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- PDB-6mi2: Structure of the human 4-1BB / Utomilumab Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mi2
タイトルStructure of the human 4-1BB / Utomilumab Fab complex
要素
  • (Utomilumab Fab ...) x 2
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Signaling / TNFRSF / 4-1BB / CD137 / therapeutic antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily ...Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Kimberlin, C.R. / Chin, S.M. / Roe-Zurz, Z. / Xu, A. / Yang, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the 4-1BB/4-1BBL complex and distinct binding and functional properties of utomilumab and urelumab.
著者: Chin, S.M. / Kimberlin, C.R. / Roe-Zurz, Z. / Zhang, P. / Xu, A. / Liao-Chan, S. / Sen, D. / Nager, A.R. / Oakdale, N.S. / Brown, C. / Wang, F. / Yang, Y. / Lindquist, K. / Yeung, Y.A. / ...著者: Chin, S.M. / Kimberlin, C.R. / Roe-Zurz, Z. / Zhang, P. / Xu, A. / Liao-Chan, S. / Sen, D. / Nager, A.R. / Oakdale, N.S. / Brown, C. / Wang, F. / Yang, Y. / Lindquist, K. / Yeung, Y.A. / Salek-Ardakani, S. / Chaparro-Riggers, J.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Utomilumab Fab heavy chain
B: Utomilumab Fab lambda chain
D: Utomilumab Fab heavy chain
E: Utomilumab Fab lambda chain
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,70337
ポリマ－126,3656
非ポリマー3,33931
水82946
1
A: Utomilumab Fab heavy chain
B: Utomilumab Fab lambda chain
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,39325
ポリマ－63,1823
非ポリマー2,21122
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Utomilumab Fab heavy chain
E: Utomilumab Fab lambda chain
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,31012
ポリマ－63,1823
非ポリマー1,1289
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.903, 73.338, 175.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FC

#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 15727.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): HighFive / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q07011

-
抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 Utomilumab Fab heavy chain


分子量: 24755.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Utomilumab Fab lambda chain


分子量: 22698.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 75分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5M lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→49.303 Å / Num. obs: 46410 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.35 / Rpim(I) all: 0.143 / Rrim(I) all: 0.379 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.72-2.8274.50944970.2351.8244.869100
10.53-49.36.30.0378460.9990.0160.04198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→49.303 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 1979 4.29 %
Rwork0.2383 --
obs0.24 46170 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.05 Å2 / Biso mean: 86.6898 Å2 / Biso min: 15.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→49.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7881 0 192 46 8119
Biso mean--113.65 51.22 -
残基数----1115
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.72-2.7880.42361240.38442982310694
2.788-2.86340.39321400.38483103324399
2.8634-2.94770.43341430.369131673310100
2.9477-3.04280.41271400.352931273267100
3.0428-3.15150.35941400.31731103250100
3.1515-3.27770.35361430.292731743317100
3.2777-3.42680.28631410.266231513292100
3.4268-3.60740.30151430.232931753318100
3.6074-3.83340.27391430.228331553298100
3.8334-4.12920.24491430.198631803323100
4.1292-4.54450.1961440.167531923336100
4.5445-5.20150.2391440.180431833327100
5.2015-6.55090.26581440.220632083352100
6.5509-49.3110.22931470.221632843431100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.117-0.36311.15111.1516-0.25263.89070.15280.42880.2132-0.2877-0.0772-0.56690.13330.2705-0.04140.39830.02110.19310.26820.03610.6087-10.6253-15.5439-56.2829
