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- PDB-6ml8: Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ml8
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/Denver/57 bound to the C05 antibody
要素
  • (C05 antibody Fab ...) x 2
  • (Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / NIAID / structural genomics / influenza virus / vaccine development / broadly neutralizing antibody / strain-specific neutralization / influenzavirus / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: C05 antibody Fab heavy chain
L: C05 antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3967
ポリマ－105,6374
非ポリマー1,7603
水81145
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: C05 antibody Fab heavy chain
L: C05 antibody Fab light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: C05 antibody Fab heavy chain
L: C05 antibody Fab light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: C05 antibody Fab heavy chain
L: C05 antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,18921
ポリマ－316,91012
非ポリマー5,2799
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.460, 118.460, 162.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 37002.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Denver/1957(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2IBI1
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 18946.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Denver/1957(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Denver/1957(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2IBI1

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 C05 antibody Fab heavy chain


分子量: 26321.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 C05 antibody Fab light chain


分子量: 23367.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 1種, 45分子

#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: InvbJ.18715.a.KN11/HosaA.20194.a.TC11 batch PD39296/PD38299 at a combined complex 10 mg/mL against PACT screen condition G9: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M BisTris Propane pH 7.5, 20% ...詳細: InvbJ.18715.a.KN11/HosaA.20194.a.TC11 batch PD39296/PD38299 at a combined complex 10 mg/mL against PACT screen condition G9: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M BisTris Propane pH 7.5, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 300847g9, unique puck ID sto6-4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→47.886 Å / Num. obs: 29212 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.324 % / Biso Wilson estimate: 66.752 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 15.23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.92-37.5560.977221170.7261.05100
3-3.087.540.782.5220760.7970.838100
3.08-3.177.5430.5773.4420100.8870.62100
3.17-3.267.5270.4664.3119900.9250.501100
3.26-3.377.5130.3655.4519010.9480.393100
3.37-3.497.4160.2827.2618500.9780.30399.9
3.49-3.627.4870.2029.8317680.9830.217100
3.62-3.777.3020.18211.2217200.9860.196100
3.77-3.947.2730.14313.8516620.9920.15499.9
3.94-4.137.3740.11216.8415570.9940.12100
4.13-4.357.3080.08920.2215270.9970.096100
4.35-4.627.1920.0725.2114190.9970.076100
4.62-4.947.1790.06526.7213650.9980.07100
4.94-5.337.1950.06127.3112550.9980.066100
5.33-5.847.1760.05828.2411630.9980.063100
5.84-6.537.1790.05628.9910780.9980.061100
6.53-7.547.0670.04633.019260.9990.04999.9
7.54-9.236.8720.03339.978130.9990.035100
9.23-13.066.5830.02545.8564710.02799.7
13.06-47.8865.7340.02443.863680.9990.02694.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.14_3219精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EDB, 4FNL

