PDB-6mly: Bifunctional GH43-CE Bacteroides eggerthii, BACEGG_01304

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mly

タイトル

Bifunctional GH43-CE Bacteroides eggerthii, BACEGG_01304

要素

Bifunctional GH43-CE protein

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH43 / carbohydrate esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides eggerthii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes
著者: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I.

履歴

登録	2018年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mly.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mly.ent.gz	1000.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mly_validation.pdf.gz	500.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mly_full_validation.pdf.gz	525.9 KB	表示
XML形式データ	6mly_validation.xml.gz	102.5 KB	表示
CIF形式データ	6mly_validation.cif.gz	141.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6motC 6mouC 6ne9C 3zxlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d7p-1 3v2y-d 1db2-d 2w9x-d 4bug-1 2ohj-1 6xih-d 3eml-d 4fif-d 2vvg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional GH43-CE protein

B: Bifunctional GH43-CE protein

C: Bifunctional GH43-CE protein

D: Bifunctional GH43-CE protein

ヘテロ分子

360 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional GH43-CE protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bifunctional GH43-CE protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bifunctional GH43-CE protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bifunctional GH43-CE protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	254.734, 93.310, 214.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 123.380, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bifunctional GH43-CE protein 分子量: 89791.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides eggerthii (バクテリア) 遺伝子: xynB_2, NCTC11155_00458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A380YKU1, UniProt: E5WZQ7*PLUS, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M AmSO4, 0.1M MES pH 6.5, 30% PEG 5k; streak seeding to produce larger crystals Temp details: room

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月7日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 113694 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.161 / R_pim(I) all: 0.103 / R_rim(I) all: 0.192 / Χ²: 2.071 / Net I/σ(I): 4.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	3.1	1.105	5671	0.466	0.746	1.338	0.841	99.9
2.75-2.8	3.2	1.027	5642	0.533	0.682	1.236	0.877	100
2.8-2.85	3.2	0.875	5626	0.61	0.579	1.053	0.872	100
2.85-2.91	3.3	0.73	5658	0.669	0.481	0.877	0.884	100
2.91-2.97	3.3	0.638	5671	0.725	0.418	0.765	0.898	100
2.97-3.04	3.3	0.543	5690	0.781	0.354	0.65	0.94	100
3.04-3.12	3.3	0.455	5641	0.852	0.295	0.544	0.944	100
3.12-3.2	3.4	0.396	5701	0.855	0.257	0.474	0.964	100
3.2-3.3	3.4	0.318	5652	0.901	0.206	0.38	0.974	100
3.3-3.4	3.4	0.251	5623	0.939	0.161	0.299	1.004	100
3.4-3.52	3.4	0.201	5710	0.847	0.129	0.24	1.072	100
3.52-3.66	3.4	0.167	5676	0.928	0.106	0.199	1.103	100
3.66-3.83	3.4	0.141	5693	0.98	0.089	0.167	1.199	99.9
3.83-4.03	3.5	0.121	5687	0.983	0.076	0.144	1.286	99.9
4.03-4.29	3.5	0.099	5699	0.986	0.062	0.117	1.491	99.9
4.29-4.62	3.5	0.077	5704	0.992	0.048	0.091	1.582	99.7
4.62-5.08	3.5	0.064	5673	0.994	0.04	0.076	1.664	99.7
5.08-5.81	3.5	0.064	5734	0.994	0.04	0.075	1.725	99.5
5.81-7.32	3.5	0.058	5713	0.992	0.036	0.068	2.332	99.3
7.32-50	3.4	0.055	5830	0.984	0.035	0.065	18.095	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0222	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZXL

3zxl

解像度: 2.7→48.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 44.282 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.351
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2686	5719	5 %	RANDOM
R_work	0.2198	-	-	-
obs	0.2222	107971	98.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 257.19 Å² / B_iso mean: 62.463 Å² / B_iso min: 36.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	0 Å²	3.78 Å²
2-	-	-7.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→48.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23692	0	56	396	24144
B_iso mean	-	-	57.88	62.19	-
残基数	-	-	-	-	3029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.014	24349
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	21577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.96	1.654	32966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	1.643	50417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.63	5	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.05	22.634	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.835	15	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.217	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	27499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.298	3	45926
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	73.485	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	23.149	5	45418

LS精密化シェル

解像度: 2.703→2.773 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	406	-
R_work	0.318	6923	-
all	-	7329	-
obs	-	-	86.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0978	0.4697	1.1901	0.3168	0.6034	1.3733	0.1713	0.0435	-0.0165	0.2258	-0.1571	0.008	0.3448	-0.16	-0.0141	0.8513	-0.2969	-0.1465	1.0939	-0.0022	0.0452	-36.3059	21.8862	40.9369
2	0.6746	0.0788	0.9361	0.2749	0.076	1.4432	-0.001	0.1455	0.0105	0.0303	0.0278	0.0741	-0.0723	0.0188	-0.0268	0.4371	-0.0022	-0.1008	0.5119	0.0372	0.0725	-19.8728	-22.6804	45.2291
3	0.4654	0.249	-0.8538	0.213	-0.5821	1.9016	0.0306	0.1182	0.0197	0.0729	0.0411	-0.0294	-0.0977	0.0021	-0.0716	0.5809	0.0165	-0.1389	0.5836	-0.0256	0.1235	24.7989	44.6941	45.5872
4	0.9372	0.3596	-1.2695	0.1997	-0.6344	2.1052	-0.0526	0.1641	0.0296	0.0724	0.0301	-0.0302	-0.0661	-0.0579	0.0225	0.4995	0.0101	-0.1249	0.5746	-0.0158	0.0988	41.537	-1.1876	48.475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 788
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 788
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	23 - 788
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	25 - 788

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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