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- PDB-6mpf: Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpf
タイトルStructure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a 2-thiocytidine (s2C32) and inosine (I34) modified anticodon stem loop (ASL) of Escherichia coli transfer RNA Arginine 1 (TRNAARG1) bound to an mRNA with an CGC-codon in the A-site and paromomycin
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16S rRNA
  • mRNA A-site fragment
  • tRNA ASL Escherichia coli Arg1
キーワードRIBOSOME / 2-thiocytidine / inosine / transfer RNA / tRNA / 30S / translation / anticodon
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B ...30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Helix hairpin bin / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / K homology (KH) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S14, type Z / Double Stranded RNA Binding Domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Helix Hairpins / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / : / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 ...PAROMOMYCIN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Cantara, W.A. / DeMirci, H. / Agris, P.F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2RO1GM23037-25 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM110588-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1101859 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1407042 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: A Structural Basis for Restricted Codon Recognition Mediated by 2-thiocytidine in tRNA Containing a Wobble Position Inosine.
著者: Vangaveti, S. / Cantara, W.A. / Spears, J.L. / DeMirci, H. / Murphy IV, F.V. / Ranganathan, S.V. / Sarachan, K.L. / Agris, P.F.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年1月29日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity_poly
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _citation.country ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14 type Z
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
V: 30S ribosomal protein Thx
W: mRNA A-site fragment
X: tRNA ASL Escherichia coli Arg1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)771,222129
ポリマ－767,97223
非ポリマー3,250106
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)402.330, 402.330, 176.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AWX

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 489636.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
#22: RNA鎖 mRNA A-site fragment


分子量: 1239.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#23: RNA鎖 tRNA ASL Escherichia coli Arg1


分子量: 3522.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16331.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14279.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12194.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8497.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9203.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 2960.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
非ポリマー , 3種, 106分子

#24: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 薬剤*YM
#25: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#26: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→49.563 Å / Num. obs: 375418 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 118.39 Å2 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル解像度: 3.33→3.449 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 20244 / CC1/2: 0.563 / % possible all: 97.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XNR

1xnr


解像度: 3.33→49.563 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 20.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 3689 0.98 %
Rwork0.1777 --
obs0.1781 375418 92.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 271.14 Å2 / Biso mean: 119.6542 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.33→49.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19232 32729 147 0 52108
Biso mean--88.42 --
残基数----3918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.60283450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06810485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.22226110
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.33-3.37380.38121460.346144461459294
3.3738-3.420.35981450.3222140311417691
3.42-3.46890.31541380.2863133631350187
3.4689-3.52060.26411510.2616147091486096
3.5206-3.57560.2411450.251149091505497
3.5756-3.63420.3081500.2491149911514197
3.6342-3.69690.26411440.2336148351497997
3.6969-3.76410.27641480.2144149171506597
3.7641-3.83650.20581410.1984147611490296
3.8365-3.91470.24831470.1858147521489996
3.9147-3.99980.22771450.1766145871473295
3.9998-4.09280.18631450.1673145211466694
4.0928-4.19510.18891460.1604141461429292
4.1951-4.30850.18091310.154134641359587
4.3085-4.43520.16961480.1477147741492296
4.4352-4.57830.191450.1453147631490896
4.5783-4.74180.19231470.1455146361478395
4.7418-4.93150.18721430.1429144201456394
4.9315-5.15570.17491360.1428143061444293
5.1557-5.42720.18811350.14139341406991
5.4272-5.76670.20521290.1431133411347087
5.7667-6.21120.1891370.1463143401447793
6.2112-6.83480.19531380.153141441428292
6.8348-7.82050.17871360.158137521388889
7.8205-9.84040.24421340.1875133881352287
9.8404-49.56810.26931390.2106134991363888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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