[日本語] English
万見
- PDB-6mf6: Crystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mf6
タイトルCrystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in complex with the Dbf4 polo-interacting region.
要素
  • Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
  • DDK kinase regulatory subunit DBF4
キーワードCELL CYCLE / Transferase / Mitosis / Dbf4 / Polo-like kinases
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic spindle pole body separation / positive regulation of protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / regulation of protein localization to mitotic spindle pole body / Polo-like kinase mediated events / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of nucleus organization / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / negative regulation of protein localization to nucleolus / positive regulation of DNA replication initiation ...positive regulation of mitotic spindle pole body separation / positive regulation of protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / regulation of protein localization to mitotic spindle pole body / Polo-like kinase mediated events / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of nucleus organization / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / negative regulation of protein localization to nucleolus / positive regulation of DNA replication initiation / positive regulation of kinetochore assembly / positive regulation of meiotic DNA double-strand break formation / negative regulation of exit from mitosis / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Dbf4-dependent protein kinase complex / meiotic spindle assembly / regulation of protein localization to nucleolus / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / positive regulation of meiosis I / regulation of cell cycle phase transition / synaptonemal complex disassembly / mitotic spindle pole body / polo kinase / resolution of meiotic recombination intermediates / centromeric DNA binding / premeiotic DNA replication / cellular bud neck / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / mitotic DNA replication checkpoint signaling / spindle pole body / exit from mitosis / positive regulation of Rho protein signal transduction / DNA replication origin binding / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / protein serine/threonine kinase activator activity / mitotic spindle organization / chromosome segregation / phosphoprotein binding / kinetochore / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase activity / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / chromatin / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulatory subunit Dfp1/Him1, central region / : / Dfp1/Him1, central region / BRCT domain / Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins ...Regulatory subunit Dfp1/Him1, central region / : / Dfp1/Him1, central region / BRCT domain / Zinc finger, DBF-type / DBF-type zinc finger superfamily / : / DBF zinc finger / Zinc finger DBF4-type profile. / Zinc finger in DBF-like proteins / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / BRCT domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DDK kinase regulatory subunit DBF4 / Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Guarne, A. / Almawi, A.W.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Distinct surfaces on Cdc5/PLK Polo-box domain orchestrate combinatorial substrate recognition during cell division.
著者: Almawi, A.W. / Langlois-Lemay, L. / Boulton, S. / Rodriguez Gonzalez, J. / Melacini, G. / D'Amours, D. / Guarne, A.
履歴
登録2018年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
B: Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
D: DDK kinase regulatory subunit DBF4
C: DDK kinase regulatory subunit DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4194
ポリマ－71,4194
非ポリマー00
水00
1
A: Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
C: DDK kinase regulatory subunit DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7102
ポリマ－35,7102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
2
B: Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
D: DDK kinase regulatory subunit DBF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7102
ポリマ－35,7102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.054, 135.054, 75.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2


分子量: 33463.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC5, MSD2, PKX2, YMR001C, YM8270.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32562, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド DDK kinase regulatory subunit DBF4 / Dumbbell forming protein 4


分子量: 2246.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DBF4, DNA52, YDR052C, D4205, YD9609.07C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32325

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium potassium tartrate, 10 mM trimethylamine hydrochloride, 20 % PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→67.5 Å / Num. obs: 10923 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.92
反射 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / CC1/2: 0.315

