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- PDB-6mg6: Crystal structure of carbon-nitrogen hydrolase from Helicobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mg6
タイトルCrystal structure of carbon-nitrogen hydrolase from Helicobacter pylori G27
要素Carbon-nitrogen hydrolase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Helicobacter pylori / CN-hydrolase / Carbon-Nitrogen hydrolase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of carbon-nitrogen hydrolase from Helicobacter pylori G27
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon-nitrogen hydrolase
B: Carbon-nitrogen hydrolase
C: Carbon-nitrogen hydrolase
D: Carbon-nitrogen hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5575
ポリマ－137,4614
非ポリマー961
水7,080393
1
A: Carbon-nitrogen hydrolase
B: Carbon-nitrogen hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8273
ポリマ－68,7312
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
C: Carbon-nitrogen hydrolase
D: Carbon-nitrogen hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7312
ポリマ－68,7312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.580, 91.380, 95.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 0 and (name N or name...
21(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...
31(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...
41(chain D and (resid 0 through 31 or (resid 32...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA08
12HISHISILEILE(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 2927 - 300
13HISHISILEILE(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 2927 - 300
14HISHISILEILE(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 2927 - 300
15HISHISILEILE(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA-1 - 2927 - 300
21HISHISLYSLYS(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...BB0 - 168 - 24
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...BB1725
23HISHISILEILE(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...BB0 - 2928 - 300
24HISHISILEILE(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...BB0 - 2928 - 300
25HISHISILEILE(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...BB0 - 2928 - 300
26HISHISILEILE(chain B and (resid 0 through 16 or (resid 17...BB0 - 2928 - 300
31HISHISLYSLYS(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...CC0 - 168 - 24
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...CC1725
33HISHISILEILE(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...CC0 - 2928 - 300
34HISHISILEILE(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...CC0 - 2928 - 300
35HISHISILEILE(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...CC0 - 2928 - 300
36HISHISILEILE(chain C and (resid 0 through 16 or (resid 17...CC0 - 2928 - 300
41HISHISLYSLYS(chain D and (resid 0 through 31 or (resid 32...DD0 - 318 - 39
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 0 through 31 or (resid 32...DD3240
43HISHISARGARG(chain D and (resid 0 through 31 or (resid 32...DD-3 - 2905 - 298
44HISHISARGARG(chain D and (resid 0 through 31 or (resid 32...DD-3 - 2905 - 298
45HISHISARGARG(chain D and (resid 0 through 31 or (resid 32...DD-3 - 2905 - 298

-
要素

#1: タンパク質
Carbon-nitrogen hydrolase / HepyC.18002.a.B1


分子量: 34365.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: HPG27_713
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z7B9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen, G8: 25% PEG 3350, 200mM Ammonium sulfate, 100mM Tris Base/HCl pH 8.5: HepyC.18002.a.B1.PS38436 at 19.87mg/ml: cryo: 15% EG: tray 3301220G8: puck eko9-11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.576 Å / Num. obs: 70182 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.543 % / Biso Wilson estimate: 50.265 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 25.59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.156.670.5433.3651700.8930.589100
2.15-2.216.4190.444.0450260.9180.479100
2.21-2.286.5270.3515.6945670.9590.38193.8
2.28-2.356.7170.2846.4247730.9660.30899.9
2.35-2.426.4370.2227.9746040.9760.24299.9
2.42-2.516.9050.17610.2744660.9880.191100
2.51-2.66.8540.1511.9643090.9910.16299.8
2.6-2.716.7050.11515.3441500.9940.12599.9
2.71-2.836.3390.09218.2239780.9960.10199.9
2.83-2.976.6630.06824.4138320.9980.07499.8
