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- PDB-6mwi: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mwi
タイトルCrystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in complex with ligand HGN-0456
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 6-ethoxy-1,3-benzothiazole-2-sulfonamide / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Analysis of Burkholderia pseudomallei IspF in complex with sulfapyridine, sulfamonomethoxine, ethoxzolamide and acetazolamide
著者: Grote, D. / Stewart, C.G. / Daraji, D.G. / Enayati, P. / Braverman, K.N. / Romanaggi, C. / Bolejack, M.J. / Yano, J.K. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Pierce, P.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, ...著者: Grote, D. / Stewart, C.G. / Daraji, D.G. / Enayati, P. / Braverman, K.N. / Romanaggi, C. / Bolejack, M.J. / Yano, J.K. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Pierce, P.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Horn, J.R. / Hagen, T.J.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_abbrev
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,26411
ポリマ－52,4883
非ポリマー7768
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area17030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.000, 67.350, 60.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

21B-324-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS


分子量: 17495.881 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511 / プラスミド: BupsA.00122.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 485分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EZL / 6-ethoxy-1,3-benzothiazole-2-sulfonamide / Ethoxzolamide / エトキシゾラミド


分子量: 258.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hampton research Index HT screen, condition G8: 25% w/v PEG 3350, , 200mM ammonium acetate, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.5: BupsA.00122.a.A1.PW28261 at 14.37mg/ml + 9mM compound ...詳細: Hampton research Index HT screen, condition G8: 25% w/v PEG 3350, , 200mM ammonium acetate, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.5: BupsA.00122.a.A1.PW28261 at 14.37mg/ml + 9mM compound bsi108633/HGN-0456: Cryo: 15% EG: Tray 300522g8, puck JZQ1-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月30日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40.809 Å / Num. obs: 46628 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 20.778 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rrim(I) all: 0.03 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 27.93
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.81.9880.0946.3533290.9840.12195.4
1.8-1.842.0220.0817.4532960.9890.10596.7
1.84-1.92.0760.079.0732350.990.09197.7
1.9-1.962.1310.06510.5931820.9910.08499.2
1.96-2.022.2130.05213.6230860.9940.06698.9
2.02-2.092.2720.04616.1729590.9950.05998.4
2.09-2.172.7060.04221.1428870.9960.05298.5
2.17-2.263.070.0424.1127400.9970.04997.8
2.26-2.363.2370.03626.8826220.9970.04498.3
2.36-2.473.3950.03429.7625470.9980.0498.6
2.47-2.613.6110.03134.0224180.9980.03698.5
2.61-2.773.980.03137.1122830.9980.03699
2.77-2.964.670.02844.1121790.9990.03299.5
2.96-3.24.6850.02548.2220420.9990.02999.4
3.2-3.54.580.02254.7518350.9990.02499.5
3.5-3.914.5940.02159.2316900.9990.02398.9
3.91-4.524.5940.01962.8714940.9990.02198.9
4.52-5.534.6670.01961.93126410.02199.2
5.53-7.834.7080.021609870.9990.02399.3
7.83-40.8094.5730.01766.445530.9990.0297.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3283)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3qhd

