PDB-3h90: Structural basis for the autoregulation of the zinc transporter YiiP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h90

タイトル

Structural basis for the autoregulation of the zinc transporter YiiP

要素

Ferrous-iron efflux pump fieF

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / zinc transporter / Cell inner membrane / Cell membrane / Ion transport / Iron / Iron transport / Membrane / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc efflux antiporter activity / zinc:proton antiporter activity / cadmium ion transmembrane transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / iron ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Lu, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for autoregulation of the zinc transporter YiiP.
著者: Lu, M. / Chai, J. / Fu, D.

履歴

登録	2009年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h90.cif.gz	455.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h90.ent.gz	379.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qfi-2 2qfi-1 3dkx-d 1b3s-d 6w1d-d 4rr2-1 4u87-d 1x1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferrous-iron efflux pump fieF

B: Ferrous-iron efflux pump fieF

C: Ferrous-iron efflux pump fieF

D: Ferrous-iron efflux pump fieF

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ferrous-iron efflux pump fieF

C: Ferrous-iron efflux pump fieF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ferrous-iron efflux pump fieF

D: Ferrous-iron efflux pump fieF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.657, 130.704, 115.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	D
1	4	C
2	4	B
3	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	1	A	A	8 - 215	1 - 208
2	1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	1	C	C	8 - 215	1 - 208
1	2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	1	A	A	216 - 290	209 - 283
2	2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	1	C	C	216 - 290	209 - 283
1	1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	1	B	B	8 - 184	1 - 177
2	1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	1	D	D	8 - 184	1 - 177
1	2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	1	B	B	185 - 290	178 - 283
2	2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	1	D	D	185 - 290	178 - 283
1	1	3	LEU	LEU	ARG	ARG	4	A	A	8 - 215	1 - 208
2	1	3	LEU	LEU	ARG	ARG	4	B	B	8 - 215	1 - 208
3	1	3	LEU	LEU	ARG	ARG	4	D	D	8 - 215	1 - 208
1	2	3	GLN	GLN	VAL	VAL	4	A	A	216 - 290	209 - 283
2	2	3	GLN	GLN	VAL	VAL	4	B	B	216 - 290	209 - 283
3	2	3	GLN	GLN	VAL	VAL	4	D	D	216 - 290	209 - 283
1	1	4	LEU	LEU	ARG	ARG	4	C	C	8 - 215	1 - 208
2	1	4	LEU	LEU	ARG	ARG	4	B	B	8 - 215	1 - 208
3	1	4	LEU	LEU	ARG	ARG	4	D	D	8 - 215	1 - 208
1	2	4	GLN	GLN	VAL	VAL	4	C	C	216 - 290	209 - 283
2	2	4	GLN	GLN	VAL	VAL	4	B	B	216 - 290	209 - 283
3	2	4	GLN	GLN	VAL	VAL	4	D	D	216 - 290	209 - 283

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Ferrous-iron efflux pump fieF 分子量: 30973.885 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 8-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fieF, yiiP, b3915, JW3886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69380
#2: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 80.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: see reference, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1
シンクロトロン	NSLS	X25	2	1
シンクロトロン	NSLS	X25	3	1
シンクロトロン	NSLS	X25	4	1

検出器

ID	検出器
1	CCD
2	CCD
3	CCD
4	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
4	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 70409 / Num. obs: 65270 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 70 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.6

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 54.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 30.494 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27677	3305	5.1 %	RANDOM
R_work	0.26127	-	-	-
obs	-	61831	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.742 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0.99 Å²
2-	-	-4.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8712	0	24	265	9001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	8896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.954	12128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.169	5	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.774	23.068	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.05	15	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.005	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.138	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.295	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.587	1.5	5740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.86	2	9068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.351	3	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.394	4.5	3060