4edb

4fnl


解像度: 2.92→47.886 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 1534 5.25 %
Rwork0.2012 --
obs0.2045 29208 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 249.63 Å2 / Biso mean: 87.0651 Å2 / Biso min: 23.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.92→47.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6796 0 117 45 6958
Biso mean--115.67 52.68 -
残基数----917
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9202-3.01440.39691310.328725022633
3.0144-3.12220.33591590.270124382597
3.1222-3.24710.32741230.239324792602
3.2471-3.39490.26341140.224325352649
3.3949-3.57380.30861200.222624832603
3.5738-3.79770.25581530.208925032656
3.7977-4.09070.27461260.189924972623
4.0907-4.50210.2421490.16125012650
4.5021-5.15290.20971670.154825202687
5.1529-6.48960.2461480.190525472695
6.4896-47.89250.27071440.20926692813
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73050.09180.2371.0907-0.63925.1867-0.0969-0.36280.33940.9376-0.05610.005-0.7875-0.03050.08430.9820.0240.00140.5586-0.19070.51310.597-45.803550.3448
22.5958-0.2696-0.41210.9908-0.08374.8733-0.08790.07410.2788-0.12410.0221-0.1929-0.35970.23980.08360.3779-0.0711-0.05640.1757-0.04550.43997.5671-44.475115.7643
34.5656-0.96894.50592.1798-1.62467.68770.07360.1551-0.2903-0.28090.0639-0.02190.10280.2596-0.14570.28860.01270.05290.1974-0.02940.47448.0839-54.89811.1619
40.9823-0.0927-0.61571.2658-0.88384.02410.0208-0.33320.09340.4519-0.0271-0.0269-0.58760.0390.03570.4711-0.0265-0.06160.3535-0.08440.48122.5083-50.731238.3062
50.7746-0.41590.270.47010.23160.6237-0.552-0.76380.26730.50990.75650.0746-1.04210.47130.12112.1584-0.02920.10321.8703-0.24720.6317-0.4088-48.88397.311
61.7696-0.55090.3961.8011.19361.1581-0.1727-0.92550.7110.88820.142-0.1955-0.83531.0977-0.60471.3216-0.2897-0.04411.2271-0.21970.57768.9197-52.914982.9178
70.5627-0.1427-1.20110.04870.2922.5628-0.2158-0.4725-0.05470.1545-0.36450.01750.15130.60080.76310.8354-0.0673-0.09570.71010.20880.53317.8944-57.756653.599
81.30060.29920.34721.08060.04191.27180.2735-0.9140.08451.13140.18190.0348-0.4558-0.44840.25751.40340.0127-0.00950.9762-0.10160.2756-1.458-60.247575.4637
93.6498-0.6150.64770.4979-0.37260.2887-0.1362-0.06020.63310.8029-0.0739-0.1241-1.4563-0.23770.22172.46580.125-0.52561.7409-0.19930.738712.8846-51.3835107.7566
103.1165-0.80510.73074.3735-1.41536.01520.12490.42610.1396-0.1671-0.07430.367-0.3949-0.3535-0.09810.28650.0394-0.02860.36310.00050.5368-7.249-26.1313-10.9963
116.43262.49191.54661.7231-1.76828.5269-0.04762.2989-0.245-0.63710.37680.2004-0.5168-0.78030.04561.05440.4882-0.26271.7037-0.13490.8286-11.6736-23.4064-41.0167
125.17195.90663.05258.46711.29235.1372-0.8103-0.00080.1324-1.863-0.81372.2483-0.1419-2.35881.61671.16140.0574-0.32981.6056-0.49821.0261-11.7058-33.2633-49.0362
132.51091.12213.19093.6044-1.60857.01590.04450.1886-0.5668-0.49970.33560.30510.8082-0.0337-0.95451.48520.742-0.60862.5271-0.79831.4315-20.3386-25.7757-39.0229
144.871-0.1295-0.45483.36751.11265.24550.22590.27180.1593-0.3535-0.0754-0.3807-0.39911.1715-0.22510.427-0.1181-0.04470.77290.04610.52615.2409-28.3726-19.3779
154.8123-0.8552-1.94363.64671.32954.7917-0.00520.2428-0.03490.02890.088-0.09350.03470.4911-0.05490.3059-0.0304-0.00910.57020.00760.544410.4267-33.36-19.1851
163.31530.11381.20312.968-0.19823.80090.89132.74270.0872-1.654-0.23810.7108-0.2424-0.36470.32070.9770.3079-0.21672.29130.13860.51537.8325-29.4829-44.4505
170.76370.61370.6991.2-0.56772.45660.08580.80670.5511-1.3176-0.26010.3080.0666-0.198-0.98091.80030.93010.01091.99850.66380.9904-14.0555-17.0021-51.5999
181.9741-0.42692.91062.0272-1.97255.7481-0.03452.56481.6086-1.4174-0.08030.3367-1.11290.40520.40761.33720.0216-0.18471.45810.35281.17314.2898-21.5576-50.3251
191.499-1.04023.55483.4704-4.38629.7584-0.64581.55491.6634-1.04130.01210.1641-2.1129-0.12241.0022.47440.4524-0.48992.1890.62761.4594-1.3486-11.4397-51.3872
206.5297-2.6012.35921.92410.76534.11640.62491.7063-0.068-0.46-0.5274-0.1519-0.0345-0.6253-0.04030.89830.2043-0.05591.2616-0.07580.51144.2389-30.9814-39.9358
212.0144-2.29811.22463.371-0.96820.9680.03241.37752.0534-1.63830.66021.1814-1.2717-0.77421.0162.26690.4828-0.65352.41190.88891.8929-9.6387-11.0058-54.691
220.64541.01720.39132.0832-0.37612.2754-0.28581.550.6242-1.7161-0.37060.2376-0.4494-0.2998-0.63572.06640.7408-0.09262.59960.70320.91880.1599-20.2562-59.3519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 114 )A19 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 176 )A115 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 226 )A177 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 227 through 339 )A227 - 339
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 346 through 375 )B346 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 376 through 400 )B376 - 400
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 401 through 410 )B401 - 410
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 411 through 488 )B411 - 488
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 489 through 502 )B489 - 502
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 120 )H1 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 121 through 177 )H121 - 177
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 178 through 195 )H178 - 195
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 196 through 213 )H196 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 1 through 38 )L1 - 38
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 39 through 101 )L39 - 101
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 102 through 117 )L102 - 117
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 118 through 136 )L118 - 136
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 137 through 150 )L137 - 150
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 151 through 163 )L151 - 163
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 164 through 174 )L164 - 174
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 175 through 191 )L175 - 191
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 192 through 212 )L192 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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