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q4O

1q4o


解像度: 3.4→44.207 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 553 5.09 %
Rwork0.2433 --
obs0.2454 10856 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3701 0 0 0 3701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7115180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0761262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4003-3.74240.44841260.41712577X-RAY DIFFRACTION100
3.7424-4.28350.3871420.36092548X-RAY DIFFRACTION99
4.2835-5.39520.32741330.26612564X-RAY DIFFRACTION99
5.3952-44.21050.21411520.17822614X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08440.1861-0.1012-0.2862-0.0120.13160.69230.1694-2.4805-0.35050.3291-1.52860.8481.57550.00312.9337-0.4938-0.25851.7660.08231.937378.2211-17.49237.8636
23.02020.26092.8813-0.1670.5302-0.98390.05130.6071-0.5949-0.39491.3034-0.2840.29111.81810.11782.99180.09030.08640.9015-0.18281.429468.8133-13.1621-10.4571
31.86870.69392.51620.8547-0.65052.63780.8167-1.0903-0.0142-0.5674-1.95721.8549-1.4532-0.9976-0.20582.25510.7122-0.00291.3146-0.04171.404947.7972-15.6387-4.9658
40.7997-0.21670.40730.2678-0.43041.8227-1.4854-0.10320.9116-1.1253-1.73751.64080.0724-1.2307-2.77271.37853.36720.0115-0.0377-1.03742.16940.7779-12.1993-13.5529
53.899-0.5657-0.82681.7722-0.47240.8901-0.08411.4104-1.16650.4690.16091.2985-2.9568-0.35040.9582.69661.0411-0.12872.42980.14511.769545.4152-20.5305-17.6429
6-0.01890.17070.46320.41180.80161.20190.0510.128-0.8975-0.82950.284-0.665-1.0168-0.9903-0.00142.30310.4555-0.09142.17180.15981.835242.4629-21.7204-20.3315
70.0272-0.12010.07150.16830.0617-0.0305-1.36380.1983-0.2495-1.6995-0.7080.78991.5886-2.8128-0.00142.40230.1996-0.08772.8197-0.1862.363136.5828-19.206-4.7751
80.0985-0.02460.03520.02430.08570.2432.10272.0083-1.16150.2277-0.2110.8616-0.0415-0.46-0.00183.96540.98590.92852.90180.14953.31138.7138-6.58324.849
90.64920.45090.22830.1830.04720.01221.06010.93492.613-0.045-2.7769-1.08230.2495-1.3468-0.01983.26121.1354-0.58141.9034-0.27072.183450.5031-9.3062-17.7191
109.77791.16421.33270.188-0.02720.9919-0.3692-2.30692.391-0.47030.2338-0.7763-1.4117-0.66150.23262.34160.43120.10120.84390.05562.077756.4347-20.0245-5.2718
115.1821.708-0.2910.5956-0.30930.55190.9155-0.9283-1.3888-0.67880.44561.5009-0.7718-0.38880.21242.53070.5354-0.29660.86620.00161.569459.8957-14.0566-2.9412
12-0.1560.0557-0.2882-0.01460.15240.08770.09821.5993-0.3379-0.57460.95471.2463-0.0161-1.6467-0.01162.98950.4017-0.08421.25550.1541.750462.3164-6.6055-1.4184
134.67051.95175.20331.06722.24375.80841.9329-2.23890.35522.31110.2117-2.19661.7608-3.32960.59883.63790.72160.39671.7319-0.03151.883158.1189-0.85790.4343
140.8224-0.3532-0.19720.5594-0.5250.3621-0.5681-0.89772.8536-0.10731.35920.3354-1.0591-0.03030.014.39350.2732-0.07081.4822-0.31381.964867.4851.83440.7554
153.0802-0.6676-0.70560.12520.02640.3257-0.1649-2.4581-0.59170.5274-0.9921-1.1183-0.92791.6005-0.17073.1544-0.1468-0.26540.89960.37021.692570.205-13.2469-0.0505
160.27330.0236-0.21090.08550.1070.0461-0.2738-1.1128-0.81120.1586-0.34530.6525-0.48460.81870.00133.1669-0.0424-0.26091.31480.09561.917166.5149-29.0255-10.0783
171.9773-2.35190.81563.6739-1.30051.28361.473-1.04261.1368-2.80490.0065-1.2810.82780.73150.1171.3704-0.26060.17112.0462-0.00112.401262.6962-35.529411.7215
180.06290.04780.20130.0862-0.2152.3099-0.38290.851-0.38620.6759-2.8493-1.0078-0.36580.0537-0.00023.6392-0.3998-0.30851.6707-0.09051.397957.8103-19.410424.1867
190.983-1.10430.39420.59980.22370.2578-0.61570.21620.03620.21531.5859-2.28340.29190.12410.03541.9907-0.9454-0.30181.94170.31171.911455.9933-40.973625.8378
200.08340.60320.09024.20270.51110.05831.7974-0.1024-1.42820.94121.2465-3.1360.8194-0.02170.52392.7613-1.70290.53562.5936-0.49490.193446.1517-59.465425.9671
210.0066-0.02190.05790.5769-0.09750.07680.21042.2246-2.20731.67510.48080.78910.72960.4235-0.00582.2563-0.71550.3851.9319-0.33471.560540.6719-53.168328.7762
220.8811-0.4015-1.45990.1248-0.22050.52570.8257-0.89120.5270.0061-1.31970.9487-1.1455-0.11520.00281.77490.23260.23011.70120.09831.595441.7992-29.062314.1428
230.664-0.82340.03761.0354-0.15030.27751.15830.83170.6059-1.3832-1.27951.4659-1.22680.13950.00022.29280.64740.66312.48860.04621.960639.2726-20.708619.1437
241.07320.40880.09734.2777-1.26720.21651.2582-1.6569-2.97693.1641-4.0859-2.99370.6975-3.9161-0.0913.79010.37840.74393.92560.05332.368140.3475-17.031527.1461
25-0.2617-0.18550.22761.2127-0.80160.50772.83881.8122.4374-0.4419-2.817-1.5708-0.9339-1.53930.00113.07750.60020.15222.8862-0.02552.045841.1855-15.085530.1136
