[日本語] English
万見
- PDB-6mtr: Crystal structure of VRC43.01 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtr
タイトルCrystal structure of VRC43.01 Fab
要素
  • Antibody VRC43.01 Fab heavy chain
  • Antibody VRC43.01 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti-HIV-1 human antibody / MPER / gp41
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Druz, A. / Law, W.H. / Peng, D. / Zhang, B. / Doria-Rose, N.A. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Longitudinal Analysis Reveals Early Development of Three MPER-Directed Neutralizing Antibody Lineages from an HIV-1-Infected Individual.
著者: Krebs, S.J. / Kwon, Y.D. / Schramm, C.A. / Law, W.H. / Donofrio, G. / Zhou, K.H. / Gift, S. / Dussupt, V. / Georgiev, I.S. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lai, Y.T. / Sastry, M. / Zhang, B. ...著者: Krebs, S.J. / Kwon, Y.D. / Schramm, C.A. / Law, W.H. / Donofrio, G. / Zhou, K.H. / Gift, S. / Dussupt, V. / Georgiev, I.S. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lai, Y.T. / Sastry, M. / Zhang, B. / Jarosinski, M.C. / Ransier, A. / Chenine, A.L. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Bose, M. / Cagigi, A. / Cale, E.M. / Chuang, G.Y. / Darko, S. / Driscoll, J.I. / Druz, A. / Gorman, J. / Laboune, F. / Louder, M.K. / McKee, K. / Mendez, L. / Moody, M.A. / O'Sullivan, A.M. / Owen, C. / Peng, D. / Rawi, R. / Sanders-Buell, E. / Shen, C.H. / Shiakolas, A.R. / Stephens, T. / Tsybovsky, Y. / Tucker, C. / Verardi, R. / Wang, K. / Zhou, J. / Zhou, T. / Georgiou, G. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Rolland, M. / Matyas, G.R. / Polonis, V.R. / McDermott, A.B. / Douek, D.C. / Shapiro, L. / Tovanabutra, S. / Michael, N.L. / Mascola, J.R. / Robb, M.L. / Kwong, P.D. / Doria-Rose, N.A.
履歴
登録2018年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Antibody VRC43.01 Fab heavy chain
L: Antibody VRC43.01 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2592
ポリマ－47,2592
非ポリマー00
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.075, 54.661, 66.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 Antibody VRC43.01 Fab heavy chain


分子量: 24478.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody VRC43.01 Fab light chain


分子量: 22780.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 34% PEG 4000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Na Citrate 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 42070 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.883 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.733 / Num. unique all: 1715 / CC1/2: 0.556 / Rpim(I) all: 0.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model of VRC43.01

解像度: 1.798→36.863 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 2016 4.81 %
Rwork0.2091 --
obs0.2108 41910 83.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→36.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 0 147 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2234504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.331926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7985-1.84350.3791010.29272145X-RAY DIFFRACTION63
1.8435-1.89330.31131260.28572418X-RAY DIFFRACTION72
1.8933-1.9490.32571280.28272516X-RAY DIFFRACTION74
1.949-2.01190.32411380.26252593X-RAY DIFFRACTION77
2.0119-2.08380.28031320.25682625X-RAY DIFFRACTION78
2.0838-2.16720.28051440.23762711X-RAY DIFFRACTION80
2.1672-2.26590.25271330.22962755X-RAY DIFFRACTION81
2.2659-2.38530.29091460.23992877X-RAY DIFFRACTION85
2.3853-2.53470.28871580.25033168X-RAY DIFFRACTION94
2.5347-2.73040.26391690.24183261X-RAY DIFFRACTION96
2.7304-3.0050.25441640.21013321X-RAY DIFFRACTION98
3.005-3.43960.22041630.19463292X-RAY DIFFRACTION96
3.4396-4.33240.20041580.17983229X-RAY DIFFRACTION94
4.3324-36.87090.23781560.1972983X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.89210.72951.04844.81770.69614.35540.1383-0.1975-0.35670.0012-0.08170.2464-0.0625-0.409-0.06490.42230.0052-0.09530.28660.00950.2352-46.317233.5335132.4911
27.279-1.40082.4562.8385-1.04666.82930.11260.0851-0.26290.08170.00670.03360.1510.2578-0.06470.46860.01950.0180.1664-0.02780.2384-15.06911.6717144.705
37.69111.4762.56962.61320.46721.242-0.28730.23150.3831-0.19960.2237-0.0021-0.19830.15110.13420.56-0.0207-0.02510.27550.01190.2656-29.97147.1902132.7613
42.4969-1.887-1.09626.93662.10184.35590.16260.20570.22770.0827-0.1369-0.38670.0428-0.0443-0.01540.48450.03040.05910.30780.02450.2944-11.302421.4121131.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 2:114 )H2 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 130:229 )H130 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 2:108 )L2 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 109:211 )L109 - 211

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る