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万見
- PDB-6mgf: untagged, wild-type LptB in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgf
タイトルuntagged, wild-type LptB in complex with ADP
要素Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
キーワードLIPID TRANSPORT / LptB / lipopolysaccharide / LPS transport / ABC-transporter / ATP-binding cassette / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-CZJ / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.982 Å
データ登録者Mandler, M.D. / Owens, T.W. / Ruiz, N. / Kahne, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM066174 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI081059 米国
引用ジャーナル: not published
タイトル: Bypassing the requirement for coupling of ATP binding and hydrolysis in the lipopolysaccharide ABC transporte
著者: Simpson, B. / Ruiz, N.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8764
ポリマ－26,8381
非ポリマー1,0383
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.742, 34.767, 62.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB


分子量: 26837.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lptB, yhbG, b3201, JW3168 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A9V1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CZJ / (3s,5s,7s)-N-{7-[(3-O-carbamoyl-6-deoxy-5-methyl-4-O-methyl-beta-D-gulopyranosyl)oxy]-4-hydroxy-8-methyl-2-oxo-2H-1-ben zopyran-3-yl}tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carboxamide / novobiocin derivative


分子量: 586.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38N2O10
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 22% w/v PEG 4000, 100mM MES pH 6.5, 1.3mM novobiocin-adamantyl, 7% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→61.93 Å / Num. obs: 4568 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 40.25 Å2 / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.294 / Rpim(I) all: 0.137 / Rrim(I) all: 0.326 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 23772 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.98-3.164.41.0936720.5910.5531.23189.4
8.95-61.934.80.0721900.9940.0360.08199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.31 Å61.93 Å
Translation5.31 Å61.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B8B

6b8b


解像度: 2.982→61.928 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 456 9.99 %
Rwork0.2012 --
obs0.2048 4566 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.58 Å2 / Biso mean: 42.2853 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.982→61.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 70 8 1933
Biso mean--61.48 17.12 -
残基数----240
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.982-3.41340.30271450.25921303144894
3.4134-4.30040.23631540.193313811535100
4.3004-61.94120.20431570.178714261583100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5757-0.6777-0.78894.36631.09984.53690.12170.26680.1388-0.0253-0.03710.5758-0.3809-0.4204-0.2620.2765-0.0476-0.04460.2470.03820.2289-22.1254-15.447711.445
21.5678-1.26990.8081.49830.15053.0977-0.15930.0628-0.28910.31790.01580.20330.0135-0.31460.10880.2229-0.06390.02360.27080.06760.2492-18.9044-14.402914.4117
34.62150.5079-0.48562.47540.80113.44720.2012-0.5666-0.94780.3167-0.4278-0.17970.2658-0.13440.19530.284-0.050.07410.30240.07230.3441-16.6001-25.775519.3733
43.3428-1.6131.99312.1522-0.92295.03210.4228-0.1938-0.3572-0.0593-0.24990.26450.23580.5276-0.18120.3752-0.1262-0.02060.6301-0.06860.41190.0546-20.676127.3085
55.7932-1.44771.55991.5531.32622.9070.48530.3027-0.4934-0.14090.4602-0.84981.22771.8296-0.52970.66810.3088-0.02470.8034-0.25770.88967.9259-27.8523.0562
61.4371-2.13252.68793.676-3.2626.2742-0.41540.44560.39660.21290.0911-0.6408-1.05820.76840.1530.4225-0.1778-0.02380.98680.05440.336110.0243-13.42524.5364
72.04710.9230.59181.8151-1.95974.09020.0650.0053-0.01630.157-0.2063-0.5303-0.19320.7080.17980.2494-0.01410.01120.3727-0.030.4098-0.223-14.822113.6394
83.0345-2.16112.5393.5634-0.43062.99460.1078-0.28720.30260.1023-0.1178-0.385-0.1689-0.0458-0.02930.2889-0.07080.0620.39630.01720.2419-9.4445-11.76124.4626
92.7516-1.4355-1.90811.90230.16433.385-0.08310.3802-0.3913-0.1311-0.21370.26250.0955-0.94840.1440.204-0.0041-0.07580.41320.07030.32-18.4555-9.7921-1.9796
109.85564.4837-8.79712.0429-4.00397.86021.3166-0.42491.22030.879-0.6763-0.2359-1.05860.572-0.0980.65250.1494-0.09750.49730.01830.4458-15.42071.2562-3.6945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 30 )A2 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 62 )A31 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 83 )A63 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 110 )A84 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 124 )A111 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 125 through 139 )A125 - 139
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 140 through 185 )A140 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 186 through 211 )A186 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 212 through 227 )A212 - 227
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 228 through 241 )A228 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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