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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mor | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the All-Trans Retinal-Bound R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y:L121Y Mutant of Human Cellular Retinoic Acid Binding Protein II in the Dark at 1.79 Angstrom Resolution | ||||||
![]() | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / iLBP / Rhodopsin mimic | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghanbarpour, A. / Geiger, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mimicking Microbial Rhodopsin Isomerization in a Single Crystal. 著者: Ghanbarpour, A. / Nairat, M. / Nosrati, M. / Santos, E.M. / Vasileiou, C. / Dantus, M. / Borhan, B. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 910.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 912 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6mopC ![]() 6moqC ![]() 6movC ![]() 6moxC ![]() 6mpkC ![]() 6mqiC ![]() 6mqjC ![]() 6mqwC ![]() 6mqxC ![]() 6mqyC ![]() 6mqzC ![]() 6mr0C ![]() 4yfpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15628.808 Da / 分子数: 1 / 変異: R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Y, R59Y, L121Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Bacterial expression vector pBEN1-SGC (その他) 参照: UniProt: P29373 |
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 % / 解説: Hexagonal |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, Sodium Malonate / PH範囲: 5-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→45.185 Å / Num. obs: 19270 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 39.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Num. unique obs: 1890 / Rrim(I) all: 0.656 / % possible all: 99.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YFP 解像度: 1.79→45.185 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→45.185 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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