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万見
- PDB-6mmd: Photoactive Yellow Protein with 3,5-dichlorotyrosine substituted ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mmd
タイトルPhotoactive Yellow Protein with 3,5-dichlorotyrosine substituted at position 42
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / chlorinated chromophore / hydrogen bonding network / active site / low-barrier hydrogen bond
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.228 Å
データ登録者Thomson, B.D. / Both, J. / Wu, Y. / Parrish, R.M. / Martinez, T. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR35GM11804401 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-17406456 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2019
タイトル: Perturbation of Short Hydrogen Bonds in Photoactive Yellow Protein via Noncanonical Amino Acid Incorporation.
著者: Thomson, B. / Both, J. / Wu, Y. / Parrish, R.M. / Martinez, T.J. / Boxer, S.G.
履歴
登録2018年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
B: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2434
ポリマ－27,9152
非ポリマー3282
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.909, 65.909, 40.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-430-

HOH

21A-431-

HOH

31B-441-

HOH

41B-442-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 13957.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1M sodium chloride, 2.4M ammonium sulfate, pH = 6.0, drops were microseeded

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.228→50 Å / Num. obs: 56619 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 49.03
反射 シェル解像度: 1.228→1.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NWZ

1nwz


解像度: 1.228→33.032 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 2924 5.16 %
Rwork0.1532 --
obs0.1547 56617 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.228→33.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1956 0 22 273 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4462720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.816726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2285-1.24860.27691600.25512256X-RAY DIFFRACTION90
1.2486-1.27020.26621190.22982522X-RAY DIFFRACTION97
1.2702-1.29330.22961370.21852508X-RAY DIFFRACTION98
1.2933-1.31810.2261560.20372529X-RAY DIFFRACTION98
1.3181-1.3450.20321080.18832645X-RAY DIFFRACTION99
1.345-1.37430.21421580.1872528X-RAY DIFFRACTION99
1.3743-1.40630.20571290.18912610X-RAY DIFFRACTION100
1.4063-1.44140.25851050.18472603X-RAY DIFFRACTION100
1.4414-1.48040.17421400.18332542X-RAY DIFFRACTION99
1.4804-1.5240.1981500.1742547X-RAY DIFFRACTION99
1.524-1.57310.20761700.16542594X-RAY DIFFRACTION100
1.5731-1.62940.21381000.15742620X-RAY DIFFRACTION100
1.6294-1.69460.16521460.15912551X-RAY DIFFRACTION100
1.6946-1.77170.19151650.1592592X-RAY DIFFRACTION100
1.7717-1.86510.19481280.15552594X-RAY DIFFRACTION99
1.8651-1.9820.18871500.15082557X-RAY DIFFRACTION100
1.982-2.1350.16821150.14142635X-RAY DIFFRACTION100
2.135-2.34980.16971350.14432573X-RAY DIFFRACTION99
2.3498-2.68970.18821600.15032534X-RAY DIFFRACTION99
2.6897-3.38810.1891850.15012541X-RAY DIFFRACTION100
3.3881-33.04370.13111080.13022612X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84380.16020.06711.9168-0.41551.9752-0.03080.02820.09520.0075-0.0285-0.133-0.17680.1370.03950.1175-0.0137-0.00810.11810.00280.123844.745936.4654-0.5276
21.4244-0.56620.35491.2626-0.21921.8954-0.03990.00030.1506-0.0137-0.01020.0161-0.2043-0.08570.03590.13010.0076-0.00660.1084-0.00520.123323.746937.9577-20.7811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 125)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 125)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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