Refine LS restraints NCS

数: 2178 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	tight positional	0.02	0.05
2	1	B	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	medium positional	0.47	0.5
3	2	B	medium positional	0.23	0.5
3	3	D	medium positional	0.24	0.5
4	1	C	medium positional	0.47	0.5
4	2	B	medium positional	0.23	0.5
4	3	D	medium positional	0.24	0.5
1	1	A	tight thermal	0.03	0.5
2	1	B	tight thermal	0.04	0.5
3	1	A	medium thermal	0.63	2
3	2	B	medium thermal	0.32	2
3	3	D	medium thermal	0.32	2
4	1	C	medium thermal	0.64	2
4	2	B	medium thermal	0.32	2
4	3	D	medium thermal	0.32	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.465	155	-
R_work	0.433	2816	-
obs	-	-	59.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	28.1861	-4.5993	10.8935	3.4226	-3.2399	5.0104	3.2372	0.652	1.2939	-1.3214	-1.6492	-0.1896	1.1174	-0.1103	-1.588	-0.5666	-0.1997	-0.638	0.0643	-0.2765	0.1419	-40.7373	-17.064	-21.024
2	5.6644	0.959	-1.7235	0.9873	-0.1996	0.5347	-0.2763	0.5519	0.0449	-0.2063	-0.0555	0.6347	-0.0982	-0.1015	0.3318	-0.3654	-0.1114	-0.2309	-0.1085	0.0027	0.4133	-36.0685	-8.4801	-10.7195
3	2.6959	-1.9512	4.848	1.4122	-3.5088	8.7181	1.1659	0.8159	0.7758	-1.9078	-0.7535	-0.7894	-0.1409	-1.051	-0.4125	-0.1109	-0.494	0.1487	-0.1164	-0.0799	0.2013	-60.5189	-21.2684	0.4891
4	9.7425	4.8922	-0.8369	3.0283	-0.7223	0.2315	-0.1406	0.2136	-0.2293	0.3121	-0.0999	0.233	-0.163	-0.111	0.2405	-0.3695	-0.3386	-0.1652	-0.0904	-0.2568	0.5972	-43.6386	-25.5621	-9.2918
5	14.6524	1.9741	-0.4666	0.266	-0.0629	0.0149	-0.1398	-0.1324	-1.6757	0.323	-0.0948	-0.6755	0.7759	-0.016	0.2346	-0.3712	-0.2157	0.1815	-0.2449	0.0189	0.5193	-36.3964	-19.4847	3.749
6	3.965	-0.2068	-0.3321	3.7147	0.0638	0.0284	-0.2501	-0.005	-0.1913	0.1516	0.4189	-0.0299	-0.0985	0.0706	-0.1688	-0.1999	0.003	-0.0588	-0.1427	-0.0564	-0.0182	-1.5696	-12.1111	-0.1967
7	5.3986	-2.7323	7.0573	3.1076	-10.1366	34.213	-0.5469	0.2064	0.1029	-0.0086	-0.6822	0.4356	0.221	-1.0942	1.2291	0.0295	0.0617	-0.1491	-0.2832	0.3391	-0.6564	-5.7078	-13.5815	-50.1281
8	0.1597	0.0964	-0.0301	0.572	-1.1284	2.4048	-0.0373	0.0109	0.0363	-0.2327	0.362	0.2193	-0.1598	-0.0432	-0.3246	0.2761	0.0307	0.052	-0.1409	0.0825	-0.306	-4.5729	-26.8352	-45.0279
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21	12.067	-9.9679	6.7704	8.234	-5.5927	3.7987	0.1722	1.409	-0.1176	-0.502	-1.7161	0.0771	0.5996	0.1811	1.5439	0.0624	-0.2132	-0.0346	0.0791	-0.1003	-0.0179	-14.2026	-52.1742	-67.9056
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23	28.5631	8.8558	-5.927	2.7457	-1.8376	1.2299	-0.6944	1.5456	-1.0035	0.3708	0.2503	1.5057	0.8072	0.7137	0.4441	-0.0862	-0.1743	-0.2257	-0.0637	-0.1925	-0.1195	-24.0742	-56.769	-67.2069
24	0.5869	0.26	1.3416	0.4496	0.7482	5.3751	0.0171	0.072	-0.0845	0.0149	0.056	0.0796	0.0407	0.0295	-0.0732	-0.0817	0.0653	-0.0403	-0.135	0.0174	-0.0643	-8.3651	-42.8374	-17.8457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	97 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	118 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	175 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	216 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	8 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	36 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	97 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	118 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	169 - 184
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	185 - 290
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	8 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	36 - 96
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	97 - 117
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	118 - 174
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	175 - 215
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	216 - 290
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	8 - 35
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	36 - 96
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	97 - 117
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	118 - 168
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	169 - 184
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	185 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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