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万見
- PDB-7kcz: CRYSTAL STRUCTURE OF RHESUS MACAQUE (MACACA MULATTA) IGG1 FC FRAG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kcz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHESUS MACAQUE (MACACA MULATTA) IGG1 FC FRAGMENT- FC-GAMMA RECEPTOR III COMPLEX V158 MUTANT
要素
  • IgG1 Fc
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / IGG1 / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA SANDWICH / FC FRAGMENT / FC GAMMA RECEPTOR III
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor signaling pathway / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / cell surface receptor signaling pathway ...natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor signaling pathway / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI116274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI129769 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Decoding human-macaque interspecies differences in Fc-effector functions: The structural basis for CD16-dependent effector function in Rhesus macaques.
著者: Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Kremer, P.G. / Hederman, A.P. / Nguyen, D.N. / Van, V. / Sherburn, R. / Lewis, G.K. / Finzi, A. / Pollara, J. / Ackerman, M.E. / Barb, A.W. / Pazgier, M.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG1 Fc
B: IgG1 Fc
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
D: IgG1 Fc
E: IgG1 Fc
F: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,74316
ポリマ－144,5236
非ポリマー8,22010
水1448
1
A: IgG1 Fc
B: IgG1 Fc
C: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3798
ポリマ－72,2613
非ポリマー4,1185
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: IgG1 Fc
E: IgG1 Fc
F: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3638
ポリマ－72,2613
非ポリマー4,1025
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.690, 70.110, 135.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 14分子 ABDECF

#1: 抗体
IgG1 Fc


分子量: 25143.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F6RL33
#2: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III / IgG Fc receptor III / Fc-gamma RIII / FcRIII


分子量: 21974.746 Da / 分子数: 2 / Mutation: I158V, N38Q, N169Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: FCGR3 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A3RFZ7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 10分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→60.11 Å / Num. obs: 92773 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 4297 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.605 / Rsym value: 0.91 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MJ3

6mj3


解像度: 3.15→60.11 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 35.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 2715 4.87 %
Rwork0.2694 --
obs0.271 55714 93.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→60.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9451 0 551 8 10010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54814008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6881612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.210.40391340.39962775X-RAY DIFFRACTION93
3.21-3.270.31511570.37062736X-RAY DIFFRACTION93
3.27-3.340.36341280.34952834X-RAY DIFFRACTION93
3.34-3.410.41071220.34312573X-RAY DIFFRACTION88
3.41-3.490.39211580.35032511X-RAY DIFFRACTION84
3.49-3.570.38461560.33012838X-RAY DIFFRACTION96
3.57-3.670.34571840.33122889X-RAY DIFFRACTION97
3.67-3.780.40211550.30632844X-RAY DIFFRACTION97
3.78-3.90.35141540.30722880X-RAY DIFFRACTION96
3.9-4.040.32941310.27912846X-RAY DIFFRACTION95
4.04-4.20.29141380.26182831X-RAY DIFFRACTION95
4.2-4.390.3241520.24292755X-RAY DIFFRACTION93
4.39-4.630.23181240.21932563X-RAY DIFFRACTION86
4.63-4.910.26051390.2152906X-RAY DIFFRACTION97
4.92-5.290.2161490.20622845X-RAY DIFFRACTION97
5.29-5.830.2611360.23282936X-RAY DIFFRACTION97
5.83-6.670.29571410.26632688X-RAY DIFFRACTION90
6.67-8.40.27761190.25712876X-RAY DIFFRACTION96
8.4-60.110.25251380.24232873X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71041.4044-0.28441.6006-0.36231.8830.2103-0.23580.31320.2385-0.16520.1943-0.5867-0.45950.00580.52280.1211-0.14470.9557-0.10990.3276-40.430342.041442.8149
23.09132.0180.61243.56131.40431.84730.10120.2256-0.44910.2628-0.0578-0.42850.12720.173-0.10370.2231-0.0266-0.15471.10130.09320.2946-26.371526.808722.6776
31.15920.50691.44461.03261.38942.8271-0.1925-0.04070.178-0.2139-0.19570.107-0.329-0.28660.27790.29-0.0942-0.37332.0404-0.1620.0352-72.319115.373711.4247
41.74741.1873-0.44022.5162-1.09191.01090.09460.3638-0.14180.02560.2020.20670.10050.0552-0.23520.27-0.0068-0.06441.2412-0.11020.417-105.884961.279222.5
54.75591.60180.59921.96640.34551.56460.16290.4599-0.9357-0.03440.1944-0.3620.50250.5767-0.26450.4810.2108-0.20330.9757-0.17480.6371-91.489541.95338.141
62.14960.29291.4411.83640.0823.2411-0.1982-0.23250.03440.21950.2977-0.1688-0.267-0.4089-0.04270.47140.0304-0.02471.453-0.31280.4531-68.615382.473153.4732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 235 through 443)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 232 through 443)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 4 through 171)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 235 through 443)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 232 through 443)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 3 through 171)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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