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万見
- PDB-6u7d: Recombinant stem bromelain precursor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7d
タイトルRecombinant stem bromelain precursor
要素FBSB
キーワードPLANT PROTEIN / Pineapple cysteine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ananas comosus (アナナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yongqing, T. / Pike, R.N. / Wijeyewickrema, L.C.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian SIEF-industrial fellowship fund オーストラリア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a Recombinant Stem Bromelain Precursor
著者: Yongqing, T. / Pike, R.N. / Wijeyewickrema, L.C.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FBSB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8711
ポリマ－36,8711
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Gel electrophoresis of the recombinant stem bromelain precursor protein displays a single band of around 38 kDa, which is in agreement with the predicted mass ...根拠: native gel electrophoresis, Gel electrophoresis of the recombinant stem bromelain precursor protein displays a single band of around 38 kDa, which is in agreement with the predicted mass based on the single polypeptide chain of recombinant protein.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.310, 69.940, 74.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 FBSB


分子量: 36871.297 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 25-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ananas comosus (アナナス) / 組織: Stem / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O23799, UniProt: A0A199VSS3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 % / 解説: Clear thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: A reservoir solution comprised of 19% (w/v) PEG6000, 0.01 M Zinc chloride and 0.1 M MMT, pH4. Using an equal reservoir to protein (8 mg/ml) ratio, crystals were observed after 1 day and grew ...詳細: A reservoir solution comprised of 19% (w/v) PEG6000, 0.01 M Zinc chloride and 0.1 M MMT, pH4. Using an equal reservoir to protein (8 mg/ml) ratio, crystals were observed after 1 day and grew to maximal size after 2 week.
PH範囲: 3.8-4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953695 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953695 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.38 Å / Num. obs: 7132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Num. unique obs: 1130 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.879 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OKJ

6okj


解像度: 3→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.778 / SU B: 23.855 / SU ML: 0.423 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.564 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3138 323 4.6 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.2032 6766 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.83 Å2 / Biso mean: 25.22 Å2 / Biso min: 3.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 0 19 2354
Biso mean---16.2 -
残基数----302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.6393246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.5754879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7385300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93123.388121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.80715377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0191510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02522
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 25 -
Rwork0.296 491 -
all-516 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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