22.91361.41350.14672.77391.90513.5372-0.12311.32190.4110.02910.32630.02480.6947-0.3083-0.19270.6385-0.0640.18061.11580.16960.6703-31.761-8.9395-82.0743
30.36740.3791.01743.7996-0.82784.2590.12790.09080.2805-0.2292-0.2716-0.26860.13280.4184-0.10730.3048-0.06740.18130.111-0.01571.379-33.3057-8.9886-45.7323
45.874-1.54981.5742.3026-1.17193.8625-0.0019-0.32730.7833-0.18630.04290.26640.1255-0.0207-0.22040.2143-0.0034-0.04290.1679-0.00620.3245-24.0927-8.7108-42.7783
53.0042-3.15040.48474.1819-2.78246.0933-0.1721-0.0041.53420.62040.2064-0.0793-0.80640.231-0.08360.35660.0427-0.10940.2653-0.06591.0073-21.85460.8273-37.2474
62.6482-0.4062-0.31791.6592-0.06841.2258-0.07750.07560.4710.13630.04420.3639-0.1052-0.02090.03790.2112-0.0647-0.01260.28220.02670.8657-28.9635-7.1701-45.3946
75.3032-3.4761-3.38034.23424.8295.6542-0.37520.39830.37670.614-0.5895-0.04360.59680.1160.73841.0588-0.2032-0.01030.8180.17670.9407-38.9344-20.3501-81.1818
84.0402-0.9292-0.76261.60550.3183.3656-0.44410.6883-0.10370.65360.55770.62971.1391-1.0735-0.23040.7827-0.23990.09290.61020.13380.8303-38.9733-14.6392-67.0093
96.4588-0.16671.23064.31880.89823.95580.03730.98310.263-0.6767-0.29-0.34120.7620.46430.12730.9301-0.0940.12420.6536-0.0180.4416-35.1018-14.5608-67.898
104.1243-2.1277-2.9662.3033.78056.7231-0.02710.1636-1.2357-0.72790.2439-0.05391.491-0.1833-0.17571.5381-0.1825-0.19220.443-0.06780.7746-41.5926-26.1059-72.021
113.85681.0888-0.04762.68140.14074.5951-0.41990.6942-0.221-0.46570.0127-0.01680.2454-0.4837-0.62331.0014-0.3006-0.30970.94120.09020.3348-46.3866-18.2849-65.9652
123.8021-0.8122-1.28652.5209-0.9334.06190.22250.46660.1828-0.4725-0.1547-0.2797-0.07520.1413-0.11370.40270.0513-0.01230.3971-0.06270.809226.047622.4343-59.9142
133.19061.20841.0912.8912-2.48013.7943-0.16410.7623-0.21340.0810.10390.0892-0.5071-0.0551-0.06620.64650.02620.17431.1457-0.35890.784355.878415.3086-79.2456
142.73470.56171.98112.3092-0.79863.8793-0.1458-0.09670.68750.01150.6392-0.44330.20810.2658-0.68190.34650.0058-0.06020.62480.13161.229345.083314.1728-42.5977
153.2007-0.58210.43963.00690.1423.44660.09320.0759-0.88280.22320.2286-0.39060.17550.4665-0.25010.33410.0530.06170.4791-0.01131.023634.906610.4149-41.6537
162.83250.10731.71452.1617-0.32512.627-0.29470.0794-1.14950.0014-0.0139-0.03890.04170.24250.26240.32480.0224-0.00960.4382-0.05291.1441.767412.2085-47.805
173.055-0.1776-0.39822.6135-2.96385.24190.23420.63310.05070.6702-0.1498-0.9209-1.57770.3765-0.11581.0793-0.22320.02060.8042-0.32780.929662.008922.2463-66.8229
182.0176-0.71391.39470.2916-0.54171.0106-0.28970.32260.0110.2524-0.1316-0.1190.12840.02260.40991.0256-0.3409-0.06160.8468-0.28841.112669.460320.0002-61.508
197.0874-4.6843-6.14944.08014.765.89230.01910.2189-0.3029-1.2559-1.37680.65640.8953-0.40931.03091.27910.0223-0.33110.9479-0.05161.118131.4885-23.5287-61.8721
208.9713-6.90530.03669.47265.19986.5465-0.58461.1-0.8316-0.1361-0.20672.0303-0.0332-0.36440.81330.5982-0.2660.02250.63290.00771.09932.5117-26.3356-53.3239
218.6448-6.5944-3.60686.47172.00743.7519-0.24650.820.1235-1.22551.38030.1629-1.19460.148-0.82850.8482-0.30480.01050.8564-0.06941.09231.398-17.4815-55.6757
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231.54652.2313-0.42094.4696-0.89515.8607-0.54040.3779-0.37140.08790.00840.70.2239-0.31290.12581.2565-0.1291-0.06390.6088-0.24482.230221.6202-14.0468-50.946
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250.6180.639-0.63151.0407-0.12381.48070.22940.17760.18860.0503-0.21190.01030.16670.5622-0.13220.04340.37270.42460.4147-0.05661.775712.126322.077-40.1673
262.8493.64830.73847.5761.660.4017-0.41810.20331.3221-0.2334-0.2649-0.41180.180.27130.95460.5836-0.09910.17550.59090.18841.22110.650335.6056-48.7473
