PDB-6mxc: Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mxc

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltranferase in complex with GMP

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / 6-oxopurine PRTs / Trypanosoma brucei / Purine salvage

機能・相同性

機能・相同性情報

xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.993 Å

データ登録者

Teran, D. / Guddat, L.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Trypanosoma brucei hypoxanthine - guanine - xanthine phosphoribosyltransferase in complex with IMP, GMP and XMP.
著者: Teran, D. / Dolezelova, E. / Keough, D.T. / Hockova, D. / Zikova, A. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2018年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mxc.cif.gz	563.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mxc.ent.gz	461.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mxc_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mxc_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6mxc_validation.xml.gz	64 KB	表示
CIF形式データ	6mxc_validation.cif.gz	92.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mxbC 6mxdC 6mxgC 6ap2 PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mxb-1 6mxb-2 2yba-2 6mxb-3 7dei-2 6a7j-d 6rhx-d 6jl2-1 6zrc-1 2p6f-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

186 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
62.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.021, 107.321, 117.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 分子量: 30638.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38CA1
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulphate and 0.1 M Bis-Tris pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→44.744 Å / Num. obs: 102156 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.99→2.03 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4961 / R_pim(I) all: 0.213 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AP2

6ap2
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.993→44.744 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	1999	1.96 %
R_work	0.1524	-	-
obs	0.1533	102113	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.993→44.744 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10337	0	155	1251	11743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	14683
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.987	9103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1863

