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- PDB-6mv5: Anti-PCSK9 fab 6E2 bound to the N-terminal peptide from PCSK9 (E32K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mv5
タイトルAnti-PCSK9 fab 6E2 bound to the N-terminal peptide from PCSK9 (E32K)
要素
  • (Anti-PCSK9 fab 6E2 ...) x 2
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Hydrolase / PCSK9 / FAB complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / immune response / extracellular space / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate lyase PurB, C-terminal / : / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/histidase, N-terminal ...Adenylosuccinate lyase PurB, C-terminal / : / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-lox-1 15C4 light chain / Adenylosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Kirchhofer, D.K.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Identification of a Helical Segment within the Intrinsically Disordered Region of the PCSK9 Prodomain.
著者: Ultsch, M. / Li, W. / Eigenbrot, C. / Di Lello, P. / Lipari, M.T. / Gerhardy, S. / AhYoung, A.P. / Quinn, J. / Franke, Y. / Chen, Y. / Kong Beltran, M. / Peterson, A. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2018年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Anti-PCSK9 fab 6E2 heavy chain
L: Anti-PCSK9 fab 6E2 light chain
P: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,28010
ポリマ－50,7913
非ポリマー4897
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.449, 100.420, 86.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 2494.619 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminal peptide (UNP residues 32-53) / Mutation: E32K / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBP7

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Anti-PCSK9 fab 6E2 heavy chain


分子量: 24255.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Anti-PCSK9 fab 6E2 light chain


分子量: 24040.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097PUG4

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非ポリマー , 4種, 150分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.02 % / 解説: Thick plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG8000, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 36442 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 43.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3626 / CC1/2: 0.627 / Rrim(I) all: 0.929 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6E4Y

6e4y


解像度: 2.1→48 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.71
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 1157 3.17 %RANDOM
Rwork0.2098 ---
obs0.2107 36442 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3444 0 15 143 3602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9584828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1561289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.19560.29381380.29464357X-RAY DIFFRACTION100
2.1956-2.31130.31311280.28454344X-RAY DIFFRACTION99
2.3113-2.45610.28191380.25824369X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.64580.29651480.24544354X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.9120.25181540.23214366X-RAY DIFFRACTION100
2.912-3.33330.27661590.22654428X-RAY DIFFRACTION100
3.3333-4.19920.2311580.19244425X-RAY DIFFRACTION100
4.1992-48.01260.18691340.17834642X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8154-0.40461.51733.7812-0.3696.39950.2104-0.9841-0.55440.7928-0.08930.2460.7854-0.627-0.29410.5572-0.0698-0.13730.34920.0820.46090.61917.7821-25.203
23.1851-0.4274-0.58322.5391-0.11512.85230.1366-0.14-0.10080.32310.0538-0.246-0.03550.0224-0.16620.3568-0.0323-0.11260.23670.01880.38283.47214.5769-35.2164
34.3395-0.67781.01784.19682.19896.5259-0.20510.0354-0.13830.12650.2686-0.5349-0.33870.4873-0.22340.3881-0.0936-0.12560.30390.01860.494710.271311.6216-32.9806
44.3175-0.9325-0.21763.5748-0.06243.9851-0.1493-0.7583-0.2450.58070.1815-0.4413-0.13550.1673-0.16080.4699-0.0444-0.18640.32790.07530.43465.781712.2462-25.8037
50.3185-0.5911-0.54492.638-1.73214.87390.0354-0.288-0.0440.71550.02980.02020.1050.28590.34520.5073-0.1027-0.09080.38410.06630.3109-1.40412.349-22.6076
64.13290.3378-1.29492.102-1.01671.87160.0647-0.3876-0.31180.6402-0.15751.24030.5523-0.4978-0.05191.1055-0.08550.20140.8724-0.0790.6324-16.33999.3631-4.3957
73.0374-0.1322-0.94482.7571-0.79482.21820.2356-0.63070.22011.1516-0.14530.77970.0787-0.4583-0.15661.1323-0.04670.27970.7052-0.09150.6285-17.64614.3742-5.7264
89.6668-1.0549-2.61353.0431-0.81642.98940.06190.4324-0.2549-0.0830.0451.43820.6298-0.43450.04771.0802-0.07020.17080.6543-0.04530.9011-20.74874.0101-6.3851
94.5245-2.2951-4.40012.9531.30836.463-0.0702-0.061-0.48630.47540.21780.7751.0598-0.40380.33821.133-0.20770.43940.5811-0.01380.7578-19.44871.8981-1.5096
105.1371-1.85250.28743.84260.31952.5479-0.0103-0.28670.66850.4164-0.0573-0.2244-0.4599-0.12340.04220.3892-0.0234-0.04750.2316-0.02620.3701-7.366532.0886-32.4598
111.5199-1.0106-0.40141.9806-1.24195.423-0.0537-0.4815-0.18480.79810.33980.3918-0.102-0.2882-0.10321.11030.02950.16080.933-0.07860.5233-17.687223.75092.2881
125.4736-1.0215-0.6168.6972-4.18036.3445-0.3055-0.1775-0.9597-0.19080.55741.20690.2517-0.8615-0.38540.7243-0.1478-0.31640.77940.20421.3554-10.29979.9217-47.3933
134.997-0.4699-1.56636.9551-0.52944.40150.33410.71790.2889-0.8574-0.10960.41240.3558-1.4441-0.18640.4801-0.0218-0.11810.57850.06360.4445-5.476320.3856-48.6722
148.2606-1.20150.00872.0477-0.11576.79650.16710.21771.2079-0.72220.0678-1.2082-1.320.6343-0.09780.84070.04570.03590.4687-0.02560.67667.562225.4882-47.8327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 61 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 76 through 93 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 94 through 119 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 120 through 157 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 158 through 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 189 through 203 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 204 through 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 101 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 102 through 213 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'P' and (resid 32 through 36 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'P' and (resid 37 through 45 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'P' and (resid 46 through 50 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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