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- PDB-6mxx: Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small mol... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mxx | ||||||
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Title | Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 | ||||||
![]() | TP53-binding protein 1 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / 53BP1 / Tandem Tudor domains / Small molecule inhibitor / DNA damage response / Class switch recombination | ||||||
Function / homology | ![]() ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / histone H4K20me2 reader activity / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / telomeric DNA binding / : ...ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / histone H4K20me2 reader activity / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / telomeric DNA binding / : / histone reader activity / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / transcription coregulator activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / protein homooligomerization / kinetochore / double-strand break repair via nonhomologous end joining / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: An autoinhibited state of 53BP1 revealed by small molecule antagonists and protein engineering. Authors: Cui, G. / Botuyan, M.V. / Drane, P. / Hu, Q. / Bragantini, B. / Thompson, J.R. / Schuller, D.J. / Detappe, A. / Perfetti, M.T. / James, L.I. / Frye, S.V. / Chowdhury, D. / Mer, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6mxyC ![]() 6mxzC ![]() 6my0C ![]() 8u4uC ![]() 2g3rS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13944.780 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-K6P / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.57 Å3/Da / Density % sol: 65.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.298→48.14 Å / Num. obs: 89564 / % possible obs: 97.48 % / Redundancy: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.298→2.38 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.059 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 6647 / Rpim(I) all: 0.4314 / Rrim(I) all: 1.147 / % possible all: 75.25 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2G3R Resolution: 2.298→48.14 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 23.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.298→48.14 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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