2.97-3.136.4540.05529.5436330.9980.05999.7
3.13-3.326.5530.0438.8734350.9990.04399.9
3.32-3.556.7220.03147.1932520.9990.03499.7
3.55-3.836.4150.02854.3830300.9990.03199.4
3.83-4.26.1390.02459.5327900.9990.02699.6
4.2-4.76.3890.02165.1255010.02399.6
4.7-5.426.4830.02267.1522550.9990.02499.6
5.42-6.646.4390.02365.5819370.9990.02599.8
6.64-9.395.9950.0268.66153510.02299.7
9.39-47.5765.6790.01770.388900.9990.01998.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3247精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
PARROT位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5h8iA as per Morda

解像度: 2.1→47.576 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.63
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 2044 2.91 %0
Rwork0.1679 ---
obs0.169 70175 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.64 Å2 / Biso mean: 55.9961 Å2 / Biso min: 19.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9123 0 5 393 9521
Biso mean--83.13 50.18 -
残基数----1172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84512732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2735483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061660
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5057X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
12B5057X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
13C5057X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
14D5057X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.14890.25131610.218944964657100
2.1489-2.20260.2531380.221144964634100
2.2026-2.26220.42371400.33724225436594
2.2622-2.32870.27031340.206244994633100
2.3287-2.40390.23591310.193645094640100
2.4039-2.48980.20641400.176645204660100
2.4898-2.58950.22551350.18345214656100
2.5895-2.70730.26461300.184645564686100
2.7073-2.850.24141350.183845364671100
2.85-3.02860.2191370.185245424679100
3.0286-3.26240.19621420.183845654707100
3.2624-3.59060.2071450.169645554700100
3.5906-4.10990.17881300.1454594472499
4.1099-5.1770.15950.12846804775100
5.177-47.58860.19651510.160648374988100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34250.11040.5945.08361.09173.0001-0.1254-0.4818-0.52510.47920.0913-0.10870.21010.07160.03720.36010.06030.04870.41690.19280.43056.610119.49326.3782
22.7975-0.66210.49393.05670.59641.9461-0.1576-0.2856-0.37550.28490.0852-0.4290.1220.25510.08170.25860.02890.0120.36470.12640.376813.720427.759720.0717
32.37350.12260.93553.1679-0.08740.9617-0.1454-0.4702-0.21640.34560.1686-0.02310.0338-0.08410.0240.21680.01230.0310.30720.05850.2489-1.639631.524117.6945
43.58720.0432-2.49572.8933-0.54128.70260.1162-0.9073-0.57780.42930.08020.3005-0.2184-0.2524-0.10380.2856-0.00950.07310.49180.18540.4276-13.927825.977223.0078
52.20990.30260.91231.48990.08853.91850.0022-0.7457-0.44610.53120.05890.08880.1711-0.4392-0.01960.40990.08380.08720.51330.19340.413-4.857423.234327.8687
62.189-0.80940.83370.7398-0.07211.88420.10590.0315-0.4832-0.1856-0.11420.13830.3108-0.0876-0.01750.2411-0.09350.03730.240.02990.3384-11.730425.16675.7614
72.4223-0.20550.71732.31410.24581.95730.1234-0.4825-0.25760.4752-0.06330.74680.5262-0.53150.05030.3394-0.0490.0950.60270.16690.6464-40.140929.719113.7792
82.878-0.04932.0132.54981.36322.67390.2888-0.7054-0.41210.2797-0.04010.98020.5841-1.6341-0.09670.315-0.09080.05160.72380.08870.8735-48.858929.249311.5445
91.91550.37631.31953.05421.7593.6438-0.1981-0.4353-0.5144-0.17380.15530.3934-0.02350.13190.11710.3029-0.0437-0.03030.47630.14620.5989-38.215328.05845.8145
105.8032-2.7634-3.67053.8483.10915.7582-0.1897-0.0594-0.3193-0.2432-0.11030.9041-0.1639-0.55070.39040.3245-0.0295-0.10350.54620.09970.6496-44.633134.3078-1.0317
113.49510.34870.46231.94420.71433.589-0.21530.0266-0.2877-0.19040.14780.39580.0718-0.2230.07470.2681-0.0326-0.04420.26140.07490.3944-32.335934.4959-0.9786
122.25380.58910.65740.49770.24041.8305-0.0997-0.2482-0.46110.13510.14580.31540.2147-0.1607-0.02850.2157-0.02810.0030.22090.05650.3319-25.591232.41598.8966
133.38861.88930.58572.04650.07752.51210.0554-0.3537-0.7335-0.05210.06050.20410.4228-0.2881-0.12150.3118-0.05520.00590.36440.13290.4478-22.07121.536614.439
142.72061.55251.23762.92142.15623.09720.1228-0.2956-0.61320.25990.02130.3350.5486-0.3378-0.15470.3737-0.04710.0160.42570.19590.5897-32.431621.829511.952