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9926-2.0424	0.2471	140	0.1786	7032	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0424-2.0977	0.213	143	0.1693	7136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1594	0.2144	142	0.1625	7106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1594-2.2291	0.2212	142	0.157	7128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2291-2.3087	0.1953	143	0.1566	7133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3087-2.4012	0.2285	142	0.1544	7145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4012-2.5104	0.2009	144	0.1499	7152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5104-2.6428	0.186	142	0.1534	7148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.8083	0.2177	143	0.1588	7162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8083-3.0251	0.2053	143	0.1553	7144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0251-3.3295	0.1999	142	0.1556	7158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3295-3.811	0.1712	145	0.1385	7215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.811-4.8006	0.1821	143	0.1276	7178	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8006-44.7549	0.2029	145	0.1689	7277	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5182	-4.1419	-3.1444	7.8168	2.7451	6.8218	-0.0736	-0.0023	-0.3783	0.1186	-0.096	0.4251	0.2827	-0.4667	0.138	0.1614	-0.06	0.0038	0.1063	0.0187	0.1552	-20.4403	-22.3953	-50.8575
2	3.7196	1.194	0.4969	1.0492	0.2651	0.4011	0.0286	0.0672	-0.0584	0.0112	-0.0074	-0.1006	0.028	-0.0031	-0.0238	0.0983	0.0079	0.0123	0.0733	0.0174	0.0769	4.7024	-8.8737	-47.9328
3	3.5911	-0.7421	-0.0784	4.7214	0.3606	3.1835	0.0971	-0.1552	0.6729	-0.1126	-0.0594	0.2048	-0.4949	-0.3643	-0.0626	0.1455	0.016	0.0085	0.1427	-0.0079	0.2248	3.4081	3.0641	-42.8764
4	3.5046	1.6916	0.6348	1.1804	0.1756	0.6908	-0.0528	0.1942	0.431	-0.1088	0.0797	0.1673	-0.1414	-0.0287	0.0112	0.1375	0.0022	0.0232	0.1048	0.0391	0.1647	3.1494	3.7425	-54.7051
5	1.9025	-1.1017	-0.2443	1.5554	0.9405	2.7533	0.0431	-0.0371	0.0815	-0.0375	-0.0915	0.1226	-0.1124	-0.2	0.0515	0.0846	0.0065	0.0074	0.0981	-0.0038	0.1133	-16.6708	-5.8591	-48.2637
6	5.6597	1.9339	0.9952	8.3479	0.2609	5.9068	0.0862	0.2132	-0.274	0.1111	-0.1338	-0.15	0.3823	0.2494	0.0321	0.2231	0.0704	0.0789	0.173	0.0216	0.2209	16.1367	-25.7653	-34.4334
7	6.1003	-1.1989	-0.8151	0.6886	0.1032	0.6502	-0.1255	-0.0909	-0.3467	0.0112	0.0269	-0.0007	0.0699	0.0126	0.1161	0.1691	-0.02	0.0055	0.1143	0.0405	0.1385	1.3842	-19.4511	-30.7659
8	4.9139	-0.9375	0.6828	3.9786	-0.8158	6.749	-0.0213	-0.4328	-0.1186	0.151	-0.1056	0.1043	0.0078	-0.436	0.0961	0.0761	-0.024	0.0021	0.1855	-0.0135	0.1822	-26.6046	-3.5879	-30.7657
9	2.0623	0.3233	-0.2065	0.3998	0.0854	1.1637	0.0405	-0.117	-0.0449	0.084	-0.0001	-0.0268	0.1016	0.0275	-0.0378	0.1177	0.0113	0.0022	0.1052	0.0155	0.1069	-6.0211	-8.9267	-34.309
10	3.9384	0.009	-0.6717	4.5926	-0.7499	3.5917	0.1395	-0.1365	0.6126	0.2716	-0.1126	-0.4109	-0.4428	0.3206	-0.0489	0.1336	0.0092	0	0.1735	-0.0117	0.2064	-6.946	1.0371	-32.5583
11	3.0094	-0.7431	1.1362	1.0666	-0.5698	2.2494	-0.0236	-0.1874	0.0434	0.1449	-0.039	0.1096	-0.028	-0.0523	0.079	0.1176	0.0025	0.02	0.1317	-0.0332	0.1041	-8.8193	-2.4676	-25.4323
12	4.891	-5.2802	4.9112	7.6744	-2.8331	7.9784	-0.2949	-0.3631	0.6774	0.2022	0.1083	-0.0197	-0.273	-0.1216	0.261	0.2111	-0.0237	-0.017	0.1615	-0.0446	0.1625	-6.4934	3.7744	-20.0887
13	7.1151	-2.1439	0.6782	2.2354	0.1922	3.2817	0.1254	-0.218	0.0205	0.0834	-0.1152	0.088	0.0064	-0.1206	-0.0091	0.1116	-0.0306	0.025	0.1114	0.0126	0.0875	-6.0551	-6.8051	-21
14	5.0453	4.1755	5.157	5.2006	5.3069	7.5509	0.3058	-0.5718	-0.0685	0.5589	-0.1599	-0.2249	0.2781	-0.1954	-0.1264	0.192	0.0136	-0.0234	0.2426	0.0226	0.1243	-3.3667	-7.8588	-15.7779
15	1.6865	0.2014	-0.7	2.4377	-1.9168	2.7712	0.038	-0.0518	0.0818	0.122	-0.1269	-0.1847	-0.1714	0.1781	0.0818	0.1143	-0.0135	-0.0024	0.1198	0.0138	0.1102	13.1182	-9.7067	-30.5956
16	4.1309	3.5053	5.7073	8.5877	3.628	8.1756	-0.1138	-0.5325	0.2029	0.0943	-0.1599	-0.1515	-0.225	-0.5087	0.2477	0.1397	0.0379	-0.0337	0.1943	-0.0029	0.2757	-39.5367	-8.302	-73.7805
17	3.8094	-0.0766	2.4295	4.3564	0.0141	3.3394	-0.0618	0.2034	0.0874	-0.1952	0.0311	0.3054	-0.0568	-0.0986	0.0218	0.1168	0.0167	-0.0164	0.2027	0.0158	0.2905	-37.0412	-13.8067	-74.2931
18	6.5323	-3.4539	5.5976	1.8237	-3.0195	5.0126	-0.2236	-0.1919	0.1342	0.1055	0.1317	0.0155	-0.2223	-0.1718	0.0893	0.1017	-0.0226	0.0197	0.101	-0.0264	0.141	-16.1519	-14.105	-65.4897
19	5.8676	-0.3437	-0.7482	4.2387	-0.2771	5.23	-0.0135	0.1847	-0.0454	-0.057	0.0506	-0.4855	0.3078	0.3722	-0.0302	0.1001	0.0227	0.0115	0.1006	-0.0129	0.1612	5.0965	-26.4757	-67.3959
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精密化 TLSグループ

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43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 168 through 183 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 184 through 193 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 194 through 234 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 8 through 19 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 20 through 55 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 56 through 70 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 71 through 102 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 103 through 135 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 136 through 153 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 154 through 167 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 168 through 203 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 204 through 234 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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