3qhd


解像度: 1.75→40.809 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1702 2067 4.43 %0
Rwork0.1373 ---
obs0.1387 46624 98.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.13 Å2 / Biso mean: 17.8639 Å2 / Biso min: 2.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→40.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 38 485 4037
Biso mean--26.01 29.22 -
残基数----477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.025016
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2922242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.79070.21951290.16052859298895
1.7907-1.83550.20341500.15292883303396
1.8355-1.88510.24761370.15492926306398
1.8851-1.94060.1861250.15222998312399
1.9406-2.00320.17161340.13882972310699
2.0032-2.07480.1781220.13192972309498
2.0748-2.15790.18141460.13212986313298
2.1579-2.25610.15821460.13272953309998
2.2561-2.3750.16281530.13632918307198
2.375-2.52380.17461140.13812991310598
2.5238-2.71860.16941490.13832980312999
2.7186-2.99210.1791480.14292998314699
2.9921-3.42490.14991210.13223035315699
3.4249-4.31430.1571500.12293018316899
4.3143-40.81980.15321430.14093068321199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.49811.93-1.03843.5108-0.38931.20050.1268-0.40780.13670.2206-0.109-0.3573-0.14260.2317-0.00780.12260.0144-0.040.1139-0.00820.12735.9703-40.9331-4.9642
24.67450.8166-1.73722.9207-1.14151.2943-0.1-1.02340.25340.80550.0217-0.4565-0.15880.43910.04810.29130.033-0.1110.2901-0.05750.198326.5041-46.23585.671
31.740.6387-0.14412.1786-0.44891.3254-0.0284-0.0515-0.08540.04920.0262-0.13550.05990.040.00830.07240.0403-0.0020.0473-0.00730.081629.3853-49.3355-7.2916
47.99245.4424-5.44486.863-5.19666.6358-0.02060.38640.0658-0.37670.079-0.23390.20290.0918-0.03590.11540.05850.01890.1016-0.00260.158638.1494-50.6178-12.4853
51.12470.2567-0.16826.187-0.31571.4109-0.00450.1575-0.0104-0.1784-0.0041-0.29130.00690.12310.01780.03440.0066-0.00950.097-0.00390.068432.7659-40.0658-16.1967
63.59921.72690.54454.15180.59352.3991-0.2082-0.0037-0.1049-0.3280.14290.16890.2141-0.1190.04730.04490.0289-0.00360.0380.00080.062622.5311-49.397-10.1297
71.2080.03-0.40742.54971.13791.90130.0536-0.02820.1724-0.0508-0.05460.1127-0.17920.01390.01780.05780.0015-0.01610.03920.00530.102110.7265-32.1195-8.2184
81.18040.0908-0.13861.37020.3950.9767-0.01730.05750.2014-0.0802-0.00560.0788-0.1487-0.02010.03730.07390.0073-00.05930.02850.09068.0345-32.132-11.5935
95.6925-1.8510.00884.2727-0.28983.60940.10860.30110.5555-0.1374-0.0298-0.126-0.6696-0.2121-0.04370.18650.00380.02610.15960.04840.13773.5727-33.2071-21.9528
101.30710.3961-0.05341.39510.511.32020.0180.05520.0444-0.02640.03770.0134-0.0458-0.0763-0.04880.0657-0.00090.00380.04420.01540.05185.8333-38.8829-8.116
111.76321.5317-0.25462.5461-0.65081.13030.1063-0.1512-0.14550.1613-0.1228-0.20390.03340.0473-0.01040.07980.0193-0.00030.0391-0.00690.063515.2614-41.6656-3.8622
124.02841.52360.51171.24791.39263.20050.15730.06050.53320.1145-0.04330.1153-0.39040.27470.00860.1415-0.0429-0.00430.08510.01390.161623.1578-23.057-6.9404
131.6325-0.2631-0.23914.280.90382.39460.06660.2138-0.18140.01840.1099-0.17720.211-0.0411-0.16180.0472-0.00130.00860.05870.00460.038611.6954-43.4886-14.3827
141.55470.98710.01823.93-1.16161.9449-0.08710.32910.2397-0.16570.0429-0.1151-0.21160.15160.05550.0903-0.01310.03230.18140.03280.115424.5852-33.1328-28.9015
152.0101-1.10951.04263.6694-0.64492.143-0.02620.44630.1784-0.421-0.0809-0.58870.08250.23320.06550.10980.00750.06480.19860.0020.135631.8489-43.608-29.7527
161.33090.16750.19121.1430.0671.0621-0.01430.27660.0412-0.09650.020.0552-0.00470.041-0.00360.0754-0.00370.01090.15070.02210.059318.7806-39.7808-27.7099
173.88062.6301-0.40584.5698-0.02890.53510.04030.01640.07960.05-0.03680.04070.05160.0579-0.01970.09680.0117-0.01290.0578-0.00330.029124.7472-43.2563-8.278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 17 through 53 )C17 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 54 through 74 )C54 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 75 through 107 )C75 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 108 through 122 )C108 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 123 through 146 )C123 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 147 through 159 )C147 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1 through 30 )A1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 31 through 53 )A31 - 53
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 54 through 67 )A54 - 67
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 68 through 121 )A68 - 121
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 122 through 139 )A122 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 140 through 146 )A140 - 146
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 147 through 159 )A147 - 159
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 0 through 40 )B0 - 40
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 41 through 74 )B41 - 74
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 75 through 159 )B75 - 159
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 0 through 16 )C0 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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