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- PDB-6ml8: Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ml8 | |||||||||
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Title | Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/Denver/57 bound to the C05 antibody | |||||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN / NIAID / structural genomics / influenza virus / vaccine development / broadly neutralizing antibody / strain-specific neutralization / influenzavirus / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | |||||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site. Authors: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 376 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 302.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6d8wC ![]() 6myaC ![]() 6n41C ![]() 6onaC ![]() 6osrC ![]() 7jp4C ![]() 7jpdC ![]() 4edbS ![]() 4fnlS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37002.305 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 18946.006 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: A/Denver/1957(H1N1) / Gene: HA / Production host: ![]() |
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#3: Antibody | Mass: 26321.277 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#4: Antibody | Mass: 23367.018 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 3 types, 3 molecules
#5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#7: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 1 types, 45 molecules ![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: Water | ChemComp-HOH / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: InvbJ.18715.a.KN11/HosaA.20194.a.TC11 batch PD39296/PD38299 at a combined complex 10 mg/mL against PACT screen condition G9: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M BisTris Propane pH 7.5, ...Details: InvbJ.18715.a.KN11/HosaA.20194.a.TC11 batch PD39296/PD38299 at a combined complex 10 mg/mL against PACT screen condition G9: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M BisTris Propane pH 7.5, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 300847g9, unique puck ID sto6-4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 26, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.92→47.886 Å / Num. obs: 29212 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.324 % / Biso Wilson estimate: 66.752 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 15.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4EDB, 4FNL Resolution: 2.92→47.886 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 249.63 Å2 / Biso mean: 87.0651 Å2 / Biso min: 23.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.92→47.886 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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