.38890.30290.57020.31010.1081-0.6791-0.21830.076-0.44420.49490.103-0.14310.57690.0693-0.16150.2063-0.11130.692810.2278-65.1981-40.5912
140.3752-0.5099-0.34640.67810.46220.31710.12850.1315-0.11-0.68890.0638-0.25030.00830.0193-0.04281.77990.2993-0.38620.3786-0.36511.97421.2531-108.1801-49.8617
150.6541-0.00020.46821.66420.00960.51480.22030.3612-0.3891-0.3716-0.0096-0.02450.3932-0.2423-0.00790.4856-0.0544-0.130.4267-0.1650.4823-12.4081-52.6873-57.5776
161.8150.2754-0.11440.76630.03751.1170.00390.30260.2433-0.15110.00280.2641-0.349-0.4610.03460.20730.1011-0.05910.46070.03590.2858-17.7879-15.3457-50.6189
170.9351-0.40090.20371.65430.28380.88750.14350.1771-0.3825-0.0699-0.11350.28340.3647-0.27260.00160.3327-0.0711-0.06540.3908-0.04420.3993-13.541-50.4908-51.7925
180.41320.3262-0.13941.26130.34350.15180.03770.0703-0.53870.31180.0325-0.00530.5685-0.10230.0630.9621-0.1104-0.19720.3183-0.05580.8755-6.0714-84.2656-46.7203
190.677-0.0830.38463.25280.38580.56930.0789-0.3835-0.3940.40150.07330.14080.4804-0.2936-0.01240.5099-0.0970.00370.34950.1870.4313-9.1309-51.7039-17.9783
201.478-0.43890.15131.28940.06181.6776-0.0249-0.18080.18280.14240.0190.055-0.1814-0.2023-0.0080.21070.05230.01130.2447-0.01260.1593-4.1718-15.4888-20.1525
210.70540.03620.22121.62670.04480.27370.1735-0.4824-0.68580.64910.12230.25940.7707-0.2997-0.00511.0233-0.1511-0.20480.27020.2670.8087-5.4267-74.1082-20.1236
220.5479-0.12640.34111.9424-0.46150.74290.1826-0.1789-0.65830.33350.1874-0.12420.6073-0.1296-0.07640.7962-0.0378-0.31420.20560.1130.91392.1767-78.5916-27.7812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 116 )A2 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 288 )A117 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 289 through 495 )A289 - 495
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 117 )B3 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 118 through 288 )B118 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 289 through 491 )B289 - 491
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 99 )C2 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 100 through 288 )C100 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 289 through 491 )C289 - 491
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 3 through 80 )D3 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 81 through 200 )D81 - 200
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 201 through 368 )D201 - 368
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 369 through 454 )D369 - 454
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 455 through 491 )D455 - 491
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 2 through 99 )E2 - 99
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 100 through 236 )E100 - 236
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 237 through 337 )E237 - 337
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 338 through 495 )E338 - 495
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 3 through 99 )F3 - 99
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 100 through 269 )F100 - 269
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 270 through 366 )F270 - 366
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 367 through 491 )F367 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る