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Yorodumi- PDB-5d6g: CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d6g | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX WITH 74NT 23S RNA FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSLATION / Archaeal Proteins / Methanococcus / Protein Structure / RNA / Ribosomal Proteins / Ribosomes | ||||||
Function / homology | Function and homology information large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Gabdulkhakov, A.G. / Mitroshin, I.V. / Garber, M.B. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX WITH 74NT 23S RNA FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII Authors: Gabdulkhakov, A.G. / Mitroshin, I.V. / Garber, M.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5d6g.cif.gz | 181.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5d6g.ent.gz | 143.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5d6g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5d6g_validation.pdf.gz | 456.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5d6g_full_validation.pdf.gz | 468.8 KB | Display | |
Data in XML | 5d6g_validation.xml.gz | 13.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5d6g_validation.cif.gz | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/5d6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/5d6g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3jsyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23353.793 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Gene: rpl10, rplP0, MJ0509 / Plasmid: pET-11c/MjaP0NTF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P54049 | ||
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#2: RNA chain | Mass: 23928.295 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Plasmid: pMja23S-74.UC18 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1(Blue) / References: REF: 470491724 | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, 0.2 M KCl, 0.1 M Magnesium acetate, 9% PEG 6000, 0.5 mM CTAB |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Sep 6, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→30 Å / Num. all: 49425 / Num. obs: 10828 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.56 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 7.15 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JSY Resolution: 3.3→24.827 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.36 / Phase error: 34.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→24.827 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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