261.04750.5931-0.9160.684-0.40970.5093-0.42820.08760.54650.43690.5241-0.06671.6236-3.00580.00052.9585-0.3586-0.05843.02920.02772.227536.0406-14.395512.2261
270.27560.0742-0.44070.2647-0.32460.96911.93461.1799-0.4892-0.2734-1.68982.0681-0.47071.23011.15072.85650.0940.66672.8765-0.18561.841936.9731-28.710428.2314
280.04010.0623-0.2125-0.05490.10690.1716-0.381-0.64271.4537-1.67861.6542-3.3598-0.19750.153-0.00162.4512-0.4283-0.06011.87360.05441.320951.5549-26.603318.5136
29-0.0319-0.384-0.12850.6798-0.11940.33630.490.29520.81030.4395-0.5282-1.1309-1.4326-1.8213-01.5069-0.21130.18462.012-0.15821.403750.2353-33.330815.4236
30-0.13350.24470.0211.10940.1118-0.0505-1.1318-1.49151.36420.12042.02981.43990.0038-3.34580.02071.6495-0.41280.36282.48890.13861.288646.0274-38.91579.1539
311.4363-1.5667-0.47073.0242-1.45321.8087-1.62090.2147-0.70710.68111.2090.6709-0.3536-2.2431-0.36270.3646-0.6414-0.16583.00210.10041.320341.8934-41.763215.4817
324.02810.6617-4.18942.46671.14397.40863.49990.5946-1.85593.5968-1.31671.3204-2.0513-3.46953.06561.4142-1.7465-0.61112.8097-0.51.458643.5937-50.782317.1463
330.11490.0620.03920.1146-0.13380.10420.11021.3042-0.78620.19660.54150.2202-0.8706-0.7492-0.00082.3628-0.6755-0.27432.8573-0.06351.681344.8259-49.5877.3131
341.0428-0.80180.06470.37730.28580.4696-0.3569-0.0703-1.07360.34370.5069-1.42640.91051.69670.00261.6743-0.67030.22581.6610.05171.678257.2581-41.038315.0089
350.01230.08280.03260.1796-0.05330.05610.92060.16151.42691.2340.35590.31190.18730.0323-0.00612.3601-0.33440.3192.1474-0.58632.708365.1762-24.563323.8741
365.2385-6.06564.21219.7225-6.14793.976-0.930.20071.6197-0.55890.2462-2.14170.35082.2466-2.41632.532-0.07320.41411.2943-0.2621.080839.6619-24.076833.7194
373.4887-6.0698-0.88262.04890.31592.2026-2.2441-0.13891.70962.17290.1803-3.35931.35883.9191-0.82383.7750.57610.25831.88930.13981.330750.1285-13.8906-22.4799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 451 through 460 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 461 through 507 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 508 through 543 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 544 through 552 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 553 through 560 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 561 through 579 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 580 through 593 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 594 through 597 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 609 through 614 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 615 through 620 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 621 through 638 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 639 through 651 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 652 through 661 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 662 through 683 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 684 through 698 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 699 through 705 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 452 through 466 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 467 through 470 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 471 through 497 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 498 through 502 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 503 through 507 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 508 through 521 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 526 through 552 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 553 through 559 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 560 through 576 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 577 through 597 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 609 through 614 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 615 through 620 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 621 through 638 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 639 through 646 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 647 through 660 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 661 through 673 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'B' and (resid 674 through 683 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'B' and (resid 684 through 699 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'B' and (resid 700 through 705 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 82 through 91 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'C' and (resid 83 through 90 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る