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万見
- PDB-6mp7: Crystal structure of the E257A mutant of BlMan5B in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mp7
タイトルCrystal structure of the E257A mutant of BlMan5B in complex with GlcNAc (soaking)
要素BlMan5B
キーワードHYDROLASE / Family GH5 / subfamily 18 / beta-mannosidase
機能・相同性Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / CITRATE ANION / Glycosyl hydrolase
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lorizolla-Cordeiro, R. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/00740-2 ブラジル
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: N-glycan Utilization by Bifidobacterium Gut Symbionts Involves a Specialist beta-Mannosidase.
著者: Cordeiro, R.L. / Pirolla, R.A.S. / Persinoti, G.F. / Gozzo, F.C. / de Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BlMan5B
B: BlMan5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8666
ポリマ－99,2112
非ポリマー6554
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.805, 101.247, 172.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...
21(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A19 - 84
121(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A86 - 127
131(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A130 - 148
141(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A293 - 409
151(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A293 - 409
161(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A411 - 428
171(chain A and (resid 19 through 84 or resid 86...A430 - 439
211(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B19 - 84
221(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B86 - 127
231(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B130 - 148
241(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B19 - 439
251(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B293 - 409
261(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B411 - 428
271(chain B and (resid 19 through 84 or resid 86...B430 - 439

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要素

#1: タンパク質 BlMan5B


分子量: 49605.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (strain DJO10A) (バクテリア)
株: DJO10A / 遺伝子: BLD_0195 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DQP5
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化温度: 273.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate pH 4.5 and 12-16% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.585 Å / Num. obs: 123099 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.038 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.865.1611.5661.01192760.6061.74197.3
1.86-1.985.370.7812.03186080.8840.86599.4
1.98-2.146.3550.4314.2173330.9370.46999.9
2.14-2.356.4720.2616.95160170.9750.28499.8
2.35-2.625.9730.16610.22145580.9870.18299.8
2.62-3.036.8370.09318.43128740.9960.10199.6
3.03-3.76.5550.05431109430.9980.05999.6
3.7-5.225.9020.03344.7685840.9990.03699.6
5.22-48.5856.6720.02952.5549060.9990.03298.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MP2

6mp2


解像度: 1.75→48.585 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 6028 4.9 %
Rwork0.1724 --
obs0.1734 123040 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.99 Å2 / Biso mean: 34.306 Å2 / Biso min: 16.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→48.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6605 0 44 589 7238
Biso mean--36.75 41.77 -
残基数----847
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3789X-RAY DIFFRACTION6.863TORSIONAL
12B3789X-RAY DIFFRACTION6.863TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.76990.36331900.31733686387696
1.7699-1.79080.36121930.29553766395996
1.7908-1.81260.28482100.29153791400198
1.8126-1.83550.36582180.2943816403497
1.8355-1.85970.30311760.27953809398599
1.8597-1.88520.29321930.2593869406299
1.8852-1.91210.27011890.25263865405499
1.9121-1.94060.29392040.23793885408999
1.9406-1.9710.2441880.21738334021100
1.971-2.00330.23462350.211339114146100
2.0033-2.03780.26371960.198738674063100
2.0378-2.07490.23541930.197239044097100
2.0749-2.11480.24391890.190839264115100
2.1148-2.1580.21442040.190539244128100
2.158-2.20490.21471690.181538834052100
2.2049-2.25620.20011970.178139464143100
2.2562-2.31260.20661880.175638914079100
2.3126-2.37510.18542220.167638914113100
2.3751-2.4450.211950.170539244119100
2.445-2.52390.20722220.17538964118100
2.5239-2.61410.20831780.169739724150100
2.6141-2.71880.21451930.161938894082100
2.7188-2.84250.18112280.175839074135100
2.8425-2.99230.20791920.177339664158100
2.9923-3.17980.18832170.175539304147100
3.1798-3.42520.18292150.16133927414299
3.4252-3.76980.18692040.152839724176100
3.7698-4.3150.13251990.132140024201100
4.315-5.43530.15132230.131740284251100
5.4353-48.60330.16072080.16334136434498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4122-0.06940.00391.3822-0.43511.2810.03890.09220.1041-0.1763-0.0857-0.257-0.04060.23640.05030.18720.00550.02420.199-0.00320.187612.622-16.11320.954
21.16180.22080.17850.74440.03891.04940.0257-0.0756-0.1022-0.03980.02690.12410.1666-0.1382-0.05410.2223-0.0034-0.01630.1920.03680.2-19.53-48.47326.29
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -1:424 )A-1 - 424
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID -1:419 )B-1 - 419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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