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万見
- PDB-6mj0: Crystal structure of the complete turnip yellow mosaic virus 3'UTR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mj0
タイトルCrystal structure of the complete turnip yellow mosaic virus 3'UTR
要素RNA (101-MER)
キーワードRNA / tRNA like-structure / tRNA mimicry / translation enhancer / programmed conformational changes
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hartwick, E.W. / Costantino, D.A. / MacFadden, A. / Nix, J.C. / Tian, S. / Das, R. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35GM118070 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM097333 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P30CA046934 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10OD012033 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Ribosome-induced RNA conformational changes in a viral 3'-UTR sense and regulate translation levels.
著者: Hartwick, E.W. / Costantino, D.A. / MacFadden, A. / Nix, J.C. / Tian, S. / Das, R. / Kieft, J.S.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (101-MER)
B: RNA (101-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6412
ポリマ－66,6412
非ポリマー00
水00
1
A: RNA (101-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3211
ポリマ－33,3211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA (101-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3211
ポリマ－33,3211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.032, 129.126, 172.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 RNA (101-MER)


分子量: 33320.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 mg/mL RNA was resuspended in 2.5 mM magnesium chloride and 10 mM HEPES KOH pH 7.4 and DPEC treated water. The RNA was heated at 65 degrees Celsius and slow cooled to room temperature ...詳細: 5 mg/mL RNA was resuspended in 2.5 mM magnesium chloride and 10 mM HEPES KOH pH 7.4 and DPEC treated water. The RNA was heated at 65 degrees Celsius and slow cooled to room temperature followed by the addition of spermidine (0.5 mM final). Crystals were grown in 50 mM cacodylate, 2.5 M ammonium sulfate, 20 mM magnesium chloride, 1.0 mM spermine, and 2 mM hexamine cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→35.79 Å / Num. obs: 21141 / % possible obs: 89.41 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 16.69
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 1352 / Rpim(I) all: 0.69 / Rrim(I) all: 1.83 / % possible all: 64.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p5j

4p5j


解像度: 3.1→35.79 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 1629 8.59 %
Rwork0.2269 --
obs0.2303 18974 89.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→35.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4286 0 0 4286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5177450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7162418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.19120.3627970.3761018X-RAY DIFFRACTION64
3.1912-3.29410.37651040.32451103X-RAY DIFFRACTION69
3.2941-3.41170.35451120.3091216X-RAY DIFFRACTION76
3.4117-3.54820.33321230.27641299X-RAY DIFFRACTION82
3.5482-3.70960.31761340.30171422X-RAY DIFFRACTION88
3.7096-3.90490.31931450.27641536X-RAY DIFFRACTION97
3.9049-4.14920.29251490.23791592X-RAY DIFFRACTION99
4.1492-4.4690.28511510.24321604X-RAY DIFFRACTION99
4.469-4.91770.28791500.21981609X-RAY DIFFRACTION100
4.9177-5.6270.25831520.20381624X-RAY DIFFRACTION100
5.627-7.08040.28931550.2131643X-RAY DIFFRACTION100
7.0804-35.7920.18891570.18031679X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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