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- PDB-6mqk: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mqk | |||||||||
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Title | Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 in complex with GDP | |||||||||
![]() | Septin-12 | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton component septin GTPase spermatogenesis | |||||||||
Function / homology | ![]() sperm annulus / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / GDP binding ...sperm annulus / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / GDP binding / microtubule cytoskeleton / protein localization / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Castro, D.K.S.V. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Ulian, A.P.U. / Garratt, R.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface. Authors: Castro, D.K.S.D.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.D. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 450.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 369.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6mq9SC ![]() 6mqbC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34096.105 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GDP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 30mM magnesium chloride, 30mM calcium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→45.59 Å / Num. obs: 52030 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.25 Å / Redundancy: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3910 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.607 / % possible all: 96.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6MQ9 Resolution: 2.19→45.586 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.39
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.44 Å2 / Biso mean: 56.5932 Å2 / Biso min: 26.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.19→45.586 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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