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万見
- PDB-6mk7: Solution structure of the large extracellular loop of FtsX in Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mk7
タイトルSolution structure of the large extracellular loop of FtsX in Streptococcus pneumoniae
要素Cell division protein FtsX
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN / CELL DIVISION
機能・相同性Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / cell division / plasma membrane / Cell division protein FtsX
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Edmonds, K.A. / Fu, Y. / Wu, H. / Rued, B.E. / Bruce, K.E. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM109825 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2019
タイトル: Structure of the Large Extracellular Loop of FtsX and Its Interaction with the Essential Peptidoglycan Hydrolase PcsB in Streptococcus pneumoniae.
著者: Rued, B.E. / Alcorlo, M. / Edmonds, K.A. / Martinez-Caballero, S. / Straume, D. / Fu, Y. / Bruce, K.E. / Wu, H. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0131
ポリマ－14,0131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The relative quality of TROSY and HSQC spectra show that this domain is a monomer by NMR
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsX


分子量: 14013.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: ftsX, SPD_0660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04LE4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D C(CO)NH
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HNCO
1101isotropic13D H(CCO)NH
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic13D (H)CCH-COSY
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1142isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1152isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1161isotropic22D IPAP 1H-15N HSQC
1173anisotropic22D IPAP 1H-15N HSQC
1182isotropic12D HBCBCGCDHE
1192isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FtsX extracellular loop 1, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2OH2O_sample90% H2O/10% D2O
solution30.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FtsX extracellular loop 1, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.2 mM DSS, 20 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2Ophage90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FtsX extracellular loop 1, 100 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2OD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMFtsX extracellular loop 1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2O[U-99% 2H]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.2 mMDSSnatural abundance1
0.4 mMFtsX extracellular loop 1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
90 %H2Onatural abundance3
10 %D2O[U-99% 2H]3
50 mMpotassium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
0.2 mMDSSnatural abundance3
20 mg/mLPf1 phagenatural abundance3
0.7 mMFtsX extracellular loop 1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
100 %D2O[U-99% 2H]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VnmrJVariancollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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