PDB-2kxg: The solution structure of the squash aspartic acid proteinase inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kxg

タイトル

The solution structure of the squash aspartic acid proteinase inhibitor (SQAPI)

要素

Aspartic protease inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / SQAPI / protein / aspartic protease inhibitor

機能・相同性

Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Aspartic protease inhibitor

機能・相同性情報

生物種

Cucurbita maxima (クリカボチャ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Headey, S.J. / Macaskill, U.K. / Wright, M. / Claridge, J.K. / Edwards, P.J.B. / Farley, P.C. / Christeller, J.T. / Laing, W.A. / Pascal, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the squash aspartic acid proteinase inhibitor (SQAPI) and mutational analysis of pepsin inhibition.
著者: Headey, S.J. / Macaskill, U.K. / Wright, M.A. / Claridge, J.K. / Edwards, P.J.B. / Farley, P.C. / Christeller, J.T. / Laing, W.A. / Pascal, S.M.

履歴

登録	2010年5月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kxg.cif.gz	292.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kxg.ent.gz	243.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/2kxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/2kxg	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1yhd-d 2n5n-d 2h41-d 2h41-1 2od5-d 6esp-d 6mk7-d 6v7u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16913

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartic protease inhibitor

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Aspartic protease inhibitor 分子量: 10420.930 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-102 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cucurbita maxima (クリカボチャ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q6DLC9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HNCO
1	7	1	3D HN(CA)CO
1	8	1	3D HN(COCA)CB
1	9	1	3D (H)CC(CO)NH TOCSY
1	10	1	3D HBHA(CO)NH
1	11	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	12	1	2D (HB)CB(CGCD)HD
1	13	1	2D (HB)CB(CGCDCE)HE
1	14	1	3D 1H-13C NOESYHSQC
1	15	1	3D 1H-15N NOESYHSQC

-
試料調製

詳細	内容: 0.6mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SQAPI-1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.6 mM / 構成要素: SQAPI-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 323 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2	Bruker Biospin	解析
XEASY	1.4	Bartels et al.	データ解析
CNS			精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: beginning with extended conformer, beginning with folded structure using Cartesian dynamics, final refinement using Cartesian dynamics in a layer of TIP3 water molecules

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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