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万見
- PDB-6mj3: CRYSTAL STRUCTURE OF RHESUS MACAQUE (MACACA MULATTA) IGG1 Fc Frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mj3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHESUS MACAQUE (MACACA MULATTA) IGG1 Fc Fragment-Fc-GAMMA RECEPTOR III complex
要素
  • Igg1 Fc
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / IGG1 / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA SANDWICH / FC FRAGMENT / FC GAMMA RECEPTOR III
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor signaling pathway / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / immunoglobulin complex / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling ...natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor signaling pathway / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / immunoglobulin complex / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI16274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI129769 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Decoding human-macaque interspecies differences in Fc-effector functions: The structural basis for CD16-dependent effector function in Rhesus macaques.
著者: Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Kremer, P.G. / Hederman, A.P. / Nguyen, D.N. / Van, V. / Sherburn, R. / Lewis, G.K. / Finzi, A. / Pollara, J. / Ackerman, M.E. / Barb, A.W. / Pazgier, M.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年10月26日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Igg1 Fc
B: Igg1 Fc
D: Igg1 Fc
E: Igg1 Fc
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
F: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,06813
ポリマ－144,5516
非ポリマー6,5177
水00
1
A: Igg1 Fc
B: Igg1 Fc
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6457
ポリマ－72,2763
非ポリマー3,3694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Igg1 Fc
E: Igg1 Fc
F: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4236
ポリマ－72,2763
非ポリマー3,1483
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.108, 71.270, 135.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Igg1 Fc


分子量: 25143.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F6RL33
#2: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III / IgG Fc receptor III / Fc-gamma RIII / FcRIII


分子量: 21988.773 Da / 分子数: 2 / Mutation: N38Q, N169Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: FCGR3 / Cell (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A3RFZ7
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 4000, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月27日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→66.51 Å / Num. obs: 14678 / % possible obs: 83.9 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.145 / Rsym value: 0.184 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2222 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.496 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E4K

1e4k


解像度: 3.8→66.51 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 33.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3236 1196 4.65 %
Rwork0.2761 --
obs0.2782 25699 75.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→66.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9418 0 438 0 9856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14813906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3036084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.95220.39791470.35492756X-RAY DIFFRACTION77
3.9522-4.1320.3531210.33622728X-RAY DIFFRACTION75
4.132-4.34980.38211600.3012677X-RAY DIFFRACTION75
4.3498-4.62230.31291140.27882485X-RAY DIFFRACTION68
4.6223-4.9790.29911440.26452874X-RAY DIFFRACTION80
4.979-5.47990.31611380.25232823X-RAY DIFFRACTION78
5.4799-6.27230.33961400.26992711X-RAY DIFFRACTION75
6.2723-7.90040.30871080.27962618X-RAY DIFFRACTION72
7.9004-66.51970.26891240.23552831X-RAY DIFFRACTION78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88521.9923-1.55222.5938-0.96172.77590.3234-0.03780.40420.6455-0.19610.2459-0.5447-0.309-0.07320.53520.0581-0.03250.5518-0.15940.6453-40.10642.299743.0075
21.87821.3630.80983.53171.61652.43490.19360.2055-0.4547-0.0999-0.208-0.2213-0.01390.07450.01620.36740.10160.01690.86660.00020.5752-25.964727.163522.507
32.24511.14930.03722.9554-1.09351.203-0.08390.4730.091-0.16530.28540.38970.0486-0.0487-0.23680.5348-0.007-0.02980.8055-0.05130.6384-104.871462.197222.1685
42.82011.74661.39721.75891.60822.87350.32520.1705-0.19780.50260.0526-0.60620.72820.3789-0.36820.76530.1782-0.08830.6207-0.05381.0009-90.276642.662637.7158
52.5252-0.41460.99761.73830.82795.2617-0.1663-0.238-0.0681-0.0849-0.02040.454-0.2477-0.66090.24590.5568-0.11970.06311.0077-0.10040.5834-71.547415.08510.9577
63.50480.57491.18252.71260.03044.4804-0.18460.06080.31520.26310.5601-0.2704-0.2371-0.0755-0.38410.6373-0.05880.15630.7159-0.20210.742-67.983283.451353.6675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 237 through 443)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 234 through 443)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 237 through 444)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'E' and resid 234 through 444)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 3 through 171)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 3 through 171)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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