PDB-6mdq: Crystal structure of equine serum albumin in complex with testosterone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mdq

タイトル

Crystal structure of equine serum albumin in complex with testosterone

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Albumin / Equine Serum Albumin / Testosterone / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Czub, M.P. / Majorek, K.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cymborowski, M.T. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Testosterone meets albumin - the molecular mechanism of sex hormone transport by serum albumins.
著者: Czub, M.P. / Venkataramany, B.S. / Majorek, K.A. / Handing, K.B. / Porebski, P.J. / Beeram, S.R. / Suh, K. / Woolfork, A.G. / Hage, D.S. / Shabalin, I.G. / Minor, W.

履歴

登録	2018年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mdq.cif.gz	247.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mdq.ent.gz	198.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mdq_validation.pdf.gz	827.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mdq_full_validation.pdf.gz	828.9 KB	表示
XML形式データ	6mdq_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	6mdq_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v08S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lb2-1 5ije-d 5v0v-d 533 5iiu-d 4iw2-d 3lu6-2 6ocj-d 5dqf-d 3 4emx-2 3v09-d 2bxe-1 3v03-1 7mbl-d 4luh-d 6oci-d 5id9-d 6u5a-d 5iih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95820

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (11) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (11)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.244, 94.244, 142.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from ...this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from central Asia. See NCBI database, accession code: XP_008524663.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein was mixed with 0.2 ul of the well condition (1.8 M ammonium dihydrogen citrate, pH 7.0) and equilibrated against well solution in 96-Well sitting drop ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein was mixed with 0.2 ul of the well condition (1.8 M ammonium dihydrogen citrate, pH 7.0) and equilibrated against well solution in 96-Well sitting drop crystallization plate (Swissci). Testosterone powder was added to the crystallization drop

結晶

マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein was mixed with 0.2 ul of the well condition (1.8 M ammonium dihydrogen citrate, pH 7.0) and equilibrated against well solution in 96-Well sitting drop ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 39149 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 298193

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	6.8	1.027	1910	0.811	0.424	1.112	0.764	100
2.19-2.23	7.5	0.87	1976	0.896	0.336	0.933	0.775	100
2.23-2.27	7.7	0.782	1965	0.919	0.298	0.837	0.807	100
2.27-2.32	7.6	0.677	1961	0.934	0.259	0.725	0.785	100
2.32-2.37	7.7	0.548	1950	0.958	0.209	0.587	0.778	100
2.37-2.42	7.7	0.444	1971	0.967	0.169	0.475	0.772	100
2.42-2.48	7.7	0.364	1956	0.978	0.139	0.39	0.791	100
2.48-2.55	7.7	0.298	1958	0.985	0.114	0.319	0.822	100
2.55-2.62	7.7	0.248	1955	0.99	0.095	0.266	0.857	100
2.62-2.71	7.7	0.203	1951	0.991	0.078	0.218	0.894	100
2.71-2.81	7.7	0.166	1947	0.993	0.064	0.178	0.905	100
2.81-2.92	7.7	0.136	1959	0.994	0.052	0.145	0.972	100
2.92-3.05	7.7	0.101	1983	0.996	0.039	0.108	1.12	100
3.05-3.21	7.7	0.077	1933	0.997	0.03	0.083	1.232	100
3.21-3.41	7.7	0.063	1979	0.998	0.024	0.068	1.211	100
3.41-3.68	7.7	0.054	1960	0.998	0.021	0.058	1.19	100
3.68-4.05	7.7	0.048	1960	0.998	0.019	0.052	1.262	100
4.05-4.63	7.6	0.046	1987	0.998	0.018	0.049	1.277	99.8
4.63-5.83	7.6	0.042	1965	0.999	0.016	0.045	1.123	99.7
5.83-50	7.2	0.034	1923	0.999	0.014	0.037	1.276	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V08

3v08

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 12.041 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.2083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.178
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2255	1859	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1833	-	-	-
obs	0.1853	36951	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 209.58 Å² / B_iso mean: 64.487 Å² / B_iso min: 34.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.18 Å²	1.09 Å²	0 Å²
2-	-	2.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4475	0	81	214	4770
B_iso mean	-	-	105.94	60.74	-
残基数	-	-	-	-	580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	4703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.821	1.972	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.7	3	9904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.997	5	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.405	24.928	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.236	15	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.361	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	896

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	131	-
R_work	0.288	2744	-
all	-	2875	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9446	1.6136	0.5803	7.2244	1.3236	2.204	-0.0253	-0.0676	0.336	-0.4511	0.0803	0.3159	-0.2479	0.0424	-0.0551	0.2118	-0.1099	0.0154	0.1344	-0.0054	0.3603	47.81	41.999	73.463
2	5.9375	0.7682	0.8783	4.7704	2.5184	5.3554	0.1804	0.0328	0.094	-0.5106	0.0195	0.0324	-0.7416	-0.3688	-0.1998	0.3167	-0.0322	0.0355	0.2416	0.101	0.4419	33.698	43.259	71.539
3	4.3151	-3.7552	-8.2937	13.3051	11.8415	25.5881	0.0748	0.4574	0.2421	-1.2166	-0.1175	0.46	-0.3601	-0.1097	0.0428	0.3986	-0.1522	-0.2573	0.2704	0.1036	0.404	35.876	28.025	62.555
4	6.0118	1.0675	-2.0946	3.8845	-0.3031	5.6697	-0.3196	0.3544	-0.1638	-1.2546	0.2505	-0.7362	0.0212	0.8775	0.0692	0.5357	-0.1773	0.202	0.2899	-0.0502	0.4552	55.548	27.342	61.876
5	1.4385	0.5528	0.8333	3.7569	0.2356	2.8077	0.0332	-0.0115	0.0447	-0.0095	0.0021	-0.271	0.0151	0.4762	-0.0352	0.0362	-0.0377	-0.0134	0.1419	-0.0296	0.293	47.744	19.013	82.586
6	2.9993	0.5468	-1.4324	2.1143	-0.8521	5.5631	0.0231	-0.3598	-0.0579	0.3487	-0.0549	0.2034	0.0179	-0.1688	0.0319	0.1908	0.0067	-0.0198	0.0703	-0.002	0.3041	33.076	2.017	94.23
7	2.0312	-0.4577	0.326	2.1011	0.7752	3.2486	-0.0006	-0.0413	-0.0209	-0.1539	-0.0323	0.0425	0.2149	0.0145	0.033	0.1309	-0.0224	-0.022	0.0132	-0.013	0.2723	33.863	5.563	66.087
8	2.2623	0.2229	-1.3201	1.8327	0.1108	5.2385	0.238	0.1652	0.0215	-0.6145	-0.2166	-0.0385	-0.1505	-0.1709	-0.0213	0.4171	0.1091	-0.0399	0.044	-0.0126	0.3037	33.555	2.933	43.265

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	102 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	176 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	301 - 386
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	387 - 497
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	498 - 583

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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