270.7922-0.63760.31573.903-2.97534.9575-0.33880.6906-0.2953-0.150.20970.42670.1159-0.99650.04150.224-0.0221-0.1020.62220.05051.50691.742827.7344-45.4087
284.255-1.1059-1.92963.9598-1.99614.73430.0480.6122-0.511-0.14560.0031-0.22930.163-0.1669-0.050.4144-0.00570.0190.3833-0.07051.2129-12.706827.6108-49.7234
290.6092-1.11160.52386.7802-5.39075.94650.3911-0.0712-0.00621.0659-0.08850.2644-0.15460.3158-0.44810.47090.01710.07440.4401-0.1461.3025-9.619413.3229-35.9157
301.08971.78810.54974.8561-1.74495.38210.15030.1443-0.26450.4095-0.0369-0.78590.34890.5333-0.43910.2640.0613-0.07270.2624-0.07850.3188-7.9093-2.2172-32.1864
315.4166-5.6538-0.44127.50821.35221.6432-0.5746-0.3263-1.57420.5520.42240.68280.52320.06580.07970.37780.1226-0.0850.35180.00940.6749-5.5136-19.8496-30.6469
320.293-0.4503-0.01360.99680.12670.3216-0.2219-0.0723-0.283-0.2799-0.19850.4044-0.079-0.17540.03090.70610.22520.17130.446-0.03281.69378.0282-33.8129-34.843
334.5723-4.0305-1.22743.68640.72451.3144-0.3857-0.2157-1.01820.24210.0644-0.04170.44910.3210.07230.46230.1391-0.09470.6416-0.05711.554511.6027-32.9182-36.6752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 140 )A1 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 141 through 217 )A141 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 17 )B1 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 18 through 47 )B18 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 48 through 60 )B48 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 61 through 115 )B61 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 116 through 131 )B116 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 132 through 152 )B132 - 152
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 153 through 182 )B153 - 182
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 183 through 199 )B183 - 199
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 200 through 210 )B200 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 122 )D1 - 122
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 123 through 217 )D123 - 217
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 1 through 19 )E1 - 19
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 20 through 74 )E20 - 74
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 75 through 115 )E75 - 115
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 116 through 199 )E116 - 199
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 200 through 210 )E200 - 210
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 28 through 34 )F28 - 34
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 35 through 52 )F35 - 52
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 53 through 62 )F53 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 63 through 76 )F63 - 76
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 77 through 84 )F77 - 84
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 85 through 109 )F85 - 109
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 110 through 139 )F110 - 139
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 140 through 149 )F140 - 149
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 150 through 160 )F150 - 160
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 26 through 62 )C26 - 62
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 63 through 84 )C63 - 84
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 85 through 109 )C85 - 109
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 110 through 139 )C110 - 139
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 140 through 149 )C140 - 149
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 150 through 168 )C150 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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