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万見
- PDB-6mnh: ULK1 Unc-51 like autophagy activating kinase in complex with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mnh
タイトルULK1 Unc-51 like autophagy activating kinase in complex with inhibitor BTC
要素Serine/threonine-protein kinase ULK1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / inhibitor / complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site ...neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site / axon extension / TBC/RABGAPs / reticulophagy / Receptor Mediated Mitophagy / response to starvation / Macroautophagy / cellular response to stress / autophagosome membrane / autophagosome assembly / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to nutrient levels / mitophagy / positive regulation of autophagy / autophagosome / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / recycling endosome / autophagy / small GTPase binding / neuron projection development / peptidyl-serine phosphorylation / intracellular protein localization / protein autophosphorylation / GTPase binding / mitochondrial outer membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of autophagy / protein phosphorylation / axon / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JVD / Serine/threonine-protein kinase ULK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Hendle, J. / Sauder, J.M. / Hickey, M.J. / Rauch, C.T. / Maletic, M. / Schwinn, K.D.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Idea2Data: Toward a New Paradigm for Drug Discovery.
著者: Nicolaou, C.A. / Humblet, C. / Hu, H. / Martin, E.M. / Dorsey, F.C. / Castle, T.M. / Burton, K.I. / Hu, H. / Hendle, J. / Hickey, M.J. / Duerksen, J. / Wang, J. / Erickson, J.A.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9385
ポリマ－32,5571
非ポリマー3814
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.984, 44.884, 58.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-563-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / hATG1 / Unc-51-like kinase 1


分子量: 32556.672 Da / 分子数: 1 / 変異: S195A, S224A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-JVD / N-[(2R)-3-methylbutan-2-yl]-1H-benzotriazole-6-carboxamide


分子量: 232.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N4O
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 31% PEG 4K, 200mM calcium chloride, 100mM bis tris propane pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→29.14 Å / Num. obs: 28537 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Num. unique obs: 4090 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.73→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.511 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2278 1407 5 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
obs0.19 26741 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å2-0 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2121 0 23 225 2369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.6553015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9295276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22623.0399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98615397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8191517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2685.7841077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2348.591344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1896.8611152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.54727.9753376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 102 -
Rwork0.232 1953 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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