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- PDB-6mjt: Azurin 122F/124W/126Re -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mjt
タイトルAzurin 122F/124W/126Re
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron Hopping
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-REQ / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.893 Å
データ登録者Takematsu, K. / Zalis, S. / Gray, H.B. / Vlcek, A. / Winkler, J.R. / Williamson, H. / Kaiser, J.T. / Heyda, J. / Hollas, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK019038 米国
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2019
タイトル: Two Tryptophans Are Better Than One in Accelerating Electron Flow through a Protein.
著者: Takematsu, K. / Williamson, H.R. / Nikolovski, P. / Kaiser, J.T. / Sheng, Y. / Pospisil, P. / Towrie, M. / Heyda, J. / Hollas, D. / Zalis, S. / Gray, H.B. / Vlcek, A. / Winkler, J.R.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1266
ポリマ－28,0422
非ポリマー1,0844
水1,67593
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5633
ポリマ－14,0211
非ポリマー5422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5633
ポリマ－14,0211
非ポリマー5422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.910, 33.970, 77.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 14020.887 Da / 分子数: 2 / 変異: W48F, Y72F, H83Q, Y108F, K122F, T124W, T126H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-REQ / (1,10 PHENANTHROLINE)-(TRI-CARBON MONOXIDE) RHENIUM (I)


分子量: 478.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12N2O3Re / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M NaOAc, 120 mM/150 mM Li2SO4, and 48.6% PEG 400/27.7% PEG 8000 at pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.893→38.393 Å / Num. all: 19028 / Num. obs: 19028 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27.61 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.059 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 46285
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.89-22.50.152643526250.1210.1930.155.188.8
2-2.122.50.0997627625480.0780.1270.0996.692.3
2.12-2.262.40.0775.9596024400.0620.0990.0778.292.8
2.26-2.442.50.0679.3563022870.0520.0850.0679.394.1
2.44-2.682.40.05611513421090.0440.0720.05610.794.6
2.68-2.992.40.05311.7476919520.0420.0670.05311.895.6
2.99-3.462.40.04712.5423717470.0380.0610.04712.796.4
3.46-4.232.40.05110.5357714880.0430.0670.05113.396.9
4.23-5.992.40.0549.7277111700.0450.070.05413.497.6
5.99-38.3932.30.0865.314966620.0750.1150.0861395.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.62 Å20.99 Å
Translation4.62 Å20.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AZU

1azu


解像度: 1.893→20.985 Å / FOM work R set: 0.804 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 986 5.18 %
Rwork0.2208 18032 -
obs0.2221 19018 93.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.11 Å2 / Biso mean: 34.7 Å2 / Biso min: 10.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.893→20.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 48 93 2037
Biso mean--26.74 39.86 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3072703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.41678
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8931-1.99280.26051270.24452426255388
1.9928-2.11750.28651340.2442495262992
2.1175-2.28090.26551490.22662529267892
2.2809-2.510.24471370.23292560269793
2.51-2.87250.25981450.22252617276294
2.8725-3.6160.251350.22212649278496
3.616-20.98670.22481590.20842756291596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0234-0.03492.13612.9893-2.09275.5387-0.025-0.3148-0.9261-0.1117-0.0742-0.31371.12350.5248-1.13570.36960.21770.03320.32490.12540.4339-11.54660.089822.33
22.97290.7239-1.14662.360.91293.52510.2086-0.1939-0.420.3227-0.12-0.1337-0.0408-0.60860.09110.19270.05250.02640.38550.0650.0345-19.21678.59125.1554
37.95980.768-0.54155.16520.04255.51660.34940.2531-0.087-0.1653-0.31470.24840.0097-0.06130.05140.2644-0.0558-0.01970.40420.01750.2356-20.64397.988918.8395
40.12730.32640.25381.1015-0.53687.7450.0613-0.6374-0.31720.28210.0068-0.2116-0.04150.88430.71720.16460.05920.00670.38660.13630.0674-11.941310.138724.4991
55.34540.07240.14474.9631.31365.4514-0.1053-0.02080.7798-0.20020.00880.4216-0.8926-0.1405-0.29520.25480.1318-0.00040.18860.04390.3241-43.615.601917.6411
62.39760.5310.67462.2833-0.46624.57950.0366-0.36820.30580.2897-0.148-0.1025-0.01540.85460.03570.17220.00510.01250.2962-0.04360.0687-36.3535-1.927722.6565
71.3368-0.882.28082.0871-1.71993.9550.16240.6243-0.18460.0057-0.54970.04520.69490.5489-0.29260.4125-0.1720.13160.7665-0.18410.2796-33.6553-6.088810.6593
81.76150.83340.10791.8159-0.21244.82230.0069-0.08690.19580.0316-0.0910.3690.0749-0.50130.0160.16570.0799-0.00940.2307-0.03810.1228-43.6428-4.312319.2001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 18 )A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 80 )A19 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 107 )A81 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 128 )A108 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 19 through 92 )B19 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 93 through 107 )B93 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 108 through 128 )B108 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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