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- PDB-6mki: Crystal structure of penicillin-binding protein 4 (PBP4) from Ent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mki
タイトルCrystal structure of penicillin-binding protein 4 (PBP4) from Enterococcus faecalis in the ceftaroline-bound form
要素penicillin-binding protein 4 (PBP4)
キーワードprotein binding/antibiotic / PBP / antibiotic / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / protein binding-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftaroline, bound form / PHOSPHATE ION / PBP4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.984 Å
データ登録者D'Andrea, E.D. / Moon, T.M. / Peti, W. / Page, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI045626-15 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The structures of penicillin-binding protein 4 (PBP4) and PBP5 fromEnterococciprovide structural insights into beta-lactam resistance.
著者: Moon, T.M. / D'Andrea, E.D. / Lee, C.W. / Soares, A. / Jakoncic, J. / Desbonnet, C. / Garcia-Solache, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: penicillin-binding protein 4 (PBP4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5995
ポリマ－70,7091
非ポリマー8904
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.496, 85.572, 82.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 penicillin-binding protein 4 (PBP4) / Penicillin-binding protein


分子量: 70709.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: pbp4, A6B47_10405, DAI13_12160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K3C9
#2: 化合物 ChemComp-AI8 / Ceftaroline, bound form


分子量: 607.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N8O5S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 % / 解説: plate
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.25 / 詳細: 0.04M KH2PO4, 16% PEG 8000, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
詳細: Mirror: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→39.04 Å / Num. obs: 31379 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.113 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.98→3.17 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2468 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.328 / Rrim(I) all: 0.492 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBP4 apo

解像度: 2.984→39.038 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 30.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 1595 5.09 %imported from PBP4 apo
Rwork0.225 ---
obs0.2269 31348 96.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.984→39.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3108 0 55 26 3189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5554363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.41915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9845-3.08080.32061280.28022351X-RAY DIFFRACTION85
3.0808-3.19080.25911660.25392727X-RAY DIFFRACTION99
3.1908-3.31850.33981210.24452793X-RAY DIFFRACTION98
3.3185-3.46950.26981630.2252701X-RAY DIFFRACTION98
3.4695-3.65230.31681550.21842694X-RAY DIFFRACTION96
3.6523-3.88090.30581500.21422690X-RAY DIFFRACTION97
3.8809-4.18020.25281660.18772753X-RAY DIFFRACTION99
4.1802-4.60030.18371020.18342824X-RAY DIFFRACTION99
4.6003-5.26460.23751560.20622742X-RAY DIFFRACTION98
5.2646-6.62760.25711400.25262721X-RAY DIFFRACTION98
6.6276-39.04140.24261480.25682757X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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