153.64344.03560.5234.44870.66021.00260.2348-1.08120.00110.3777-0.320.47820.1362-0.39690.04610.38480.00790.07060.61410.04170.406-26.739237.793624.3881
163.4850.95441.03393.84992.7512.5554-0.1463-0.1645-0.0642-0.01620.2097-0.12220.23360.1603-0.00630.2273-0.0018-0.01190.22150.06150.2525-6.699437.58548.8508
172.09660.4598-0.18792.8081-1.70473.8027-0.02610.617-0.6336-0.6448-0.0731-0.18440.5240.59250.08090.6172-0.01670.03920.6835-0.29530.5602-7.905514.1799-29.0251
182.7973-1.306-1.17243.91830.38545.58550.04190.4995-0.7441-0.25250.1304-0.64080.43590.8823-0.04020.4050.04070.01180.5452-0.21830.615-3.006313.0696-18.0374
191.0425-0.71450.61223.1314-0.8261.948-0.02660.4511-0.2667-0.41210.0609-0.0352-0.02280.1995-0.02370.4057-0.1260.00840.497-0.11580.3472-11.396726.0866-20.9301
206.59171.82872.0285.51532.48624.6980.26850.5512-0.8006-0.4814-0.0519-0.142-0.12240.364-0.25750.7188-0.1089-0.16490.6876-0.0440.4413-24.177428.0538-33.1536
211.708-0.22480.13422.3470.65411.2114-0.09570.5878-0.5122-0.83940.14850.00850.32670.2506-0.11330.6359-0.1395-0.07360.6476-0.17690.4297-18.729319.0537-31.591
223.1717-0.3449-0.41946.6273-0.44262.1772-0.11021.10190.1303-1.446-0.2216-0.5513-0.55250.67740.25971.1289-0.21260.12620.9846-0.04980.4339-7.260432.0227-40.5875
233.9539-0.1902-0.47393.5751-0.33841.85750.20880.58610.4213-0.43760.007-0.4532-0.76690.1769-0.17670.7805-0.1945-0.02320.5310.0260.4716-19.87748.1707-23.5251
241.9905-0.87530.30194.6002-0.38443.54070.44240.87850.2366-0.2513-0.00220.2937-0.5464-0.5457-0.33560.927-0.0866-0.19551.0410.29170.5596-41.867152.0317-41.2926
252.0707-1.38011.22893.3975-1.22783.60.00650.66450.6078-0.55290.0694-0.1005-0.78530.1333-0.08110.9857-0.0472-0.02240.70910.20980.6316-34.744659.857-33.516
262.0631-0.2135-0.47182.0924-1.00413.08730.10510.93330.3366-0.94930.0434-0.08490.1383-0.0142-0.18980.8924-0.1037-0.07790.71480.11160.3808-28.133245.1506-38.2308
272.5628-1.45751.92641.0014-1.19573.8311-0.10710.466-0.1792-0.69560.30530.35150.1284-0.2643-0.2750.6886-0.2066-0.15760.52010.02750.3572-31.396636.1537-26.6673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 55 )A-1 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 114 )A56 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 185 )A115 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 207 )A186 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 208 through 254 )A208 - 254
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 255 through 292 )A255 - 292
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 14 )B0 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 15 through 32 )B15 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 33 through 55 )B33 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 56 through 79 )B56 - 79
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 80 through 139 )B80 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 140 through 185 )B140 - 185
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 186 through 207 )B186 - 207
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 208 through 254 )B208 - 254
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 255 through 272 )B255 - 272
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 273 through 292 )B273 - 292
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 0 through 55 )C0 - 55
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 56 through 79 )C56 - 79
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 80 through 185 )C80 - 185
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 186 through 207 )C186 - 207
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 208 through 254 )C208 - 254
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 255 through 272 )C255 - 272
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 273 through 292 )C273 - 292
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid -3 through 55 )D-3 - 55
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 56 through 144 )D56 - 144
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 145 through 240 )D145 - 240
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 241 through 290 )D241 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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